209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1099 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1099  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 420 aa  853    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000491601  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0284  extracellular solute-binding protein family 1  51.02 
 
 		 410 aa  424  1e-117  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0514987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2859  extracellular solute-binding protein  47.23 
 
 		 417 aa  410  1e-113  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.511665  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04270  extracellular solute-binding protein family 1  38.23 
 
 		 418 aa  297  3e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06941  ABC-type sugar transport system periplasmic protein  47.09 
 
 		 229 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2896  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 		 452 aa  213  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1879  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 		 452 aa  212  7.999999999999999e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2845  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 		 424 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35811  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  30.6 
 
 		 442 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  29.65 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0842  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 432 aa  141  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.516605 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5330  extracellular solute-binding protein family 1  31.58 
 
 		 438 aa  139  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489769  normal  0.341368 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1785  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 		 424 aa  127  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.155279  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2644  extracellular solute-binding protein family 1  25.99 
 
 		 431 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0130  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 462 aa  117  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2808  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 430 aa  114  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.512241 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7173  sugar transport system (sugar-binding protein)  29.32 
 
 		 433 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.119283 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3566  extracellular solute-binding protein family 1  28.79 
 
 		 434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0143758 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3641  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 444 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3308  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.5 
 
 		 450 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6112  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 		 424 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  27.52 
 
 		 437 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6524  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 		 424 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.514278  normal  0.451088 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3222  extracellular solute-binding protein family 1  25.52 
 
 		 457 aa  102  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.950328  normal  0.818094 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6282  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 		 433 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4136  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 424 aa  100  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1891  extracellular solute-binding protein family 1  26.65 
 
 		 447 aa  99  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4419  extracellular solute-binding protein family 1  26.48 
 
 		 456 aa  98.6  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06560  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.57 
 
 		 453 aa  98.6  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  24.52 
 
 		 421 aa  99  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0736  extracellular solute-binding protein family 1  26.46 
 
 		 421 aa  97.8  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3964  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 		 435 aa  97.1  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.340566  normal  0.592754 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0972  extracellular solute-binding protein family 1  24.08 
 
 		 421 aa  95.5  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1454  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 445 aa  95.9  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2862  extracellular solute-binding protein family 1  23.56 
 
 		 467 aa  96.3  1e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0393  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 434 aa  95.1  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0128577 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0381  extracellular solute-binding protein family 1  22.47 
 
 		 445 aa  94.7  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.491759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0101  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 		 438 aa  94  4e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.494877  normal  0.060225 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1557  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 428 aa  91.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.920193 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.14 
 
 		 450 aa  91.7  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1957  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 		 446 aa  91.3  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000130159  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1008  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.82 
 
 		 449 aa  90.9  4e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3590  extracellular solute-binding protein  22.49 
 
 		 438 aa  89.7  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000122441  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 399 aa  89.7  9e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1064  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 480 aa  87.4  4e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.075314 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06942  hypothetical protein  32.21 
 
 		 157 aa  87.4  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 424 aa  86.7  7e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2112  extracellular solute-binding protein family 1  24.36 
 
 		 449 aa  86.3  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0884714  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0921  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.51 
 
 		 458 aa  85.9  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2574  extracellular solute-binding protein family 1  23.58 
 
 		 449 aa  85.1  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316894  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1215  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 		 446 aa  85.5  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000064062  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1506  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 428 aa  84.7  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.629333  decreased coverage  0.000020483 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0922  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.58 
 
 		 447 aa  84.7  0.000000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.755265  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0556  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 		 430 aa  84.3  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.71623 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0531  extracellular solute-binding protein family 1  24.56 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1435  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.31 
 
 		 435 aa  82.8  0.00000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0110058  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1736  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 		 435 aa  82.4  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.395658  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2399  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 433 aa  81.3  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275508 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03920  carbohydrate-binding protein  22.87 
 
 		 437 aa  80.5  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0934  putative solute binding lipoprotein  22.08 
 
 		 432 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.46058  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 		 504 aa  76.6  0.0000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0411  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 		 449 aa  76.3  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.439626  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1762  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.17 
 
 		 438 aa  76.3  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000740157  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19280  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147667  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0399  extracellular solute-binding protein family 1  24.39 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2611  extracellular solute-binding protein family 1  22.49 
 
 		 450 aa  72.4  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.606136  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0917  extracellular solute-binding protein family 1  22.39 
 
 		 455 aa  72.8  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.728334  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2025  extracellular solute-binding protein family 1  22.39 
 
 		 434 aa  72.8  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165485  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0310  extracellular solute-binding protein family 1  22.43 
 
 		 440 aa  71.6  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0877495  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1882  extracellular solute-binding protein family 1  20.89 
 
 		 446 aa  72  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.822809 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23010  extracellular solute-binding protein family 1  23.93 
 
 		 436 aa  72  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000978171  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5459  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 422 aa  72  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5099  extracellular solute-binding protein family 1  22.67 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.291523  normal  0.0224239 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08420  carbohydrate-binding protein  25.16 
 
 		 438 aa  70.9  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.837516  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  22.38 
 
 		 434 aa  69.7  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.69 
 
 		 426 aa  69.3  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0048  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 		 434 aa  67.8  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0687  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 407 aa  67.8  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.376534  normal  0.15795 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0890  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 450 aa  67.8  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.315589  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 		 419 aa  66.6  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  24.66 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04000  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.25 
 
 		 445 aa  63.9  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1492  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 421 aa  63.2  0.000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  26.4 
 
 		 435 aa  62.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 430 aa  63.2  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  26.99 
 
 		 431 aa  62  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  23.54 
 
 		 437 aa  62.4  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3304  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 		 441 aa  61.6  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753481 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  23.27 
 
 		 430 aa  61.2  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2420  extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 		 420 aa  60.8  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.228974 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  23.21 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 457 aa  59.3  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 411 aa  58.5  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 		 415 aa  58.9  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1927  extracellular solute-binding protein family 1  21.33 
 
 		 439 aa  58.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  23.58 
 
 		 414 aa  57.4  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04070  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.22 
 
 		 444 aa  57  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>