More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1788 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5243  tryptophan synthase subunit beta  85.89 
 
 		 418 aa  744    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  77.64 
 
 		 397 aa  639    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  77.11 
 
 		 403 aa  647    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  76.37 
 
 		 397 aa  637    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  83.93 
 
 		 412 aa  721    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  77.39 
 
 		 397 aa  642    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  76.88 
 
 		 397 aa  644    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1415  tryptophan synthase subunit beta  86.16 
 
 		 425 aa  744    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1682  tryptophan synthase subunit beta  87.14 
 
 		 428 aa  761    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  75.87 
 
 		 397 aa  638    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  76.63 
 
 		 397 aa  634    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2592  tryptophan synthase subunit beta  84.83 
 
 		 422 aa  743    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  76.63 
 
 		 397 aa  642    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1788  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 435 aa  906    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  75.69 
 
 		 400 aa  637    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3616  tryptophan synthase subunit beta  87.71 
 
 		 447 aa  767    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.8802 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  76.87 
 
 		 403 aa  637    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3239  tryptophan synthase subunit beta  85.07 
 
 		 422 aa  746    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4868  tryptophan synthase subunit beta  83.37 
 
 		 421 aa  734    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1215  tryptophan synthase subunit beta  84.83 
 
 		 422 aa  747    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236312 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3046  tryptophan synthase subunit beta  88.26 
 
 		 434 aa  771    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  76.88 
 
 		 397 aa  631  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  76.63 
 
 		 397 aa  633  1e-180  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  76.63 
 
 		 397 aa  633  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  76.63 
 
 		 397 aa  634  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  76.63 
 
 		 397 aa  633  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  76.63 
 
 		 397 aa  633  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  75.62 
 
 		 397 aa  634  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  76.88 
 
 		 397 aa  631  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  76.63 
 
 		 397 aa  633  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  76.88 
 
 		 397 aa  631  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  76.63 
 
 		 397 aa  633  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  76.38 
 
 		 397 aa  629  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  76.2 
 
 		 397 aa  627  1e-179  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  77.02 
 
 		 407 aa  628  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  76.46 
 
 		 397 aa  630  1e-179  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  75.38 
 
 		 397 aa  624  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  75.38 
 
 		 397 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0870  tryptophan synthase subunit beta  76.05 
 
 		 399 aa  622  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1914  tryptophan synthase subunit beta  75.77 
 
 		 399 aa  618  1e-176  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.148244  normal  0.536089 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  72.84 
 
 		 409 aa  598  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  69.14 
 
 		 398 aa  588  1e-167  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  70.38 
 
 		 405 aa  584  1e-166  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  69.47 
 
 		 402 aa  586  1e-166  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  70.3 
 
 		 394 aa  580  1e-164  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  68.58 
 
 		 399 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  68.58 
 
 		 399 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0432  tryptophan synthase subunit beta  67.68 
 
 		 424 aa  565  1e-160  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  68.35 
 
 		 403 aa  566  1e-160  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0467  tryptophan synthase subunit beta  67.94 
 
 		 424 aa  563  1.0000000000000001e-159  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.826366 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1268  tryptophan synthase subunit beta  67.59 
 
 		 399 aa  560  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1267  tryptophan synthase subunit beta  67.59 
 
 		 399 aa  560  1e-158  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  66.58 
 
 		 406 aa  559  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0755  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 		 415 aa  557  1e-157  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000954006  normal  0.692308 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  66.16 
 
 		 401 aa  557  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01270  tryptophan synthase subunit beta  66.58 
 
 		 405 aa  551  1e-156  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  67.26 
 
 		 411 aa  553  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2042  tryptophan synthase subunit beta  66.08 
 
 		 403 aa  549  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.104617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  67.6 
 
 		 405 aa  550  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  68.01 
 
 		 418 aa  551  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  68.03 
 
 		 409 aa  550  1e-155  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  65.05 
 
 		 411 aa  545  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1261  tryptophan synthase subunit beta  65.67 
 
 		 404 aa  545  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0644  tryptophan synthase subunit beta  66.58 
 
 		 405 aa  543  1e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0728  tryptophan synthase subunit beta  66.84 
 
 		 405 aa  544  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  67.01 
 
 		 404 aa  541  1e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  65.32 
 
 		 396 aa  536  1e-151  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  65.82 
 
 		 404 aa  534  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  63.87 
 
 		 397 aa  531  1e-150  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  63.45 
 
 		 405 aa  530  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  64.63 
 
 		 404 aa  529  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  62.69 
 
 		 410 aa  530  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  65.56 
 
 		 409 aa  527  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1049  tryptophan synthase, beta subunit  64.07 
 
 		 402 aa  523  1e-147  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.644397  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  62.34 
 
 		 397 aa  521  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0253  tryptophan synthase subunit beta  64.47 
 
 		 396 aa  521  1e-147  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.208201  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  63.68 
 
 		 411 aa  523  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  64.63 
 
 		 410 aa  523  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0020  tryptophan synthase subunit beta  63.2 
 
 		 406 aa  518  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  63.45 
 
 		 406 aa  520  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1186  tryptophan synthase subunit beta  63.52 
 
 		 394 aa  521  1e-146  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00284462  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  62.91 
 
 		 408 aa  520  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  63.43 
 
 		 402 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  62.69 
 
 		 406 aa  520  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0097  tryptophan synthase subunit beta  62.44 
 
 		 407 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  63.45 
 
 		 396 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  63.17 
 
 		 410 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  61.9 
 
 		 396 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0072  tryptophan synthase subunit beta  63.36 
 
 		 404 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00296113  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  62.4 
 
 		 406 aa  516  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  63.96 
 
 		 406 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  62.94 
 
 		 406 aa  511  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0158  tryptophan synthase, beta subunit  61.32 
 
 		 409 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.994719  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0925  tryptophan synthase subunit beta  63.2 
 
 		 396 aa  514  1e-144  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.7410900000000002e-34 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1511  tryptophan synthase subunit beta  62.09 
 
 		 406 aa  512  1e-144  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.818044  normal  0.388935 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0635  tryptophan synthase subunit beta  62.6 
 
 		 404 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.874907  normal  0.0737735 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0392  tryptophan synthase subunit beta  61.93 
 
 		 404 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  63.61 
 
 		 410 aa  514  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  62.15 
 
 		 402 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4281  tryptophan synthase subunit beta  63.2 
 
 		 406 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486908  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>