More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1799 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_2548  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  66.32 
 
 
597 aa  795    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.393014  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00683  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.77 
 
 
588 aa  636    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2332  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.790132  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2912  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  54.77 
 
 
588 aa  636    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.303768  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0501  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.426579  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1675  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.03 
 
 
588 aa  644    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.506283  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0344  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.58 
 
 
596 aa  646    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0592  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  52.52 
 
 
587 aa  643    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1265  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.77 
 
 
588 aa  652    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.648217  normal  0.132874 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1994  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  75.46 
 
 
592 aa  937    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.398561  normal  0.821237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1825  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  74.96 
 
 
592 aa  951    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.231317  normal  0.587479 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0890  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.11 
 
 
588 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0828  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.11 
 
 
588 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2197  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  52.09 
 
 
590 aa  638    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.223298  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1747  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0595  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.52 
 
 
589 aa  677    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0576  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.52 
 
 
589 aa  677    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1561  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  52.52 
 
 
587 aa  643    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2007  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  52.42 
 
 
590 aa  641    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82203  normal  0.426549 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0100  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  69.69 
 
 
616 aa  892    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.576611  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2863  succinate dehydrogenase subunit A  62.94 
 
 
594 aa  778    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2323  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  75.13 
 
 
592 aa  951    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5588  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  74.04 
 
 
591 aa  934    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1184  succinate dehydrogenase subunit A  58.32 
 
 
584 aa  703    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0642  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.77 
 
 
588 aa  637    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.928685  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1881  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.17 
 
 
603 aa  657    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0791  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.127831  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2471  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  55.46 
 
 
587 aa  675    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.926493  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00672  hypothetical protein  54.77 
 
 
588 aa  636    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2704  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  80.73 
 
 
602 aa  1030    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.017234 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2150  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.2 
 
 
592 aa  929    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1061  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  73.75 
 
 
592 aa  939    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.760541  normal  0.0367901 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4646  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.03 
 
 
591 aa  927    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.303055  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0857  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.11 
 
 
588 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000484772 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2029  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  54.66 
 
 
596 aa  653    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2932  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.77 
 
 
588 aa  636    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.606648  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0861  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  63.36 
 
 
587 aa  758    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1204  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  56.29 
 
 
594 aa  689    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.431605  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0662  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  930    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.536777  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6854  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.53 
 
 
591 aa  929    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.232059 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01353  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  53.86 
 
 
588 aa  635    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1746  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  52.85 
 
 
604 aa  642    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.721199  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00602  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.32 
 
 
596 aa  666    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0315  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  51.83 
 
 
598 aa  636    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.62165  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4363  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  74.04 
 
 
591 aa  934    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1799  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  100 
 
 
601 aa  1254    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2108  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  53.3 
 
 
590 aa  647    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.018563  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2425  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  77.13 
 
 
601 aa  987    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3602  succinate dehydrogenase subunit A  80.03 
 
 
598 aa  1020    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.229588 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2893  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  74.04 
 
 
591 aa  932    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4491  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  75.13 
 
 
592 aa  952    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238917 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1234  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.31 
 
 
588 aa  644    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1215  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  52.75 
 
 
590 aa  652    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1142  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.31 
 
 
589 aa  642    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.881943  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0109  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  69.85 
 
 
616 aa  894    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.461726  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2484  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  75.13 
 
 
592 aa  932    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.076646 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0263  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  70.68 
 
 
616 aa  897    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0380  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.58 
 
 
596 aa  644    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3032  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  52.93 
 
 
604 aa  641    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4431  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2970  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.64 
 
 
588 aa  636    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.431118  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2470  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.328563  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2149  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  75.13 
 
 
592 aa  952    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.44337  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3592  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322313  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3691  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  53.09 
 
 
590 aa  649    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3829  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.2 
 
 
591 aa  927    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.726427  normal  0.325233 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1831  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.385612  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0815  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.77 
 
 
588 aa  636    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.233209  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2107  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  57.07 
 
 
603 aa  671    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2168  succinate dehydrogenase subunit A  79.93 
 
 
596 aa  1014    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.274751 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0736  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.77 
 
 
588 aa  636    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0771  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.77 
 
 
588 aa  636    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0793  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.11 
 
 
588 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.83395  normal  0.0589165 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1537  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.15 
 
 
596 aa  650    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3313  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.2 
 
 
591 aa  927    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.775913 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44030  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  53.09 
 
 
590 aa  649    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2883  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.64 
 
 
588 aa  636    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0212451  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.373287  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2362  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  56.41 
 
 
595 aa  697    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1310  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  53.3 
 
 
595 aa  641    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.194206  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0844  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.37 
 
 
589 aa  655    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5838  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.03 
 
 
591 aa  927    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1467  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  57.98 
 
 
587 aa  709    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38125  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1224  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.94 
 
 
588 aa  647    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0959958 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4358  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  75.13 
 
 
592 aa  952    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1425  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.18 
 
 
588 aa  638    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00837732  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1382  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.64 
 
 
588 aa  636    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.332477  normal  0.921061 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0750  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.77 
 
 
588 aa  636    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2916  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  54.97 
 
 
588 aa  639    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2254  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.05 
 
 
588 aa  665    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453422  normal  0.274072 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0760  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  74.75 
 
 
592 aa  952    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0767  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.11 
 
 
588 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2285  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  77.05 
 
 
601 aa  978    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2202  succinate dehydrogenase subunit A  78.39 
 
 
602 aa  1003    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443729  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3034  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  80.03 
 
 
597 aa  1006    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2795  succinate dehydrogenase subunit A  77.05 
 
 
601 aa  978    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0609564 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3102  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  55.65 
 
 
588 aa  648    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1623  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.37 
 
 
591 aa  929    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.829702  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4352  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  78.96 
 
 
601 aa  1018    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.602613  normal  0.276031 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1428  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  82.56 
 
 
602 aa  1055    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>