195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1463 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1463  hypothetical protein  100 
 
 
233 aa  472  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0975839  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2280  hypothetical protein  66.12 
 
 
278 aa  325  3e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2339  Methyltransferase type 11  67.84 
 
 
251 aa  295  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.560895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1679  methyltransferase type 11  65.61 
 
 
273 aa  288  4e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.822935 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0592  methyltransferase type 11  60.17 
 
 
274 aa  283  2e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2528  hypothetical protein  60.89 
 
 
281 aa  269  3e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2652  methyltransferase type 11  60.36 
 
 
251 aa  259  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0714866 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1744  methyltransferase type 11  62.68 
 
 
259 aa  258  5e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0973939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1974  Methyltransferase type 11  62.68 
 
 
252 aa  258  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4896  methyltransferase type 11  53.1 
 
 
245 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2034  methyltransferase type 11  48.12 
 
 
270 aa  217  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0620207  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0805  methyltransferase type 11  47.06 
 
 
270 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.835113  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1286  methyltransferase type 11  47.06 
 
 
270 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00312409  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1257  methyltransferase type 11  47.06 
 
 
270 aa  215  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.197818 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1163  methyltransferase type 11  47.06 
 
 
270 aa  213  2e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0143221  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2207  methyltransferase type 11  46.41 
 
 
264 aa  213  2e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000439917  normal  0.236721 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1971  hypothetical protein  52.56 
 
 
273 aa  213  3e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.536207 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1175  methyltransferase type 11  47.7 
 
 
270 aa  212  3e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000783857  normal  0.143083 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0869  methyltransferase type 11  45.9 
 
 
271 aa  212  4e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292642  normal  0.353512 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4428  hypothetical protein  47.9 
 
 
270 aa  211  6e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  8.16138e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1274  hypothetical protein  45.61 
 
 
270 aa  211  8e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.199636  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0595  hypothetical protein  45.61 
 
 
270 aa  211  8e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0557  hypothetical protein  45.61 
 
 
270 aa  211  8e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1467  hypothetical protein  45.61 
 
 
270 aa  211  8e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.406889  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0764  hypothetical protein  45.61 
 
 
270 aa  211  8e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1601  hypothetical protein  45.61 
 
 
270 aa  211  8e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1497  hypothetical protein  45.61 
 
 
270 aa  211  8e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2789  hypothetical protein  45.19 
 
 
270 aa  209  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00141234  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2872  Methyltransferase type 11  44.23 
 
 
287 aa  208  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00483361  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1252  hypothetical protein  43.89 
 
 
289 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2290  hypothetical protein  50.46 
 
 
241 aa  202  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.272643  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2040  Methyltransferase type 11  44.75 
 
 
262 aa  201  1e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1514  hypothetical protein  44.4 
 
 
257 aa  199  2e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1732  Methyltransferase type 11  44.36 
 
 
262 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0169099  normal  0.614838 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1594  generic methyl-transferase  47.64 
 
 
238 aa  195  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1620  generic methyl-transferase  45.89 
 
 
259 aa  193  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.152762  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0842  Methyltransferase type 11  46.34 
 
 
272 aa  187  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1023  methyltransferase type 11  45.63 
 
 
272 aa  186  4e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.386932  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1664  methyl-transferase  45.37 
 
 
245 aa  170  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.8813 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1480  methyltransferase type 11  42.72 
 
 
240 aa  156  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00449789  normal  0.133133 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0954  Methyltransferase type 11  42.42 
 
 
260 aa  137  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1703  SAM-dependent methyltransferase  38.32 
 
 
246 aa  122  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.112357  normal  0.713631 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2816  generic methyl-transferase  33.33 
 
 
256 aa  121  1e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1830  Methyltransferase type 11  31.25 
 
 
281 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002771  SAM-dependent methyltransferase  31.75 
 
 
248 aa  105  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.531144  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03212  hypothetical protein  31.44 
 
 
251 aa  105  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29610  hypothetical protein  37.89 
 
 
254 aa  104  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47028  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0927  hypothetical protein  34.39 
 
 
261 aa  103  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3468  hypothetical protein  37.65 
 
 
257 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3482  hypothetical protein  36.46 
 
 
253 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0497  methyltransferase type 11  30.93 
 
 
246 aa  102  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00659645  normal  0.142728 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2000  hypothetical protein  31.65 
 
 
257 aa  101  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2022  generic methyl-transferase  31.1 
 
