More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1553 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_1208  trigger factor  82.76 
 
 		 436 aa  731    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.774051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1460  trigger factor  80.73 
 
 		 436 aa  731    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.944672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1553  trigger factor  100 
 
 		 436 aa  883    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2029  trigger factor  81.88 
 
 		 436 aa  739    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184706  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1127  trigger factor  82.76 
 
 		 436 aa  731    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.252568  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2644  trigger factor  77.93 
 
 		 436 aa  703    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156375 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2958  trigger factor  81.88 
 
 		 436 aa  737    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00137272 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2510  trigger factor  82.3 
 
 		 437 aa  744    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1291  trigger factor  72.75 
 
 		 434 aa  649    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0308812 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2545  trigger factor  70.21 
 
 		 435 aa  624  1e-177  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0171608 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4370  trigger factor  63.74 
 
 		 440 aa  581  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.345895  normal  0.276031 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1710  trigger factor  56.66 
 
 		 449 aa  501  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.453307  normal  0.0467647 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1905  trigger factor  55.1 
 
 		 448 aa  500  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1870  trigger factor  56.82 
 
 		 447 aa  500  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.359537  normal  0.0257731 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1379  trigger factor  55.61 
 
 		 451 aa  495  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5225  trigger factor  55.33 
 
 		 448 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2296  trigger factor  54.88 
 
 		 448 aa  497  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.343759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1886  trigger factor  55.86 
 
 		 449 aa  498  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1537  trigger factor  56.59 
 
 		 447 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.59476  normal  0.129974 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1010  trigger factor  54.65 
 
 		 448 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595556  normal  0.725112 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2366  trigger factor  54.52 
 
 		 449 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1466  trigger factor  54.52 
 
 		 449 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.118979  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2482  trigger factor  54.52 
 
 		 449 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1958  trigger factor  54.52 
 
 		 449 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1233  trigger factor  54.52 
 
 		 449 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.026693  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3347  trigger factor  54.52 
 
 		 449 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.012061  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1348  trigger factor  54.42 
 
 		 448 aa  490  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0514517  normal  0.0597463 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2324  trigger factor  54.52 
 
 		 449 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0174102  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1947  trigger factor  53.97 
 
 		 448 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.273934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2118  trigger factor  54.07 
 
 		 449 aa  488  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6155  trigger factor  53.97 
 
 		 448 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1912  trigger factor  54.2 
 
 		 448 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1924  trigger factor  53.97 
 
 		 448 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.317146  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1842  trigger factor  53.97 
 
 		 448 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0231887 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0909  trigger factor  48.31 
 
 		 445 aa  428  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0933  trigger factor  47.53 
 
 		 445 aa  418  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.748649  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2566  trigger factor  48.84 
 
 		 435 aa  420  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1719  trigger factor  47.36 
 
 		 434 aa  413  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2341  trigger factor  47.49 
 
 		 435 aa  408  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0955017  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1678  trigger factor  44.72 
 
 		 432 aa  373  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.225693  normal  0.123639 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0572  trigger factor  40.6 
 
 		 435 aa  348  1e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.19365 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0938  trigger factor  42.96 
 
 		 436 aa  345  1e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.401032  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1176  trigger factor  39.54 
 
 		 436 aa  342  1e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1408  trigger factor  41.15 
 
 		 434 aa  338  8e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0266398  normal  0.89684 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23550  trigger factor  38.98 
 
 		 436 aa  333  5e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0496  trigger factor  40.14 
 
 		 432 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000142859  hitchhiker  0.000578508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0550  trigger factor  40.14 
 
 		 432 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000374305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1607  trigger factor  38.62 
 
 		 444 aa  332  8e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0506  trigger factor  40.14 
 
 		 432 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000626608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0489  trigger factor  40.14 
 
 		 432 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000095414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0487  trigger factor  40.14 
 
 		 432 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182354  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0903  trigger factor  40.37 
 
 		 432 aa  330  2e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000144682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1047  trigger factor  40.83 
 
