More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1305 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  100 
 
 		 256 aa  523  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  65.37 
 
 		 253 aa  313  9.999999999999999e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  61.3 
 
 		 282 aa  299  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  62.28 
 
 		 260 aa  293  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  60.79 
 
 		 257 aa  285  4e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  60.79 
 
 		 257 aa  285  4e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  60 
 
 		 226 aa  254  8e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  63.02 
 
 		 251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3288  diguanylate cyclase  52.86 
 
 		 253 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.923163 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 630 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 345 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  37.69 
 
 		 722 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 355 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 320 aa  137  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 377 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 334 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  48.84 
 
 		 513 aa  136  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 555 aa  135  5e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 324 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.19 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  48.82 
 
 		 391 aa  135  9e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 764 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 764 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  39.09 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 764 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  47.7 
 
 		 479 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.28 
 
 		 609 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.28 
 
 		 709 aa  133  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 334 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  42.31 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 316 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  42.13 
 
 		 949 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  44.89 
 
 		 335 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 648 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.64 
 
 		 348 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  43.75 
 
 		 312 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 315 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.13 
 
 		 323 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.64 
 
 		 348 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.43 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  40 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  44.64 
 
 		 334 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  40.27 
 
 		 347 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44.67 
 
 		 510 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44.67 
 
 		 510 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  40.12 
 
 		 428 aa  131  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44.67 
 
 		 510 aa  131  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 638 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  44.72 
 
 		 320 aa  130  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.62 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 331 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.49 
 
 		 364 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 382 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 353 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 355 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 353 aa  129  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  39.82 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 339 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  48.19 
 
 		 418 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 487 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 313 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  42.37 
 
 		 371 aa  129  5.0000000000000004e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 453 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  43.88 
 
 		 464 aa  129  6e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.36 
 
 		 357 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 405 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 510 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 584 aa  128  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 374 aa  128  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.44 
 
 		 316 aa  128  9.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 305 aa  128  9.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.8 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 640 aa  128  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 333 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  42.78 
 
 		 409 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 454 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 574 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.78 
 
 		 483 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 492 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 		 564 aa  127  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 316 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 323 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 295 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 696 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.25 
 
 		 686 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 516 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 434 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>