More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1096 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
294 aa  590  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0124615  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89 
 
 
293 aa  525  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.778407  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.09 
 
 
295 aa  432  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.184749 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1957  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  64.6 
 
 
299 aa  382  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.104929  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.01 
 
 
309 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0310559  hitchhiker  0.000856592 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1293  glucose ABC transporter, permease protein, putative  60.48 
 
 
302 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1114  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.45 
 
 
302 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.549163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4369  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.97 
 
 
302 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.276416  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.24 
 
 
309 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20816  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.31 
 
 
302 aa  363  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.79 
 
 
302 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.125531  normal  0.687942 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22990  putative permease of ABC sugar transporter  60.34 
 
 
310 aa  359  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.155335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1940  sugar ABC transporter permease  60.34 
 
 
310 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.62 
 
 
302 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.62 
 
 
302 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.62 
 
 
302 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00469845  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.42 
 
 
289 aa  353  2e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4072  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  60.78 
 
 
312 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117098  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.22 
 
 
292 aa  350  2e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.42 
 
 
292 aa  350  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.163293  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.89 
 
 
298 aa  348  7e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.39 
 
 
293 aa  348  7e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0253995  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.72 
 
 
292 aa  348  8e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.72 
 
 
312 aa  348  8e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278344  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
312 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
312 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0692  sugar ABC transporter, permease protein, putative  58.25 
 
 
349 aa  346  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.0072223  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0647  putative sugar ABC transporter, permease protein  58.25 
 
 
349 aa  346  2e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
292 aa  346  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.3 
 
 
313 aa  345  4e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3084  ABC transporter, membrane permease  60.85 
 
 
312 aa  343  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1554  ABC transporter, membrane permease  60.71 
 
 
357 aa  344  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0784  carbohydrate ABC transporter permease  60.85 
 
 
312 aa  343  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.142967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2616  carbohydrate ABC transporter permease  60.85 
 
 
312 aa  343  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.1033  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2996  carbohydrate ABC transporter permease  60.42 
 
 
312 aa  343  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.847023  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3050  carbohydrate ABC transporter permease  60.85 
 
 
312 aa  343  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1996  carbohydrate ABC transporter permease  60.85 
 
 
312 aa  343  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.66 
 
 
312 aa  340  1e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0213749  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3450  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  58.66 
 
 
312 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968646  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.48 
 
 
302 aa  335  7e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.227216  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
317 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
317 aa  328  6e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.64 
 
 
317 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573592  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.64 
 
 
317 aa  326  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.135276  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.16 
 
 
290 aa  320  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.58 
 
 
319 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183894  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.58 
 
 
319 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.510445 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.23 
 
 
309 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.57 
 
 
288 aa  292  4e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0059104  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
318 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.184378 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2400  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  44.41 
 
 
300 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.239524  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 
314 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
301 aa  248  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.485351  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2082  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  45.29 
 
 
313 aa  247  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.785308  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
301 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499107  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.72 
 
 
305 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
304 aa  244  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.709279 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.13 
 
 
302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0276286  normal  0.845621 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.14 
 
 
302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.473055  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9199  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  44.88 
 
 
290 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
295 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
298 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0514652  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.01 
 
 
295 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
295 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101772  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
335 aa  218  6e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
323 aa  206  4e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
306 aa  206  5e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7938  ABC transporter (permease)  37.46 
 
 
295 aa  204  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520551  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.372981  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
323 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
330 aa  195  9e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.848651  normal  0.375032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
330 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.817571  normal  0.701036 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
298 aa  175  9e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.857292  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.634184 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
298 aa  160  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
328 aa  156  4e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26620  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.99 
 
 
300 aa  156  4e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
348 aa  155  8e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.519073 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
298 aa  154  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
319 aa  151  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
299 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
329 aa  143  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
299 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
313 aa  140  3e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
290 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  29.72 
 
 
317 aa  132  6.999999999999999e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.824924  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1182  sugar ABC transporter, permease protein, putative  32.9 
 
 
319 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547049  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1085  putative sugar ABC transporter, permease protein  32.9 
 
 
319 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.93 
 
 
309 aa  128  9.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.179346  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.47 
 
 
333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.145825  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01820  permease component of ABC-type sugar transporter  32.4 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0388505  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.94 
 
 
307 aa  127  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.701562  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
374 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.28 
 
 
309 aa  125  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800905  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.84 
 
 
324 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156181  normal  0.0141251 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>