293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1678 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1678  ComF family protein  100 
 
 
230 aa  463  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591029  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4395  ComF family protein  61.88 
 
 
238 aa  253  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.136408  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  55.51 
 
 
242 aa  241  7e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  55.07 
 
 
242 aa  238  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3909  ComF family protein  53.98 
 
 
238 aa  234  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  53.36 
 
 
271 aa  224  9e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  52.52 
 
 
255 aa  219  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1671  ComF family protein  47.19 
 
 
244 aa  181  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  42.92 
 
 
230 aa  159  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  36.77 
 
 
266 aa  129  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  33.74 
 
 
296 aa  125  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  36.77 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  36.89 
 
 
227 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  37.87 
 
 
268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  37.09 
 
 
241 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  35.4 
 
 
241 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  38.86 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  36.36 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  36.61 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  35.89 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  36.09 
 
 
255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  36.36 
 
 
243 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  34.96 
 
 
240 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  36 
 
 
240 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  34.91 
 
 
261 aa  104  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  37.05 
 
 
279 aa  104  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2767  phosphoribosyltransferase  37.3 
 
 
270 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  33.97 
 
 
243 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  35.94 
 
 
233 aa  102  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  37.24 
 
 
230 aa  100  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  36.73 
 
 
240 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  35.68 
 
 
245 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.1 
 
 
246 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2846  ComF family protein  36.96 
 
 
255 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3200  ComF family protein  36.96 
 
 
242 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0669  ComF family protein  36.96 
 
 
255 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0486  putative competence protein  36.96 
 
 
255 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1419  ComF family protein  36.96 
 
 
255 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0504  putative competence protein  36.96 
 
 
255 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0173  ComF family protein  36.96 
 
 
255 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  33.33 
 
 
244 aa  99  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4754  phosphoribosyltransferase  31.65 
 
 
276 aa  98.6  8e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000245098  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  33.04 
 
 
258 aa  98.2  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 
261 aa  98.2  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  36.11 
 
 
238 aa  97.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  34.86 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  34.38 
 
 
279 aa  97.1  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000754112  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
247 aa  96.7  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  33.77 
 
 
242 aa  96.3  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  37.68 
 
 
217 aa  96.7  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1412  hypothetical protein  27.01 
 
 
231 aa  95.9  5e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0156224  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  32.93 
 
 
220 aa  95.9  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  34.4 
 
 
238 aa  95.1  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  32.6 
 
 
258 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  30.04 
 
 
247 aa  94.7  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  28.57 
 
 
247 aa  94.7  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000228235  hitchhiker  0.000000230998 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  33.94 
 
 
239 aa  93.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  29.39 
 
 
245 aa  93.6  2e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  34.27 
 
 
244 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
255 aa  92.8  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2905  phosphoribosyltransferase  37.3 
 
 
270 aa  92.8  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  32.72 
 
 
233 aa  91.7  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  30.54 
 
 
262 aa  90.9  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  35.17 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0152  amidophosphoribosyltransferase-like protein  25.99 
 
 
238 aa  90.5  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0150126  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  35.07 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6179  phosphoribosyltransferase  37.97 
 
 
263 aa  89.7  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  26.87 
 
 
245 aa  89.7  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2861  phosphoribosyltransferase  38.08 
 
 
265 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.603337 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  32.62 
 
 
245 aa  89.7  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  30.6 
 
 
256 aa  89  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  35.45 
 
 
233 aa  88.6  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  32.19 
 
 
241 aa  88.6  8e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  31.39 
 
 
241 aa  88.2  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  37.74 
 
 
258 aa  88.2  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  30.36 
 
 
234 aa  88.2  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1942  phosphoribosyltransferase  31.47 
 
 
247 aa  87.8  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  34.07 
 
 
231 aa  87.8  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  28.43 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  32.62 
 
 
241 aa  87.8  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2236  phosphoribosyltransferase  39.17 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32.34 
 
 
238 aa  87  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  33.63 
 
 
237 aa  86.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  33.63 
 
 
263 aa  86.3  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  34.68 
 
 
237 aa  86.3  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  34.86 
 
 
299 aa  85.9  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  30.67 
 
 
234 aa  85.9  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  33.92 
 
 
222 aa  85.9  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  33.04 
 
 
269 aa  85.9  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2850  phosphoribosyltransferase  38.49 
 
 
265 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  32.03 
 
 
243 aa  85.5  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  30.1 
 
 
233 aa  85.1  9e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  33.77 
 
 
241 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  31.58 
 
 
227 aa  84.3  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  33.83 
 
 
243 aa  84.7  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  35.47 
 
 
248 aa  84.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  27.8 
 
 
229 aa  84.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  31.42 
 
 
233 aa  83.6  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000115929  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  29.68 
 
 
237 aa  84  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  29.05 
 
 
226 aa  83.6  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>