 		 434 aa  330  4e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000149025  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00387  trigger factor  39.45 
 
 		 432 aa  329  7e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3173  trigger factor  39.45 
 
 		 432 aa  329  7e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000698649  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0522  trigger factor  39.45 
 
 		 432 aa  329  7e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000233962  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0513  trigger factor  39.45 
 
 		 432 aa  329  7e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.68965e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0479  trigger factor  39.45 
 
 		 432 aa  329  7e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000713029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00391  hypothetical protein  39.45 
 
 		 432 aa  329  7e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000262738  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3196  trigger factor  39.45 
 
 		 432 aa  329  7e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000193083  hitchhiker  0.000427763 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0472  trigger factor  39.45 
 
 		 432 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1901  trigger factor  38.98 
 
 		 437 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.191378  hitchhiker  0.00938494 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3470  trigger factor  39.21 
 
 		 437 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000745697 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2049  trigger factor  38.75 
 
 		 436 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431317  normal  0.217945 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0359  trigger factor  39.22 
 
 		 432 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000325154  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3727  trigger factor  38.28 
 
 		 436 aa  325  7e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.267155  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2299  trigger factor  38.98 
 
 		 443 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457193 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0307  trigger factor  37.3 
 
 		 445 aa  324  2e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121023  normal  0.638239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3698  trigger factor  37.82 
 
 		 436 aa  323  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1094  trigger factor  39.59 
 
 		 434 aa  323  4e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000123079  hitchhiker  0.00000434188 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2509  trigger factor  38.57 
 
 		 434 aa  323  5e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000731467  normal  0.870147 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1741  trigger factor  38.52 
 
 		 437 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00658695 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1746  trigger factor  37.59 
 
 		 436 aa  320  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.132696 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1431  trigger factor  39.17 
 
 		 432 aa  320  3.9999999999999996e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0842369  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41250  trigger factor  38.05 
 
 		 436 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.755772 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3235  trigger factor  39.36 
 
 		 434 aa  317  2e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00052643  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1223  trigger factor  38.57 
 
 		 434 aa  317  2e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000148222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1841  trigger factor  39.21 
 
 		 434 aa  317  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00619817  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3093  trigger factor  39.36 
 
 		 434 aa  317  2e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353037  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3055  trigger factor  39.36 
 
 		 434 aa  317  2e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3497  trigger factor  37.82 
 
 		 436 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0314111  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1830  trigger factor  39.17 
 
 		 443 aa  316  6e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3137  trigger factor  37.56 
 
 		 436 aa  315  7e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000644844  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2289  trigger factor  39.17 
 
 		 450 aa  315  8e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.030502  normal  0.410432 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1826  trigger factor  38.71 
 
 		 443 aa  314  1.9999999999999998e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3265  trigger factor  40.14 
 
 		 434 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.108339  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3069  trigger factor  38.44 
 
 		 434 aa  312  6.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0128477  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1940  trigger factor  35.67 
 
 		 447 aa  311  2e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2233  trigger factor  35.44 
 
 		 447 aa  311  2e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0292986  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3786  trigger factor  37.1 
 
 		 435 aa  310  4e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2682  trigger factor  36.64 
 
 		 434 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000115435  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1214  trigger factor  36.64 
 
 		 437 aa  307  2.0000000000000002e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0751  trigger factor  36.64 
 
 		 437 aa  306  5.0000000000000004e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.173993  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2878  trigger factor  38.07 
 
 		 434 aa  305  9.000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.125506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3114  trigger factor  36.26 
 
 		 434 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000617295  decreased coverage  0.000000421874 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0817  trigger factor  37.39 
 
 		 432 aa  304  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.153407  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1592  trigger factor  36.64 
 
 		 434 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000981502  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2751  trigger factor  36.64 
 
 		 434 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000172139  normal  0.125648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1603  trigger factor  36.64 
 
 		 434 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000736756  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1626  trigger factor  36.64 
 
 		 434 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000959254  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>