 
294 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41070  hypothetical protein  35.91 
 
 
253 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4143  hypothetical protein  38.37 
 
 
266 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3715  hypothetical protein  38.37 
 
 
257 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.944001  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1722  hypothetical protein  38.37 
 
 
257 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1535  methyltransferase type 11  35.2 
 
 
269 aa  99.8  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11733  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2400  hypothetical protein  33.03 
 
 
247 aa  99.4  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2185  hypothetical protein  37.34 
 
 
252 aa  99  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1762  hypothetical protein  36.71 
 
 
253 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.479103  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2065  hypothetical protein  36.53 
 
 
252 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.13247  normal  0.0779555 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3713  hypothetical protein  36.08 
 
 
253 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13678  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1827  hypothetical protein  31.28 
 
 
245 aa  92.8  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01982  SAM-dependent methyltransferase  32.76 
 
 
297 aa  92  7e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0899928  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1896  hypothetical protein  30.2 
 
 
249 aa  90.9  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295537  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2160  methyltransferase type 11  31.46 
 
 
244 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.64941e-09  normal  0.0553209 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2237  methyltransferase type 11  31.46 
 
 
240 aa  86.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.04202e-06  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1883  hypothetical protein  31.53 
 
 
240 aa  85.9  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0021884  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1997  methyltransferase type 11  32.82 
 
 
245 aa  84.7  1e-15  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00149539  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2012  methyltransferase type 11  32.82 
 
 
245 aa  84.7  1e-15  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  9.22882e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2060  methyltransferase type 11  32.82 
 
 
245 aa  84.7  1e-15  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.18598e-07  decreased coverage  9.00538e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2326  Methyltransferase type 11  32.82 
 
 
245 aa  84.7  1e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.75678e-08  decreased coverage  3.00845e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2368  methyltransferase type 11  30.99 
 
 
244 aa  84.3  1e-15  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.32187e-06  normal  0.0100279 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2020  methyltransferase type 11  31.77 
 
 
239 aa  84.7  1e-15  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00106429  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1008  Methyltransferase type 11  31.94 
 
 
239 aa  84.7  1e-15  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.30893  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2562  hypothetical protein  32.46 
 
 
244 aa  84  2e-15  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1777  methyltransferase type 11  31.94 
 
 
244 aa  82.4  5e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.0952e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2840  Methyltransferase type 11  31 
 
 
239 aa  79.7  4e-14  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1990  hypothetical protein  35.45 
 
 
244 aa  77.8  1e-13  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.51541e-06  hitchhiker  1.67474e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2206  methyltransferase type 11  31.22 
 
 
259 aa  77  2e-13  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553658  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0910  methyltransferase type 11  32.83 
 
 
239 aa  76.6  3e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2610  hypothetical protein  33.68 
 
 
248 aa  76.6  3e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  6.32095e-05  normal  0.867129 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2405  methyltransferase type 11  33.33 
 
 
246 aa  74.3  1e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  5.4143e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0210  putative methyltransferase  31.79 
 
 
240 aa  73.9  2e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00206  predicted S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  31.79 
 
 
240 aa  73.9  2e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0217  putative methyltransferase  31.79 
 
 
240 aa  73.6  2e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00136304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00211  hypothetical protein  31.79 
 
 
240 aa  73.9  2e-12  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3452  methyltransferase type 11  31.79 
 
 
240 aa  73.9  2e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.607443  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0228  putative methyltransferase  31.79 
 
 
240 aa  73.9  2e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0220  putative methyltransferase  31.79 
 
 
240 aa  73.6  3e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.960094  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1764  methyltransferase  30.23 
 
 
243 aa  73.2  3e-12  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0292  putative methyltransferase  31.82 
 
 
240 aa  72.8  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.607126 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0306  putative methyltransferase  31.82 
 
 
240 aa  72.8  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0922381  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0285  putative methyltransferase  31.82 
 
 
240 aa  72.8  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0287  putative methyltransferase  31.82 
 
 
240 aa  72.8  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.368037  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0300  putative methyltransferase  31.82 
 
 
240 aa  72.8  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0423  putative methyltransferase  29.12 
 
 
243 aa  72.8  4e-12  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.209763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3395  Methyltransferase type 11  31.28 
 
 
240 aa  72.4  6e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1142  Methyltransferase type 11  29.23 
 
 
236 aa  72.4  6e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>