More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1365 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1365  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 697 aa  1431    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.518057  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1155  N-6 DNA methylase  30.12 
 
 		 659 aa  245  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0234  N-6 DNA methylase  32.52 
 
 		 661 aa  241  5e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0413  N-6 DNA methylase  31.83 
 
 		 661 aa  236  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.190573  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1480  N-6 DNA methylase  34.19 
 
 		 777 aa  232  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0276  N-6 DNA methylase  32.78 
 
 		 569 aa  229  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0604  type I restriction-modification system, M subunit; N-6 adenine-specific DNA methylase  32.44 
 
 		 655 aa  227  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0075  N-6 DNA methylase  31.43 
 
 		 658 aa  226  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1550  N-6 DNA methylase  34.46 
 
 		 673 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.677514 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2687  N-6 DNA methylase  30.08 
 
 		 661 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.965628  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3442  N-6 DNA methylase  31.02 
 
 		 592 aa  217  5.9999999999999996e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  0.982345 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0795  N-6 DNA methylase  31.74 
 
 		 673 aa  216  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364287 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1328  N-6 DNA methylase  32.24 
 
 		 806 aa  213  9e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.909053  normal  0.133174 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1060  type I restriction-modification  32.94 
 
 		 675 aa  212  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000030221  normal  0.0378969 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1016  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  31.21 
 
 		 680 aa  210  8e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0960  N-6 DNA methylase  32.34 
 
 		 670 aa  209  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2608  N-6 DNA methylase  31.02 
 
 		 683 aa  207  4e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.648611  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0488  N-6 DNA methylase  31.92 
 
 		 580 aa  206  9e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.19026 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1857  N-6 DNA methylase  32.16 
 
 		 611 aa  204  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.618647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0657  N-6 DNA methylase  30.87 
 
 		 725 aa  202  1.9999999999999998e-50  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2680  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  29.6 
 
 		 676 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.558636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1782  N-6 DNA methylase  38.46 
 
 		 829 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.368234 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19060  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.72 
 
 		 586 aa  201  5e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0947092 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22800  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  31.86 
 
 		 644 aa  200  6e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.386245 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4253  N-6 DNA methylase  28.14 
 
 		 708 aa  200  7e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3359  N-6 DNA methylase  28.4 
 
 		 709 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.270263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0751  N-6 DNA methylase  28.32 
 
 		 686 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.309292 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1222  N-6 DNA methylase  37.4 
 
 		 552 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3935  N-6 DNA methylase  28.35 
 
 		 676 aa  199  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003234  type I restriction-modification system DNA-methyltransferase subunit M  30.89 
 
 		 794 aa  199  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4916  N-6 DNA methylase  33.12 
 
 		 607 aa  199  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  0.660274 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.61 
 
 		 663 aa  198  3e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0684916  normal  0.490543 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3984  N-6 DNA methylase  31.47 
 
 		 676 aa  198  3e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.604067  normal  0.0238771 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6258  N-6 DNA methylase  35.44 
 
 		 787 aa  197  6e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3570  N-6 DNA methylase  35.84 
 
 		 647 aa  196  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1792  N-6 DNA methylase  30.58 
 
 		 725 aa  193  8e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0174866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2604  N-6 DNA methylase  30.85 
 
 		 728 aa  192  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.205723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0841  hypothetical protein  29.53 
 
 		 608 aa  192  2e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.0027333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0192  N-6 DNA methylase  30.8 
 
 		 583 aa  192  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.341004 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1367  putative DNA methylase HsdM  30.69 
 
 		 793 aa  192  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1861  type I restriction-modification system specificity subunit  35.77 
 
 		 710 aa  190  8e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1495  N-6 DNA methylase  30.57 
 
 		 661 aa  189  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.304059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2201  N-6 DNA methylase  36.02 
 
 		 778 aa  189  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0263  N-6 DNA methylase  29.38 
 
 		 589 aa  189  2e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2941  restriction/modification methyltransferase  29.78 
 
 		 783 aa  188  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1517  N-6 DNA methylase  29.43 
 
 		 691 aa  187  5e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.140297 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4760  type I restriction-modification system DNA methylase  30.25 
 
 		 659 aa  183  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.362482  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0278  type I restriction-modification system, M subunit  35.73 
 
 		 790 aa  182  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0641  N-6 DNA methylase  36.49 
 
 		 587 aa  181  4.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2868  type I restriction-modification system DNA methylase  35.59 
 
 		 675 aa  179  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0465984  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2269  type I restriction-modification system DNA methylase  33.52 
 
 		 763 aa  177  5e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2177  N-6 DNA methylase  34.99 
 
 		 793 aa  176  9.999999999999999e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4473  N-6 DNA methylase  30.43 
 
 		 677 aa  172  1e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.1025 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4454  N-6 DNA methylase  35.31 
 
 		 675 aa  170  7e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0776  type I restriction-modification system, M subunit  33.64 
 
 		 636 aa  157  5.0000000000000005e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0115537  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  27.92 
 
 		 799 aa  151  5e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  28.66 
 
 		 508 aa  137  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  28.66 
 
 		 523 aa  137  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  26.11 
 
 		 587 aa  123  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  25.7 
 
 		 518 aa  121  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  25.7 
 
 		 518 aa  121  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  27.86 
 
 		 574 aa  120  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  25.7 
 
 		 518 aa  120  7.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  25.7 
 
 		 518 aa  120  7.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  33.58 
 
 		 516 aa  118  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  26.6 
 
 		 856 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  27.1 
 
 		 505 aa  117  6e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  28.16 
 
 		 496 aa  117  8.999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  28.47 
 
 		 528 aa  117  8.999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  27.33 
 
 		 814 aa  117  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  32.76 
 
 		 524 aa  115  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  27.77 
 
 		 574 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  27.76 
 
 		 874 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2227  N-6 DNA methylase  38.95 
 
 		 371 aa  115  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  29.73 
 
 		 501 aa  115  4.0000000000000004e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  25.83 
 
 		 537 aa  114  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  25.83 
 
 		 537 aa  114  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3758  N-6 DNA methylase  29.51 
 
 		 511 aa  114  7.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.921564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  28.92 
 
 		 501 aa  114  9e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  25.91 
 
 		 516 aa  112  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  28.99 
 
 		 540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  26.16 
 
 		 871 aa  112  3e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  31.2 
 
 		 585 aa  112  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  28.27 
 
 		 520 aa  112  3e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  26.32 
 
 		 633 aa  111  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  28.89 
 
 		 518 aa  111  5e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  28.06 
 
 		 547 aa  111  5e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  27.3 
 
 		 815 aa  110  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  29.03 
 
 		 574 aa  110  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25 
 
 		 855 aa  110  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  27.78 
 
 		 501 aa  109  2e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  32.12 
 
 		 522 aa  109  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  25.88 
 
 		 498 aa  109  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  32.1 
 
 		 537 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  29.91 
 
 		 523 aa  109  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  29.21 
 
 		 554 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  32.82 
 
 		 499 aa  109  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  31.13 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  29.17 
 
 		 489 aa  108  3e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  27.17 
 
 		 910 aa  108  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>