206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1097 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 416 aa  832    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  78.28 
 
 		 416 aa  625  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  67.07 
 
 		 420 aa  560  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  63.35 
 
 		 417 aa  541  9.999999999999999e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  65.84 
 
 		 418 aa  528  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  57.49 
 
 		 429 aa  475  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  55.1 
 
 		 417 aa  475  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  54.37 
 
 		 415 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381076  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  55.69 
 
 		 417 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  54.07 
 
 		 425 aa  420  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  52.74 
 
 		 428 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  49.88 
 
 		 413 aa  415  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  54.07 
 
 		 420 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  54.07 
 
 		 420 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  54.66 
 
 		 431 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  56.65 
 
 		 415 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  56.65 
 
 		 415 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  56.65 
 
 		 415 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  56.65 
 
 		 415 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  56.65 
 
 		 415 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  56.65 
 
 		 415 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  56.65 
 
 		 415 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  54.16 
 
 		 415 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  52.22 
 
 		 433 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  56.65 
 
 		 415 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  53.9 
 
 		 415 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  54.66 
 
 		 415 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  55.59 
 
 		 415 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  54.79 
 
 		 415 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  55.05 
 
 		 415 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  54.79 
 
 		 415 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  55.05 
 
 		 415 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  54.79 
 
 		 415 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  51.23 
 
 		 428 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  54.79 
 
 		 415 aa  378  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  51.23 
 
 		 428 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  50.49 
 
 		 428 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  44.12 
 
 		 420 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 428 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  48.1 
 
 		 415 aa  359  5e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  47.68 
 
 		 414 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  44.6 
 
 		 421 aa  355  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  44.84 
 
 		 421 aa  353  4e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  45.84 
 
 		 414 aa  352  7e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2191  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  46.93 
 
 		 415 aa  350  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.537651  hitchhiker  0.00669154 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  48.07 
 
 		 415 aa  343  4e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  44.84 
 
 		 420 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  45.61 
 
 		 419 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  45.12 
 
 		 419 aa  335  7e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  44.12 
 
 		 420 aa  334  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  40.05 
 
 		 417 aa  313  2.9999999999999996e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  40 
 
 		 410 aa  311  1e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  45.11 
 
 		 402 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 414 aa  296  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  44.19 
 
 		 425 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  44.19 
 
 		 425 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 411 aa  290  4e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  42.97 
 
 		 409 aa  286  5e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  39.29 
 
 		 412 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  39.6 
 
 		 412 aa  280  4e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  37.21 
 
 		 414 aa  279  6e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  38.98 
 
 		 410 aa  260  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  39.25 
 
 		 410 aa  256  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  39.08 
 
 		 412 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  35.52 
 
 		 388 aa  254  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  41.12 
 
 		 411 aa  250  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 		 442 aa  249  7e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  35.95 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  35.62 
 
 		 411 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  34.16 
 
 		 418 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  34.86 
 
 		 411 aa  215  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  34.13 
 
 		 432 aa  192  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  35.25 
 
 		 454 aa  191  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  33.42 
 
 		 374 aa  191  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 		 435 aa  190  4e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  34.79 
 
 		 431 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  33.86 
 
 		 455 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  33.07 
 
 		 414 aa  179  5.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  32.26 
 
 		 434 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2283  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 456 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  hitchhiker  0.0000190717 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  31.57 
 
 		 415 aa  173  5.999999999999999e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  33.68 
 
 		 428 aa  169  6e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  32.63 
 
 		 415 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 416 aa  159  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  31.41 
 
 		 432 aa  157  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  32.54 
 
 		 414 aa  157  4e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  31.51 
 
 		 423 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  33.52 
 
 		 412 aa  153  4e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 415 aa  151  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  31.39 
 
 		 412 aa  147  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 430 aa  145  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  28.35 
 
 		 419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  26.79 
 
 		 425 aa  114  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2520  extracellular solute-binding protein family 1  26.91 
 
 		 452 aa  103  5e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1824  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 		 449 aa  103  8e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1813  extracellular solute-binding protein family 1  23.79 
 
 		 411 aa  93.6  5e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2112  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 		 473 aa  91.3  3e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1780  hypothetical protein  53.93 
 
 		 166 aa  89.4  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.666147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2342  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 477 aa  89  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.936887  normal  0.0125511 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1257  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 467 aa  88.6  2e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>