74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1709 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1709  hypothetical protein  100 
 
 
534 aa  1069  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0512  hypothetical protein  35.62 
 
 
546 aa  318  1e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3025  hypothetical protein  35.7 
 
 
546 aa  285  2e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.487513  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3642  hypothetical protein  31.45 
 
 
544 aa  267  4e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  3.93022e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0090  protein of unknown function DUF342  34.56 
 
 
565 aa  255  2e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0671  protein of unknown function DUF342  30.73 
 
 
545 aa  251  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.38243e-32 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0568  hypothetical protein  29.65 
 
 
556 aa  216  1e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.235837 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3979  hypothetical protein  28.05 
 
 
556 aa  210  7e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0826  hypothetical protein  28.14 
 
 
563 aa  205  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2455  hypothetical protein  31.87 
 
 
538 aa  202  2e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3231  hypothetical protein  28.9 
 
 
556 aa  194  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3165  hypothetical protein  28.02 
 
 
562 aa  193  7e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0596  hypothetical protein  32.43 
 
 
554 aa  190  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3531  hypothetical protein  29.16 
 
 
562 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0830  protein of unknown function DUF342  29.66 
 
 
562 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.04321e-07 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0837  hypothetical protein  29.66 
 
 
562 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0805  hypothetical protein  29.66 
 
 
562 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0010  hypothetical protein  28.63 
 
 
547 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.736924  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0539  hypothetical protein  28.42 
 
 
555 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0674  hypothetical protein  27.95 
 
 
563 aa  180  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0199689 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3273  hypothetical protein  28.83 
 
 
563 aa  179  9e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00316716 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4141  hypothetical protein  27.76 
 
 
556 aa  179  9e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.5265 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3451  hypothetical protein  27.95 
 
 
563 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0113855 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0158  hypothetical protein  30.73 
 
 
556 aa  176  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2978  hypothetical protein  27.53 
 
 
555 aa  176  9e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0872  hypothetical protein  28.16 
 
 
541 aa  176  1e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0262539  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3684  hypothetical protein  26.76 
 
 
562 aa  173  8e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1423  protein of unknown function DUF342  25.66 
 
 
622 aa  157  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  5.79847e-05  normal  0.370296 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02406  hypothetical protein  27.43 
 
 
551 aa  157  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122562  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16620  predicted polymerase, contains PALM domain, HD hydrolase domain and Zn-ribbon domain  27.95 
 
 
611 aa  156  8e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1695  hypothetical protein  28.97 
 
 
562 aa  156  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07053  hypothetical protein  28.12 
 
 
566 aa  156  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2021  protein of unknown function DUF342  28.33 
 
 
463 aa  152  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000996  predicted polymerase  27.08 
 
 
559 aa  149  2e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.717686  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0879  hypothetical protein  27.15 
 
 
467 aa  146  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00425584  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2173  hypothetical protein  22.77 
 
 
552 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.819375  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0498  hypothetical protein  28.72 
 
 
542 aa  140  4e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.578621  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0176  protein of unknown function DUF342  26.9 
 
 
660 aa  139  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.13292e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0473  hypothetical protein  27.55 
 
 
467 aa  137  5e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2143  protein of unknown function DUF342  25.3 
 
 
461 aa  120  5e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0160634  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2684  hypothetical protein  26.98 
 
 
532 aa  118  2e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1511  hypothetical protein  26.93 
 
 
527 aa  117  4e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1305  protein of unknown function DUF342  27.13 
 
 
530 aa  117  4e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.431943  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2682  hypothetical protein  25.42 
 
 
656 aa  117  8e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.254687  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2410  hypothetical protein  27.85 
 
 
530 aa  109  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0881  hypothetical protein  27.03 
 
 
462 aa  107  8e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000540176  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1663  hypothetical protein  25.62 
 
 
459 aa  107  8e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.75912e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2234  hypothetical protein  26.6 
 
 
484 aa  106  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.260747  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0452  protein of unknown function DUF342  36.75 
 
 
603 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0657  hypothetical protein  26.48 
 
 
509 aa  102  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0394  hypothetical protein  31.76 
 
 
543 aa  101  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000249945  normal  0.153411 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2246  protein of unknown function DUF342  26.44 
 
 
520 aa  97.4  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3178  hypothetical protein  25.36 
 
 
529 aa  96.3  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1534  polymerase  26.58 
 
 
629 aa  95.9  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.451593  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1361  polymerase  27.53 
 
 
653 aa  95.1  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0823  hypothetical protein  32.76 
 
 
691 aa  90.9  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00604121  normal  0.0176105 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0194  hypothetical protein  28.31 
 
 
455 aa  90.1  9e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1534  hypothetical protein  26.61 
 
 
456 aa  89.4  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.196772  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0273  hypothetical protein  25.46 
 
 
634 aa  87.8  4e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0219  protein of unknown function DUF342  28.25 
 
 
501 aa  87  8e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.102298  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0192  hypothetical protein  26.06 
 
 
455 aa  85.5  2e-15  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0389  protein of unknown function DUF342  21.69 
 
 
578 aa  82  2e-14  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1859  hypothetical protein  28.51 
 
 
603 aa  76.6  1e-12  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1256  protein of unknown function DUF342  25.07 
 
 
378 aa  74.3  5e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.912515  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0028  protein of unknown function DUF342  24.06 
 
 
525 aa  72.8  2e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1231  hypothetical protein  22.99 
 
 
462 aa  72  2e-11  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0251  protein of unknown function DUF342  27.61 
 
 
381 aa  68.6  2e-10  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0226778 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1398  hypothetical protein  23.04 
 
 
728 aa  66.6  1e-09  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0429  hypothetical protein  27.15 
 
 
574 aa  61.6  3e-08  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1718  hypothetical protein  26.37 
 
 
371 aa  59.3  2e-07  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0679747  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2318  hypothetical protein  26.42 
 
 
371 aa  53.9  8e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00575561 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1631  hypothetical protein  25.39 
 
 
378 aa  52.8  2e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.83823  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4099  protein of unknown function DUF342  28.36 
 
 
598 aa  51.6  4e-05  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.08473e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1150  hypothetical protein  24.34 
 
 
638 aa  45.8  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.216644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>