202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1060 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
397 aa  813  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  38.69 
 
 
420 aa  256  4e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  49.41 
 
 
386 aa  238  2e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  37.61 
 
 
360 aa  225  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  35.67 
 
 
368 aa  188  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  47.2 
 
 
238 aa  185  1e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  31.51 
 
 
393 aa  182  6e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  29.18 
 
 
402 aa  171  2e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.69 
 
 
417 aa  167  3e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.83293e-08 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.33 
 
 
477 aa  167  3e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  33.82 
 
 
436 aa  162  8e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  30.13 
 
 
387 aa  156  5e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.48 
 
 
401 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  34.19 
 
 
451 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  30.02 
 
 
393 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  31.4 
 
 
392 aa  154  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  34.66 
 
 
388 aa  152  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  43.24 
 
 
575 aa  148  1e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  35.71 
 
 
442 aa  145  8e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.77 
 
 
390 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 
402 aa  140  5e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  27.13 
 
 
380 aa  139  8e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  45.95 
 
 
520 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  42.24 
 
 
584 aa  132  8e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  42.24 
 
 
585 aa  132  9e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  39.79 
 
 
460 aa  131  2e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  40 
 
 
418 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.88 
 
 
390 aa  127  2e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  34.41 
 
 
429 aa  128  2e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  41.14 
 
 
422 aa  125  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  29.37 
 
 
400 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.16 
 
 
457 aa  119  1e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  43.62 
 
 
420 aa  116  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  35.45 
 
 
456 aa  114  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  33.85 
 
 
400 aa  113  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  29.34 
 
 
392 aa  112  1e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  31.27 
 
 
436 aa  112  1e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.57 
 
 
424 aa  112  1e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  42.24 
 
 
406 aa  112  1e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  34.04 
 
 
435 aa  109  7e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  1.59098e-06 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.98 
 
 
400 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  28.3 
 
 
395 aa  106  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.25 
 
 
406 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.08 
 
 
237 aa  102  9e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  34.43 
 
 
616 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  23.43 
 
 
391 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.81 
 
 
408 aa  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  34.48 
 
 
557 aa  101  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 
285 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.14 
 
 
471 aa  100  5e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.81 
 
 
419 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.81 
 
 
419 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.9 
 
 
462 aa  99  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  50.55 
 
 
364 aa  98.2  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  35.71 
 
 
438 aa  97.4  3e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  27.69 
 
 
263 aa  95.1  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  25.39 
 
 
500 aa  94.4  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.81 
 
 
532 aa  93.2  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  30.29 
 
 
538 aa  93.2  8e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  30.21 
 
 
428 aa  91.7  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.87 
 
 
422 aa  90.1  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.89 
 
 
394 aa  89.7  8e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  33.12 
 
 
846 aa  89.7  8e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  29.28 
 
 
437 aa  89  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 
413 aa  88.2  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.06 
 
 
413 aa  87.8  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  32.54 
 
 
416 aa  87.4  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  25.12 
 
 
395 aa  85.5  1e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  26.89 
 
 
834 aa  85.5  1e-15  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.79 
 
 
413 aa  84  5e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 
372 aa  83.2  7e-15  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  30.94 
 
 
435 aa  82.4  1e-14  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  23.08 
 
 
396 aa  80.9  4e-14  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  6.81459e-08  hitchhiker  1.69581e-06 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  23.82 
 
 
490 aa  80.1  6e-14  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  24.15 
 
 
360 aa  79.3  9e-14  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  34.19 
 
 
1343 aa  78.2  3e-13  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  31.32 
 
 
412 aa  77.8  3e-13  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  28.02 
 
 
382 aa  77.8  3e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  35.51 
 
 
151 aa  77  5e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.77 
 
 
476 aa  76.6  7e-13  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  29.75 
 
 
432 aa  76.3  1e-12  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  27.62 
 
 
383 aa  75.9  1e-12  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.71 
 
 
419 aa  75.9  1e-12  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  29.7 
 
 
425 aa  74.3  4e-12  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 
575 aa  73.9  5e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  31.07 
 
 
417 aa  71.6  2e-11  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  24.58 
 
 
450 aa  70.9  3e-11  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  22.82 
 
 
479 aa  71.2  3e-11  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.64 
 
 
464 aa  71.2  3e-11  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.9 
 
 
642 aa  70.5  5e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.19621e-05 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  27.23 
 
 
416 aa  70.1  6e-11  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  23.79 
 
 
417 aa  70.1  7e-11  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.78 
 
 
433 aa  69.7  8e-11  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  6.77276e-06 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.05 
 
 
442 aa  69.3  1e-10  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  21.99 
 
 
477 aa  69.3  1e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  31.85 
 
 
562 aa  68.9  1e-10  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  31.58 
 
 
485 aa  68.2  2e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  30.32 
 
 
180 aa  68.6  2e-10  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  28.8 
 
 
403 aa  68.6  2e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  1.92379e-05 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.66 
 
 
427 aa  67.8  3e-10  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>