More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1787 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1787  tryptophan synthase subunit alpha  100 
 
 		 273 aa  547  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3047  tryptophan synthase subunit alpha  78.68 
 
 		 272 aa  430  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3617  tryptophan synthase subunit alpha  78.68 
 
 		 272 aa  428  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2593  tryptophan synthase subunit alpha  76.47 
 
 		 269 aa  414  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3240  tryptophan synthase subunit alpha  76.84 
 
 		 269 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1214  tryptophan synthase subunit alpha  76.01 
 
 		 285 aa  408  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0210268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5244  tryptophan synthase subunit alpha  73.16 
 
 		 269 aa  398  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776632 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1414  tryptophan synthase subunit alpha  74.07 
 
 		 285 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4867  tryptophan synthase subunit alpha  71.94 
 
 		 279 aa  386  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.16502 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1683  tryptophan synthase subunit alpha  69.6 
 
 		 271 aa  353  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1981  tryptophan synthase subunit alpha  64.71 
 
 		 265 aa  350  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0328382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1811  tryptophan synthase subunit alpha  63.6 
 
 		 265 aa  350  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2135  tryptophan synthase subunit alpha  63.6 
 
 		 265 aa  348  7e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.192647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2465  tryptophan synthase subunit alpha  61.76 
 
 		 265 aa  335  3.9999999999999995e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2156  tryptophan synthase subunit alpha  67.03 
 
 		 272 aa  335  7e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.156155  normal  0.0897889 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2304  tryptophan synthase subunit alpha  63.24 
 
 		 265 aa  325  3e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2879  tryptophan synthase subunit alpha  57.88 
 
 		 270 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.526675  normal  0.678186 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0773  tryptophan synthase subunit alpha  56.04 
 
 		 265 aa  310  2e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0621096  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3061  tryptophan synthase subunit alpha  60.66 
 
 		 273 aa  310  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.691783  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6840  tryptophan synthase subunit alpha  57.88 
 
 		 270 aa  308  9e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.76658  normal  0.863565 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3855  tryptophan synthase subunit alpha  57.35 
 
 		 271 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2123  tryptophan synthase subunit alpha  57.35 
 
 		 271 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.689803  normal  0.0114764 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3350  tryptophan synthase subunit alpha  57.2 
 
 		 272 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4620  tryptophan synthase subunit alpha  58.82 
 
 		 271 aa  304  8.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.26381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4376  tryptophan synthase subunit alpha  58.76 
 
 		 271 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3568  tryptophan synthase subunit alpha  58.09 
 
 		 271 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4407  tryptophan synthase subunit alpha  58.09 
 
 		 271 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3960  tryptophan synthase subunit alpha  58.09 
 
 		 271 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0955296 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1048  tryptophan synthase subunit alpha  54.58 
 
 		 265 aa  298  5e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.477219 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0681  tryptophan synthase subunit alpha  59.93 
 
 		 271 aa  294  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.813557  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1697  tryptophan synthase, alpha chain  55.68 
 
 		 268 aa  293  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22774 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2305  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 271 aa  291  9e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00651609  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1719  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 271 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0531  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 271 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.185839  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0767  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 271 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2443  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 271 aa  290  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.196043  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1651  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 271 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1860  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 271 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.184967  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1158  tryptophan synthase, alpha subunit  52.33 
 
 		 276 aa  281  1e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.814053  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1254  tryptophan synthase subunit alpha  57.3 
 
 		 266 aa  278  7e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.521537  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1021  tryptophan synthase  53.65 
 
 		 271 aa  276  3e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1913  tryptophan synthase, alpha chain  52.94 
 
 		 273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.075631  normal  0.497259 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0871  tryptophan synthase, alpha chain  56.78 
 
 		 268 aa  271  7e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.675089  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1911  tryptophan synthase subunit alpha  51.84 
 
 		 279 aa  268  7e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.293474  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1262  tryptophan synthase, alpha chain  53.45 
 
 		 271 aa  262  4.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1333  tryptophan synthase, alpha subunit  55.27 
 
 		 277 aa  261  8.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0804  tryptophan synthase, alpha subunit  49.46 
 
 		 272 aa  257  2e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.28241  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2494  tryptophan synthase, alpha subunit  51.44 
 
 		 267 aa  254  8e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1237  tryptophan synthase subunit alpha  51.64 
 
 		 274 aa  248  7e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.763489 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2043  tryptophan synthase, alpha subunit  46.91 
 
 		 268 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0998342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2078  tryptophan synthase, alpha chain  46.74 
 
