More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1251 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
367 aa  764    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.19 
 
 
366 aa  487  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.34 
 
 
371 aa  409  1e-113  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.27 
 
 
369 aa  380  1e-104  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.42 
 
 
368 aa  380  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
366 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.81 
 
 
365 aa  370  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.4 
 
 
371 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  52.34 
 
 
368 aa  360  2e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.63 
 
 
362 aa  329  4e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.75 
 
 
362 aa  322  5e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.19 
 
 
362 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.15 
 
 
357 aa  318  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.15 
 
 
391 aa  317  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.01 
 
 
367 aa  317  2e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.04 
 
 
359 aa  315  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.11 
 
 
357 aa  315  7e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.04 
 
 
359 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.04 
 
 
359 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.04 
 
 
359 aa  315  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.76 
 
 
359 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.25 
 
 
357 aa  308  6.999999999999999e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.48 
 
 
365 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.71 
 
 
356 aa  307  2.0000000000000002e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.75 
 
 
358 aa  305  6e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.41 
 
 
361 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.03 
 
 
357 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.03 
 
 
361 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.03 
 
 
361 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.3 
 
 
372 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.73 
 
 
367 aa  302  7.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.81 
 
 
362 aa  301  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.76 
 
 
358 aa  300  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.55 
 
 
363 aa  298  8e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.55 
 
 
363 aa  298  8e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.11 
 
 
386 aa  298  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.61 
 
 
386 aa  296  3e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.13 
 
 
372 aa  296  4e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.75 
 
 
364 aa  295  6e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.93 
 
 
358 aa  295  7e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  43.18 
 
 
357 aa  295  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.24 
 
 
368 aa  294  2e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.89 
 
 
359 aa  293  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.66 
 
 
366 aa  291  9e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.3 
 
 
360 aa  290  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.57 
 
 
361 aa  288  1e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.38 
 
 
358 aa  287  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.3 
 
 
352 aa  287  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.45 
 
 
351 aa  285  7e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.39 
 
 
355 aa  285  9e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.1 
 
 
351 aa  285  9e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.62 
 
 
360 aa  283  4.0000000000000003e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  42.62 
 
 
361 aa  281  1e-74  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.53 
 
 
360 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.69 
 
 
353 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.62 
 
 
351 aa  280  4e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.9 
 
 
351 aa  280  4e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.44 
 
 
365 aa  280  4e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.61 
 
 
364 aa  279  5e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.71 
 
 
358 aa  278  1e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.55 
 
 
364 aa  278  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.89 
 
 
367 aa  273  3e-72  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.93 
 
 
357 aa  265  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.97 
 
 
354 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.84 
 
 
368 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.34 
 
 
353 aa  262  8e-69  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.17 
 
 
358 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.13 
 
 
354 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.07 
 
 
366 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.94 
 
 
362 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.19 
 
 
379 aa  249  4e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.71 
 
 
366 aa  245  8e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.94 
 
 
361 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.32 
 
 
395 aa  215  8e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.12 
 
 
357 aa  189  5e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.21 
 
 
324 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.86 
 
 
331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.66 
 
 
406 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.89 
 
 
411 aa  106  7e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.54 
 
 
413 aa  105  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
329 aa  97.4  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 
417 aa  95.5  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  39.55 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  39.55 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.46 
 
 
325 aa  92.4  1e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 
409 aa  92  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0896944  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  39.55 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.21 
 
 
344 aa  92.4  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  39.55 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  39.55 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  39.55 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  39.55 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.83 
 
 
345 aa  92  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.32 
 
 
343 aa  89  1e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.18 
 
 
335 aa  85.1  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
345 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0256  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.16 
 
 
334 aa  82  0.00000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00101554  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
333 aa  81.3  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>