122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1679 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1679  hypothetical protein  100 
 
 
295 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0876  biotin synthesis protein BioC  61.38 
 
 
300 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2862  biotin synthesis protein BioC  61.56 
 
 
302 aa  365  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.41686  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1243  biotin synthesis protein BioC  60.07 
 
 
300 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341992  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3539  biotin synthesis protein BioC  61.56 
 
 
302 aa  366  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.662235  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1672  biotin synthesis protein BioC  60.47 
 
 
300 aa  360  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.724893  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1187  hypothetical protein  64.16 
 
 
317 aa  357  9.999999999999999e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3908  biotin synthesis protein BioC  62.59 
 
 
305 aa  352  4e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4394  biotin synthesis protein BioC  58.84 
 
 
304 aa  345  6e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3183  biotin synthesis protein BioC  47.4 
 
 
310 aa  239  4e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.388921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3817  biotin synthesis protein BioC  46.55 
 
 
310 aa  221  8e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.335829 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0619  biotin synthesis protein  38.01 
 
 
297 aa  146  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0670  hypothetical protein  37.94 
 
 
338 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.562342  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0172  hypothetical protein  37.94 
 
 
338 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1420  hypothetical protein  37.24 
 
 
321 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0487  putative biotin biosynthesis protein BioC  37.24 
 
 
321 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0505  putative biotin biosynthesis protein BioC  37.24 
 
 
321 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2847  hypothetical protein  37.24 
 
 
321 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0312  putative methylase involved in ubiquinone/menaquinone biosynthesis  34 
 
 
333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0259  methyltransferase type 11  36.58 
 
 
300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0424  hypothetical protein  36.17 
 
 
338 aa  139  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0274  methyltransferase type 11  34.4 
 
 
319 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.372157  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6178  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  34.63 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4173  hypothetical protein  34.1 
 
 
338 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2904  methyltransferase type 11  35.21 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2766  methyltransferase type 11  35.21 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0360  putative biotin synthesis protein (methyltransferase)  36.94 
 
 
367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.591727 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2235  methyltransferase type 11  34.63 
 
 
321 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2849  methyltransferase type 11  34.63 
 
 
321 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1132  biotin biosynthesis protein BioC  33.45 
 
 
307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0235  Methyltransferase type 11  36.4 
 
 
313 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0198521 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0454  methyltransferase type 11  34.15 
 
 
321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0542  Methyltransferase type 11  32.99 
 
 
321 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.617554  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1535  Methyltransferase type 11  34.97 
 
 
320 aa  128  9.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0216  Methyltransferase type 11  35.11 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.320783 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2860  methyltransferase type 11  34.31 
 
 
279 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0421  biotin biosynthesis protein BioC  33.46 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000894072 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0245  biotin synthesis protein BioC  33.46 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1981  biotin biosynthesis protein BioC  31.64 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1881  biotin biosynthesis protein BioC  33.33 
 
 
266 aa  114  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0598822  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2279  hypothetical protein  32.18 
 
 
284 aa  113  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0322  biotin biosynthesis protein BioC  33.33 
 
 
306 aa  112  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0126192 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2161  biotin biosynthesis protein BioC  32.16 
 
 
291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3013  biotin biosynthesis protein BioC  34.94 
 
 
291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.755782  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2251  hypothetical protein  31.42 
 
 
284 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1611  biotin synthesis protein  32.56 
 
 
281 aa  106  5e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2433  biotin biosynthesis protein BioC  40.57 
 
 
291 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0734686 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0573  putative methyltransferase  32.17 
 
 
281 aa  105  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0960  biotin biosynthesis protein BioC  32.03 
 
 
295 aa  101  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.131557  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0157  biotin biosynthesis protein BioC  35.89 
 
 
290 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.322 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1646  Methyltransferase type 11  29.55 
 
 
290 aa  93.2  5e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.735409  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2098  biotin biosynthesis protein BioC  30.12 
 
 
309 aa  89.7  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1941  methyltransferase type 11  30.22 
 
