More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1845 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1845  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 
295 aa  585  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1766  malonate decarboxylase subunit beta  68.94 
 
 
305 aa  381  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38997  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5372  malonate decarboxylase subunit beta  67.93 
 
 
292 aa  378  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2893  malonate decarboxylase subunit beta  69.9 
 
 
291 aa  370  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0077  malonate decarboxylase subunit beta  69.79 
 
 
300 aa  362  3e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.405933 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4018  malonate decarboxylase subunit beta  58.48 
 
 
300 aa  332  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1079  malonate decarboxylase subunit beta  55.89 
 
 
302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0792  beta subunit of malonate decarboxylase  58.21 
 
 
311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0446247  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2894  acetyl-CoA carboxylase beta subunit  57.62 
 
 
297 aa  306  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25289  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0026  malonate decarboxylase subunit beta  58.74 
 
 
310 aa  300  1e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.840906  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0048  malonate decarboxylase subunit beta  57.8 
 
 
310 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179733  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3153  malonate decarboxylase subunit beta  56.84 
 
 
306 aa  300  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0027  malonate decarboxylase subunit beta  58.74 
 
 
310 aa  299  3e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0169  malonate decarboxylase subunit beta  53.98 
 
 
309 aa  297  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262822  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6855  malonate decarboxylase subunit beta  55.09 
 
 
306 aa  291  8e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0790  malonate decarboxylase subunit beta  55.43 
 
 
309 aa  281  9e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1271  malonate decarboxylase subunit beta  55.43 
 
 
309 aa  281  9e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00826271  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1243  malonate decarboxylase subunit beta  56.3 
 
 
311 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  0.0801604 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1161  malonate decarboxylase subunit beta  54.91 
 
 
307 aa  278  7e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1144  malonate decarboxylase subunit beta  47.24 
 
 
295 aa  278  8e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.431032  normal  0.55922 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4414  malonate decarboxylase subunit beta  54.18 
 
 
334 aa  276  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.671916  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2048  malonate decarboxylase subunit beta  54.91 
 
 
310 aa  262  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4288  malonate decarboxylase subunit beta  54.28 
 
 
302 aa  262  6e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.49827  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3190  malonate decarboxylase subunit beta  51.62 
 
 
309 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409108 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1149  malonate decarboxylase subunit beta  54.55 
 
 
311 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571735  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3035  malonate decarboxylase subunit beta  53.14 
 
 
315 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0612  malonate decarboxylase subunit beta  53.14 
 
 
315 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241216  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0541  malonate decarboxylase subunit beta  53.14 
 
 
315 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1454  malonate decarboxylase subunit beta  53.14 
 
 
315 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601121  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1484  malonate decarboxylase subunit beta  53.14 
 
 
315 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1258  malonate decarboxylase subunit beta  53.14 
 
 
315 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309742  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1584  malonate decarboxylase subunit beta  52.77 
 
 
315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2801  malonate decarboxylase subunit beta  53.14 
 
 
315 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546817  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3296  malonate decarboxylase subunit beta  45.92 
 
 
318 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.966194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1059  malonate decarboxylase subunit beta  45.92 
 
 
318 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246574  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1324  malonate decarboxylase subunit beta  45.26 
 
 
318 aa  226  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5084  malonate decarboxylase, beta subunit  44.71 
 
 
283 aa  205  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0949  malonate decarboxylase subunit beta  45.21 
 
 
292 aa  205  9e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336349  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0445  malonate decarboxylase subunit beta  45.06 
 
 
283 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  40.59 
 
 
398 aa  190  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4942  malonate decarboxylase subunit beta  42.91 
 
 
281 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0873068 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3866  malonate decarboxylase subunit beta  42.91 
 
 
281 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2441  malonate decarboxylase subunit beta  41.89 
 
 
282 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139783  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4590  malonate decarboxylase subunit beta  41.34 
 
 
290 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10310  malonate decarboxylase subunit beta  43.97 
 
 
283 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00325574  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5084  malonate decarboxylase subunit beta  44.12 
 
 
296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297024  normal  0.137892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5299  malonate decarboxylase subunit beta  45.38 
 
 
283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2880  malonate decarboxylase subunit beta  41.38 
 
 
282 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0295  malonate decarboxylase subunit beta  44.07 
 
