More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0857 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  100 
 
 
377 aa  752    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  56.73 
 
 
378 aa  441  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  56.4 
 
 
376 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1910  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  54.64 
 
 
376 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0170149  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  46.32 
 
 
376 aa  345  8e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  44.68 
 
 
376 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  44.68 
 
 
376 aa  334  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  43.8 
 
 
373 aa  323  4e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  42.18 
 
 
376 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  45.09 
 
 
376 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  42.3 
 
 
376 aa  308  6.999999999999999e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  42.33 
 
 
375 aa  298  9e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2485  ABC-2 type transporter  41.07 
 
 
369 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2864  ABC transporter, permease protein, putative  41.07 
 
 
369 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141451  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0920  ABC-2 type transporter  47.23 
 
 
376 aa  283  2.0000000000000002e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.518017 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  41.49 
 
 
376 aa  283  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  39.57 
 
 
377 aa  281  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  40.85 
 
 
376 aa  277  3e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  40.33 
 
 
368 aa  271  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  40.43 
 
 
379 aa  269  7e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3040  hypothetical protein  41.33 
 
 
371 aa  265  7e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2837  ABC-2 type transporter  39.73 
 
 
370 aa  263  3e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.273381  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  38.73 
 
 
370 aa  261  2e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  38.13 
 
 
369 aa  259  5.0000000000000005e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  36.71 
 
 
372 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2393  ABC-2 type transporter  39.78 
 
 
369 aa  258  1e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  36.7 
 
 
377 aa  256  6e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1782  ABC-2 type transporter  44.35 
 
 
364 aa  253  3e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.926199  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  38.13 
 
 
369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1781  ABC transporter, inner membrane subunit  39.61 
 
 
365 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2155  ABC-2 type transporter  36.79 
 
 
435 aa  249  4e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3253  ABC-2 type transporter  37.57 
 
 
369 aa  249  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0790326  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1419  hypothetical protein  36.24 
 
 
369 aa  248  9e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.779934  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3003  ABC-2 type transporter  37.6 
 
 
370 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  40.43 
 
 
381 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  37.87 
 
 
380 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.65 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1379  ABC-2 type transporter  37.27 
 
 
370 aa  240  2.9999999999999997e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.463817  hitchhiker  0.000000727606 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  36.65 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  36.65 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  36.65 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  36.65 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  36.65 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  36.65 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  36.65 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4064  ABC-2 type transporter  36.63 
 
 
371 aa  240  4e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0698  hypothetical protein  36.26 
 
 
374 aa  239  5e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  35.53 
 
 
377 aa  239  8e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4695  ABC-2 type transporter  36 
 
 
370 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.595113 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1477  ABC-2 type transporter  35.42 
 
 
371 aa  237  2e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  36.36 
 
 
368 aa  237  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4676  ABC-2 type transporter  36.8 
 
 
379 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  36.56 
 
 
368 aa  236  4e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  35.79 
 
 
378 aa  236  6e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  38.79 
 
 
369 aa  236  7e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  36.77 
 
 
405 aa  235  8e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  36.65 
 
 
368 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  36.65 
 
 
368 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1790  ABC-2 transporter component  37.21 
 
 
371 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  37.47 
 
 
377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00580  ABC-2 type transport system permease protein  37.71 
 
 
369 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0449353  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1283  ABC-2 type transporter  33.69 
 
 
368 aa  233  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0910  ABC transporter permease  33.69 
 
 
368 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881818  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0878  ABC-2 type transporter, permease protein  34.42 
 
 
368 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0963  ABC-2 type transporter permease  34.42 
 
 
368 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0850  ABC-2 type transporter, permease protein  34.42 
 
 
368 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0942  ABC-2 type transporter, permease  34.42 
 
 
368 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0820172  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0718  hypothetical protein  35.57 
 
 
356 aa  228  1e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  34.07 
 
 
370 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  34.94 
 
 
377 aa  224  1e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0132  ABC-2 type transporter  36.95 
 
 
370 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223413  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  34.94 
 
 
377 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  35.61 
 
 
366 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  34.15 
 
 
378 aa  223  6e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1268  multidrug ABC transporter permease component  36.02 
 
 
372 aa  222  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0273495  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  36.1 
 
 
366 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2945  ABC-2 type transporter  34.96 
 
 
378 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.485374  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3069  ABC-2 type transporter  36.34 
 
 
373 aa  220  3e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.669525  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1017  ABC-2 type transporter  36.17 
 
 
372 aa  220  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  34.22 
 
 
369 aa  216  8e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8101  ABC-2 type transporter  34.06 
 
 
368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0255  ABC-2 type transporter  35.81 
 
 
373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1302  ABC-2 type transporter  34.68 
 
 
372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  34.04 
 
 
367 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  34.12 
 
 
371 aa  212  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  34.12 
 
 
378 aa  210  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  32.87 
 
 
368 aa  210  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  32.53 
 
 
384 aa  209  7e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3224  ABC-2 type transporter  35.42 
 
 
383 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.13853  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  35.42 
 
 
369 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3309  ABC-2 type transporter  35.42 
 
 
383 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  34.67 
 
 
377 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3115  ABC transporter, inner membrane subunit  35.25 
 
 
383 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2514  ABC-2 type transporter  35.41 
 
 
374 aa  207  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.936785  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1490  ABC-2 type transporter  32.79 
 
 
384 aa  207  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.726724  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  33.33 
 
 
382 aa  205  9e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  33.51 
 
 
390 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  32.98 
 
 
388 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  32.89 
 
 
381 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  33.07 
 
 
387 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>