More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2007 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2007  GreA/GreB family elongation factor  100 
 
 		 180 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2677  GreA/GreB family elongation factor  81.01 
 
 		 158 aa  265  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1776  transcription elongation factor GreA  81.65 
 
 		 158 aa  265  2.9999999999999995e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2612  transcription elongation factor GreA  82.17 
 
 		 158 aa  259  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.657313 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2619  transcription elongation factor GreA  82.28 
 
 		 158 aa  256  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2389  transcription elongation factor GreA  80.38 
 
 		 158 aa  256  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.643877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1469  transcription elongation factor GreA  80.38 
 
 		 158 aa  256  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1146  transcription elongation factor GreA  80.89 
 
 		 158 aa  253  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2821  transcription elongation factor GreA  77.85 
 
 		 158 aa  248  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 		 158 aa  244  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1263  transcription elongation factor GreA  71.43 
 
 		 168 aa  233  8e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0260201 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1258  transcription elongation factor GreA  68.05 
 
 		 176 aa  233  8e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  67.06 
 
 		 172 aa  232  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2866  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  231  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0891965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 		 158 aa  226  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 		 158 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 		 158 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 		 158 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 		 158 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2033  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  225  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.709774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4435  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 		 158 aa  224  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1725  transcription elongation factor GreA  70.25 
 
 		 158 aa  224  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 		 158 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  67.09 
 
 		 158 aa  224  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0567  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 		 158 aa  221  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1508  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 		 158 aa  221  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.150081  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0773  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 		 158 aa  221  6e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.568342  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1611  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 		 158 aa  221  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1478  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 		 158 aa  221  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496142  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0584  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 		 158 aa  221  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1284  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 		 158 aa  221  6e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2174  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 		 158 aa  219  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2780  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 		 158 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.115654  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0850  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 		 158 aa  217  7e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.209846 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0780  GreA/GreB family elongation factor  69.03 
 
 		 158 aa  216  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000129967  hitchhiker  0.000100122 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1733  transcription elongation factor GreA  70.13 
 
 		 158 aa  215  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.669906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  68.79 
 
 		 158 aa  214  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1522  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 		 158 aa  214  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2192  transcription elongation factor GreA  65.03 
 
 		 173 aa  213  9e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0127913  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  66.24 
 
 		 158 aa  213  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1017  transcription elongation factor GreA  66.46 
 
 		 158 aa  209  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0480  GreA/GreB family elongation factor  65.19 
 
 		 158 aa  207  4e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0337518  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  66.88 
 
 		 158 aa  206  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 		 158 aa  204  8e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  65.61 
 
 		 158 aa  203  1e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  62.58 
 
 		 158 aa  193  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  62.58 
 
 		 158 aa  193  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  63.64 
 
 		 159 aa  191  4e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0498  transcription elongation factor GreA  60 
 
 		 156 aa  184  7e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  58.13 
 
 		 171 aa  182  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  58.44 
 
 		 160 aa  181  5.0000000000000004e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  58.44 
 
 		 160 aa  181  5.0000000000000004e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  57.42 
 
 		 159 aa  179  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  57.14 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  57.79 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1776  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 156 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325664  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0423  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 156 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2474  transcription elongation factor GreA  59.35 
 
 		 156 aa  175  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  56.86 
 
 		 154 aa  175  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  57.14 
 
 		 158 aa  175  3e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  56.77 
 
 		 158 aa  175  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0426  transcription elongation factor GreA  57.42 
 
 		 156 aa  175  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  58.71 
 
 		 158 aa  174  7e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2119  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 166 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.736032  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1728  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 166 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2209  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 166 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  57.14 
 
 		 158 aa  172  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2139  transcription elongation factor GreA  57.14 
 
 		 157 aa  171  3.9999999999999995e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.194554 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  57.05 
 
 		 159 aa  170  7.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2073  transcription elongation factor GreA  57.42 
 
 		 168 aa  170  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383099 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 		 158 aa  170  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 		 158 aa  170  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 		 158 aa  170  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  56.49 
 
 		 156 aa  170  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 		 158 aa  170  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 		 158 aa  170  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  52.6 
 
 		 159 aa  170  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  55.19 
 
 		 158 aa  169  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000433551  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2727  GreA/GreB family elongation factor  57.14 
 
 		 160 aa  169  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.148274  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  55.48 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1429  transcription elongation factor GreA  56.77 
 
 		 159 aa  169  3e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1369  transcription elongation factor  56.77 
 
 		 173 aa  167  5e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0830842  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  52.6 
 
 		 158 aa  167  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02242  Transcription elongation factor GreA  52.94 
 
 		 153 aa  166  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0681866  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  54.55 
 
 		 158 aa  166  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3017  transcription elongation factor GreA  53.25 
 
 		 157 aa  165  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  52.9 
 
 		 158 aa  164  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143014  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  54.19 
 
 		 158 aa  164  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  54.19 
 
 		 158 aa  164  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  54.19 
 
 		 158 aa  164  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>