 
287 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.354415  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02580  malonate decarboxylase subunit beta  41.94 
 
 
287 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0046071  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4818  malonate decarboxylase subunit beta  45.45 
 
 
294 aa  178  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.049139  normal  0.0262322 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1847  malonate decarboxylase subunit beta  43.46 
 
 
300 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.5038  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4928  malonate decarboxylase subunit beta  41.96 
 
 
286 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1244  malonate decarboxylase subunit beta  38.06 
 
 
277 aa  169  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3776  malonate decarboxylase subunit beta  38.06 
 
 
277 aa  168  8e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2609  malonate decarboxylase subunit beta  40.29 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.17179  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  37 
 
 
380 aa  160  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  36.76 
 
 
499 aa  149  7e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0802  carboxyl transferase  34.88 
 
 
527 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000659561 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0034  carboxyl transferase  34.27 
 
 
516 aa  82.4  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3083  carboxyl transferase  34.27 
 
 
516 aa  82.4  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2881  carboxyl transferase  34.86 
 
 
514 aa  81.6  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0850  carboxyl transferase  36.31 
 
 
526 aa  81.3  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000103034  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2907  propionyl-CoA carboxylase  34.86 
 
 
514 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0792  carboxyl transferase  34.72 
 
 
524 aa  80.5  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.224802  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0930  carboxyl transferase  34.43 
 
 
518 aa  79.7  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0856  carboxyl transferase  36.31 
 
 
527 aa  79.3  0.00000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0690985  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0912  carboxyl transferase  34.27 
 
 
510 aa  79.3  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1021  carboxyl transferase  32.17 
 
 
531 aa  79  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.698781  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0156  carboxyl transferase  34.3 
 
 
513 aa  79.3  0.00000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.344953  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1041  carboxyl transferase  34.13 
 
 
542 aa  79  0.00000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25440  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  30.89 
 
 
532 aa  78.2  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199435  normal  0.360386 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0291  carboxyl transferase  33.01 
 
 
519 aa  78.2  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  30.5 
 
 
537 aa  78.2  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0195606  normal  0.225361 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1152  carboxyl transferase  31.85 
 
 
529 aa  78.6  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.579492  normal  0.513821 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0214  carboxyl transferase  31.8 
 
 
515 aa  77.4  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3374  carboxyl transferase  34.29 
 
 
510 aa  77.4  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.778087  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0699  carboxyl transferase  34.27 
 
 
516 aa  77  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0585  carboxyl transferase  32.35 
 
 
512 aa  77  0.0000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05890  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  32.85 
 
 
546 aa  75.5  0.0000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.35884 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2437  propionyl-CoA carboxylase  32.97 
 
 
477 aa  75.9  0.0000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000506601  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1593  carboxyl transferase  31.96 
 
 
514 aa  75.5  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0139637  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4364  carboxyl transferase  30.58 
 
 
541 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3025  carboxyl transferase  33.7 
 
 
532 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.432014 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3787  Propionyl-CoA carboxylase  34.86 
 
 
510 aa  75.5  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274179 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0821  carboxyl transferase  33.33 
 
 
536 aa  75.5  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.588825  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1840  carboxyl transferase  32.84 
 
 
542 aa  74.7  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.132711  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2536  carboxyl transferase  33.03 
 
 
531 aa  74.7  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.449472 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2130  carboxyl transferase  34.86 
 
 
514 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2361  carboxyl transferase  35.26 
 
 
513 aa  74.3  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000738755  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4004  carboxyl transferase  33.71 
 
 
511 aa  73.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1099  propionyl-CoA carboxylase  30.91 
 
 
535 aa  73.9  0.000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1317  carboxyl transferase  27.59 
 
 
512 aa  73.6  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0808  carboxyl transferase  31.62 
 
 
508 aa  73.9  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0999  carboxyl transferase  34.27 
 
 
527 aa  73.9  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3618  carboxyl transferase  33.14 
 
 
510 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.207692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1156  carboxyl transferase  34.81 
 
 
517 aa  73.6  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000234749  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1851  carboxyl transferase  33.71 
 
 
510 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2694  carboxyl transferase  32.86 
 
 
510 aa  73.6  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.219092 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2042  carboxyl transferase  31.63 
 
 
510 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0884189  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>