More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1460 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
348 aa  707    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  68.51 
 
 
344 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  69.59 
 
 
349 aa  488  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  60 
 
 
371 aa  428  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  61.03 
 
 
349 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  61.33 
 
 
349 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  63.09 
 
 
349 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  61.01 
 
 
340 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  56.94 
 
 
347 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  58.09 
 
 
347 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  60.75 
 
 
345 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.38 
 
 
345 aa  374  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  59.75 
 
 
345 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  52.02 
 
 
361 aa  355  8.999999999999999e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  52.41 
 
 
344 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  49.02 
 
 
353 aa  333  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  50.15 
 
 
346 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50 
 
 
346 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  46.06 
 
 
355 aa  305  7e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  46.28 
 
 
338 aa  279  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  42.35 
 
 
346 aa  256  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  41.76 
 
 
346 aa  251  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  41.5 
 
 
332 aa  250  2e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  42.31 
 
 
340 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  43.69 
 
 
332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  43.09 
 
 
332 aa  230  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  39.48 
 
 
341 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  39.03 
 
 
340 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
341 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  38.19 
 
 
342 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  38.62 
 
 
333 aa  215  8e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 
336 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  37.1 
 
 
334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  37.1 
 
 
334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  34.53 
 
 
337 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  34.53 
 
 
364 aa  198  9e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  34.53 
 
 
337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  34.53 
 
 
337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  34.53 
 
 
337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  34.53 
 
 
337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  34.53 
 
 
337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.76 
 
 
336 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  34.15 
 
 
336 aa  195  7e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  34.57 
 
 
356 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  34.53 
 
 
337 aa  195  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  34.85 
 
 
336 aa  193  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  34.44 
 
 
339 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  35.35 
 
 
349 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.1 
 
 
334 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  35.35 
 
 
349 aa  189  8e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  35.5 
 
 
337 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.77 
 
 
339 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.11 
 
 
334 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  34.85 
 
 
337 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  33.84 
 
 
328 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  34.98 
 
 
332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.44 
 
 
334 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.77 
 
 
334 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.77 
 
 
334 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.44 
 
 
334 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  34.44 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.25 
 
 
348 aa  179  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.77 
 
 
334 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.41 
 
 
345 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  29.3 
 
 
376 aa  140  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  27.36 
 
 
391 aa  96.3  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  25.78 
 
 
336 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  25.09 
 
 
336 aa  77  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.1 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.69 
 
 
327 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34300  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  30.09 
 
 
319 aa  72.4  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  25.91 
 
 
337 aa  70.9  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0041  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.22 
 
 
338 aa  69.7  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.487407 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6160  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.44 
 
 
343 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.419436 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.37 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2438  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.06 
 
 
322 aa  68.6  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1134  NMT1/THI5 like domain protein  26.58 
 
 
365 aa  67.8  0.0000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  28.76 
 
 
330 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3906  WD-40 repeat-containing protein  30.37 
 
 
343 aa  66.6  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3168  ABC transporter, periplasmic binding protein  30.37 
 
 
343 aa  66.6  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.51 
 
 
314 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1144  NMT1/THI5 like domain protein  25.23 
 
 
357 aa  64.3  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144377  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1383  putative alkanesulfonates binding protein precursor  28.43 
 
 
334 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  29.56 
 
 
363 aa  63.2  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0362  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 
310 aa  63.2  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2306  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  29.68 
 
 
344 aa  63.2  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.779689 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3641  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
319 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0351893  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40070  periplasmic sulfonate-binding protein of ABC transporter  25.58 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4154  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  29.06 
 
 
367 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal  0.542699 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0465  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  27.6 
 
 
347 aa  62  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.176308  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  30.04 
 
 
321 aa  62.8  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1966  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.51 
 
 
320 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.320638  normal  0.0218625 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4888  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  27.53 
 
 
339 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108184  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1170  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.45 
 
 
356 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0662412  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2960  sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein, putative  26.05 
 
 
328 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.641077  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 
325 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2277  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.63 
 
 
313 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191617  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0806  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  25.93 
 
 
328 aa  61.2  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.488938  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4021  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.58 
 
 
326 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.391639  normal  0.714624 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0878  hypothetical protein  24.6 
 
 
329 aa  60.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0057402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>