110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1892 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 176 aa  352  1e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  65.14 
 
 		 177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  55.68 
 
 		 178 aa  197  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  55.11 
 
 		 179 aa  195  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  55.11 
 
 		 179 aa  195  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5591  PadR family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 196 aa  193  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  56 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  56 
 
 		 185 aa  191  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  56 
 
 		 196 aa  190  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  56 
 
 		 196 aa  190  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  56.79 
 
 		 179 aa  185  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3673  PadR family transcriptional regulator  53.55 
 
 		 189 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 183 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  56.89 
 
 		 202 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  56.89 
 
 		 202 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 192 aa  177  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4824  transcriptional regulator, PadR-like family  47.9 
 
 		 184 aa  145  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 181 aa  138  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  36.93 
 
 		 201 aa  131  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  41.71 
 
 		 189 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  39.43 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 183 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  35.23 
 
 		 179 aa  123  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  36.72 
 
 		 181 aa  114  6e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  36.93 
 
 		 179 aa  114  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  37.36 
 
 		 185 aa  99.4  3e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  32.97 
 
 		 188 aa  92.4  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  43.14 
 
 		 203 aa  84.7  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  31.75 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4651  PadR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 191 aa  80.1  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0244523  normal  0.199079 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  34.65 
 
 		 194 aa  78.6  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  35.56 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  37.25 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 175 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  41.41 
 
 		 172 aa  76.3  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  42 
 
 		 173 aa  74.7  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  31.58 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  28.74 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  36.92 
 
 		 190 aa  72  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  30.86 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2796  PadR-like family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000783217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 184 aa  67.4  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  30 
 
 		 185 aa  65.9  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  43.37 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  30 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 204 aa  62  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  26.82 
 
 		 305 aa  61.6  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  28.98 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  37 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3145  PadR-like family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1999  transcriptional regulator, PadR-like family  34 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.893773  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0865  hypothetical protein  31.82 
 
 		 179 aa  58.2  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5624  transcriptional regulator, PadR-like family  31 
 
 		 191 aa  57.8  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.218719 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 187 aa  57  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 168 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  34.78 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  31.58 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  32.14 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 179 aa  54.7  0.0000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  30.34 
 
 		 174 aa  53.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  31.25 
 
 		 222 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  33.66 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1362  transcriptional regulator, PadR-like family  34.15 
 
 		 223 aa  52  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323106  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  27.13 
 
 		 168 aa  52  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  37.21 
 
 		 174 aa  52  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1177  transcriptional regulator, PadR-like family  33.07 
 
 		 186 aa  51.6  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0592255  hitchhiker  0.00870551 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  26.97 
 
 		 174 aa  51.2  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3512  transcriptional repressor PadR  25.64 
 
 		 179 aa  51.2  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2526  PadR-like family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 183 aa  50.4  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0713427  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2019  transcriptional regulator, PadR-like family  26.19 
 
 		 160 aa  50.4  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.41981 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  28.09 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1910  PadR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 174 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4729  transcriptional regulator, PadR-like family  30.28 
 
 		 197 aa  48.9  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1343  transcriptional regulator PadR family protein  36.84 
 
 		 186 aa  48.9  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  33.33 
 
 		 174 aa  48.9  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1669  PadR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 179 aa  48.5  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.107785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1645  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 179 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1946  transcriptional regulator, PadR family  28.42 
 
 		 179 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 242 aa  48.1  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 175 aa  48.1  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3907  PadR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 207 aa  48.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.222073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  26.97 
 
 		 174 aa  47.8  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0811  PadR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 170 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 179 aa  47  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2867  PadR-like family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 215 aa  47  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.435148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0701  transcriptional regulator, PadR-like family  31.58 
 
 		 242 aa  46.2  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  21 
 
 		 325 aa  45.1  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4747  transcriptional regulator PadR family protein  31.63 
 
 		 252 aa  45.1  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0288  PadR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 248 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0298  PadR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 248 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0279  PadR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 221 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  28.99 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  25.74 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1924  PadR-like family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000157099 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>