 		 270 aa  246  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1557  tryptophan synthase subunit alpha  51.8 
 
 		 270 aa  244  8e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0468  tryptophan synthase subunit alpha  48.03 
 
 		 272 aa  243  3e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.270777  normal  0.54371 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0645  tryptophan synthase subunit alpha  50.55 
 
 		 268 aa  241  1e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0433  tryptophan synthase subunit alpha  48.03 
 
 		 278 aa  241  1e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0729  tryptophan synthase subunit alpha  50.55 
 
 		 268 aa  241  1e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0756  tryptophan synthase subunit alpha  49.59 
 
 		 275 aa  240  2e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000897023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1803  tryptophan synthase, alpha subunit  53.78 
 
 		 273 aa  239  4e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1268  tryptophan synthase subunit alpha  45.09 
 
 		 272 aa  238  5.999999999999999e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1269  tryptophan synthase subunit alpha  44.73 
 
 		 272 aa  237  2e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2068  tryptophan synthase subunit alpha  49.8 
 
 		 272 aa  230  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.659301  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1726  tryptophan synthase subunit alpha  49.8 
 
 		 272 aa  230  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.195248  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2371  tryptophan synthase subunit alpha  47.25 
 
 		 264 aa  224  9e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0243163  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0037  tryptophan synthase subunit alpha  47.18 
 
 		 268 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0097  tryptophan synthase subunit alpha  47.18 
 
 		 269 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0082  tryptophan synthase subunit alpha  47.18 
 
 		 269 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  hitchhiker  0.00038137 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0097  tryptophan synthase subunit alpha  47.18 
 
 		 269 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000224366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0100  tryptophan synthase subunit alpha  45.86 
 
 		 269 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  hitchhiker  0.000187613 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01272  tryptophan synthase subunit alpha  48.38 
 
 		 268 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2727  tryptophan synthase subunit alpha  45.76 
 
 		 271 aa  216  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.186329  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1693  tryptophan synthase subunit alpha  42.86 
 
 		 271 aa  216  5e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000483828  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00440  tryptophan synthase subunit alpha  45.97 
 
 		 268 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.203151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0096  tryptophan synthase subunit alpha  46.72 
 
 		 278 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0391  tryptophan synthase subunit alpha  45.97 
 
 		 277 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.403186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0033  tryptophan synthase subunit alpha  45.97 
 
 		 269 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0104  tryptophan synthase subunit alpha  44.76 
 
 		 270 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0159  tryptophan synthase, alpha subunit  45.56 
 
 		 270 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0062  tryptophan synthase subunit alpha  45.34 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0070  tryptophan synthase subunit alpha  46.27 
 
 		 269 aa  211  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1988  tryptophan synthase subunit alpha  45.9 
 
 		 277 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.011593 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1621  tryptophan synthase subunit alpha  44.49 
 
 		 278 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0073  tryptophan synthase subunit alpha  48.36 
 
 		 278 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0126825  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1965  tryptophan synthase subunit alpha  52.47 
 
 		 274 aa  208  9e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0333  tryptophan synthase subunit alpha  46 
 
 		 265 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2950  tryptophan synthase subunit alpha  43.28 
 
 		 261 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0952  tryptophan synthase subunit alpha  42.8 
 
 		 272 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0054  tryptophan synthase subunit alpha  45.75 
 
 		 278 aa  206  3e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130781 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3428  tryptophan synthase, alpha chain  45.97 
 
 		 271 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0664  tryptophan synthase subunit alpha  43.32 
 
 		 281 aa  206  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3238  tryptophan synthase subunit alpha  44.53 
 
 		 279 aa  206  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1162  tryptophan synthase subunit alpha  40.96 
 
 		 267 aa  206  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02130  tryptophan synthase subunit alpha  44.76 
 
 		 269 aa  205  5e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0021  tryptophan synthase subunit alpha  43.9 
 
 		 279 aa  205  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2841  tryptophan synthase subunit alpha  51 
 
 		 269 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0349  tryptophan synthase subunit alpha  44.8 
 
 		 263 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0121944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3584  tryptophan synthase subunit alpha  45.6 
 
 		 263 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.421277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0895  tryptophan synthase subunit alpha  44.4 
 
 		 267 aa  203  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.76e-31 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0634  tryptophan synthase subunit alpha  45.78 
 
 		 278 aa  202  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.12721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4910  tryptophan synthase subunit alpha  43.8 
 
 		 280 aa  202  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  0.738486 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1948  tryptophan synthase subunit alpha  42.75 
 
 		 261 aa  202  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.54556 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>