 
251 aa  89.7  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3831  biotin biosynthesis protein BioC  28.97 
 
 
294 aa  88.2  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03630  biotin biosynthesis protein BioC  30.43 
 
 
294 aa  84  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0926  biotin synthesis protein  29.77 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.676817  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0822  biotin biosynthesis protein BioC  29.77 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1400  methyltransferase type 11  30.77 
 
 
301 aa  68.6  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1735  methyltransferase type 11  30.91 
 
 
320 aa  68.9  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0395  biotin biosynthesis protein BioC  29.44 
 
 
272 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0883344  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0391  biotin biosynthesis protein BioC  29.65 
 
 
276 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0365  biotin biosynthesis protein BioC  27.83 
 
 
272 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.380868  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1879  hypothetical protein  36.28 
 
 
297 aa  65.1  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1809  hypothetical protein  36.28 
 
 
297 aa  65.1  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.492248  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3824  putative methyltransferase protein  33.04 
 
 
294 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563135  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0109  methyltransferase type 11  28.64 
 
 
277 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3007  methyltransferase type 11  29.27 
 
 
292 aa  63.9  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4085  biotin biosynthesis protein BioC  30.84 
 
 
267 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4837  biotin biosynthesis protein BioC  27.86 
 
 
272 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.672386 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06540  putative biotin synthesis protein BioC  30.05 
 
 
274 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1027  methyltransferase type 11  35.4 
 
 
298 aa  63.2  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2511  hypothetical protein  31.01 
 
 
299 aa  62.4  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.282001 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0125  Methyltransferase type 11  34.33 
 
 
289 aa  61.6  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.478416  normal  0.0344418 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0736  hypothetical protein  30.72 
 
 
308 aa  62  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.3398  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0522  methyltransferase  33.04 
 
 
279 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.255454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0603  putative biotin synthesis protein BioC  30.6 
 
 
274 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3533  putative methyltransferase protein  29.45 
 
 
294 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2901  hypothetical protein  35.85 
 
 
279 aa  59.3  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.525619  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3499  SAM-dependent methyltransferase  34.21 
 
 
289 aa  58.9  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0938  methyltransferase type 11  33.05 
 
 
304 aa  58.9  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.455368 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06010  biotin synthesis protein BioC  29.32 
 
 
267 aa  58.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746653  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3105  methyltransferase type 11  26.98 
 
 
311 aa  58.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.344458  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2265  methyltransferase type 11  29.88 
 
 
305 aa  57.4  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.45825  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0294  hypothetical protein  34.78 
 
 
293 aa  55.8  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0599  Methyltransferase type 11  28.64 
 
 
274 aa  55.8  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.586839  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0028  hypothetical protein  27.34 
 
 
277 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0366  hypothetical protein  36.08 
 
 
296 aa  55.1  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1710  Methyltransferase type 11  31.3 
 
 
295 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.281828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0497  biotin synthesis protein BioC  25.73 
 
 
269 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.572424  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0560  methyltransferase type 11  28.57 
 
 
305 aa  54.7  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4684  biotin synthesis protein BioC  23.91 
 
 
269 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.701434  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1922  biotin biosynthesis protein BioC  27.27 
 
 
279 aa  53.9  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.152258  decreased coverage  0.00125244 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4813  methyltransferase type 11  30.43 
 
 
292 aa  53.1  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000890432 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0668  hypothetical protein  27.06 
 
 
240 aa  52  0.00001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2677  methyltransferase type 11  30.97 
 
 
296 aa  52  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0481  methyltransferase  29.01 
 
 
312 aa  51.2  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2584  SAM-dependent methyltransferase  33.61 
 
 
279 aa  51.2  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2109  hypothetical protein  24.79 
 
 
263 aa  50.4  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0900704  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3971  methyltransferase  33.33 
 
 
289 aa  50.4  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5173  biotin biosynthesis protein BioC  24.29 
 
 
268 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0205142  normal  0.27831 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>