More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0816 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0816  phosphoglycerate mutase  100 
 
 
212 aa  424  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4233  phosphoglycerate mutase  69.67 
 
 
213 aa  285  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555446  normal  0.270297 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0972  Phosphoglycerate mutase  68.72 
 
 
215 aa  285  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1461  phosphoglycerate mutase  66.98 
 
 
212 aa  283  1e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1238  phosphoglycerate mutase  66.82 
 
 
213 aa  273  2e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754918  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0491  phosphoglycerate mutase  66.82 
 
 
214 aa  270  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.407616  normal  0.0732779 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0502  Phosphoglycerate mutase  66.82 
 
 
214 aa  270  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.309871  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4091  phosphoglycerate mutase  66.67 
 
 
227 aa  268  5e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0514  phosphoglycerate mutase  65.07 
 
 
224 aa  253  1e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.575889  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0330  phosphoglycerate mutase  62.5 
 
 
233 aa  246  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.843644 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3955  phosphoglycerate mutase  56.5 
 
 
240 aa  226  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0124021 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0420  phosphoglycerate mutase  50.24 
 
 
224 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.104537 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0389  Phosphoglycerate mutase  48.82 
 
 
226 aa  192  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0252032  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0374  Phosphoglycerate mutase  48.82 
 
 
226 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0499  putative phosphoglycerate mutase 2 protein  47.6 
 
 
227 aa  182  4e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725562  normal  0.192207 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0479  phosphoglycerate mutase  50.24 
 
 
229 aa  181  5e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364165  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0579  phosphoglycerate mutase  46.63 
 
 
220 aa  181  9e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763016  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0605  phosphoglycerate mutase  47.12 
 
 
220 aa  181  9e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.338062  normal  0.808152 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0202  phosphoglycerate mutase  46.26 
 
 
221 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0685  phosphoglycerate mutase  46.26 
 
 
221 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3771  phosphoglycerate mutase  45.19 
 
 
220 aa  176  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0652  phosphoglycerate mutase  45.33 
 
 
221 aa  173  1e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288396  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1555  Phosphoglycerate mutase  47.14 
 
 
224 aa  170  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2698  phosphoglycerate mutase  44.86 
 
 
220 aa  167  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.32804  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3348  Phosphoglycerate mutase  42.45 
 
 
223 aa  163  2e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27148  hitchhiker  0.000518506 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0613  phosphoglycerate mutase  41.51 
 
 
223 aa  161  5e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.496101 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3369  phosphoglycerate mutase family protein  43.46 
 
 
220 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3404  phosphoglycerate mutase family protein  42.99 
 
 
220 aa  158  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3410  phosphoglycerate mutase 2  42.99 
 
 
229 aa  158  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1243  phosphoglycerate mutase, putative  43.46 
 
 
229 aa  157  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.348551  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2558  phosphoglycerate mutase  40.38 
 
 
223 aa  156  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.56106  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1125  putative phosphoglycerate mutase  42.52 
 
 
220 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0263  putative phosphoglycerate mutase  42.52 
 
 
220 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947461  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2350  phosphoglycerate mutase, putative  42.52 
 
 
229 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2529  putative phosphoglycerate mutase  42.52 
 
 
220 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0602  phosphoglycerate mutase  43.06 
 
 
218 aa  149  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.690788  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2437  Phosphoglycerate mutase  43.48 
 
 
218 aa  146  2e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0172272 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3812  phosphoglycerate mutase  37.81 
 
 
224 aa  130  2e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.234713 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2039  phosphoglycerate mutase  35.71 
 
 
214 aa  127  9e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1484  phosphoglycerate mutase  36.54 
 
 
230 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4362  Phosphoglycerate mutase  40.67 
 
 
230 aa  123  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0707  phosphoglycerate mutase  34.16 
 
 
209 aa  117  1e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  34.78 
 
 
208 aa  115  7e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1465  alpha-ribazole phosphatase  38.05 
 
 
205 aa  113  2e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1105  phosphoglycerate mutase  34.8 
 
 
214 aa  112  4e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  32.55 
 
 
213 aa  110  1e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.63977e-06  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0562  phosphoglycerate mutase  36.76 
 
 
185 aa  108  7e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0434916 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1067  phosphoglycerate mutase  35.29 
 
 
202 aa  106  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  5.9372e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0580  Phosphoglycerate mutase  34.86 
 
 
221 aa  105  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1640  Phosphoglycerate mutase  38.27 
 
 
225 aa  105  6e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.794665  hitchhiker  0.00334648 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2806  Phosphoglycerate mutase  47.2 
 
 
234 aa  104  8e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5474  Phosphoglycerate mutase  40.67 
 
 
198 aa  104  9e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1600  phosphoglycerate mutase  33.17 
 
 
209 aa  104  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2311  phosphoglycerate mutase  36.82 
 
 
440 aa  104  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.3615 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12447  phosphoglycerate mutase  37.5 
 
 
223 aa  103  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.74264 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  36.32 
 
 
222 aa  102  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  36.32 
 
 
222 aa  102  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18180  fructose-2,6-bisphosphatase  38 
 
 
210 aa  102  6e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0998  Phosphoglycerate mutase  32.14 
 
 
201 aa  101  8e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0398  Phosphoglycerate mutase  36.45 
 
 
209 aa  100  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.95004  normal  0.481126 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2249  Phosphoglycerate mutase  39.41 
 
 
234 aa  100  1e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3480  phosphoglycerate mutase  33.95 
 
 
215 aa  99.4  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0813  phosphoglycerate mutase  33.95 
 
 
215 aa  99.4  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3610  phosphoglycerate mutase  33.95 
 
 
215 aa  99.4  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1953  bifunctional RNase H/acid phosphatase  33.66 
 
 
382 aa  99.8  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2989  Phosphoglycerate mutase  33.17 
 
 
217 aa  98.6  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.30555e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3601  phosphoglycerate mutase  37.5 
 
 
226 aa  98.6  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0942551  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3533  phosphoglycerate mutase  37.5 
 
 
226 aa  98.6  6e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.71775 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3528  phosphoglycerate mutase  37.5 
 
 
226 aa  98.6  6e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258109  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1615  phosphoglycerate mutase  34.43 
 
 
237 aa  97.8  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.979507  normal  0.794966 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3924  phosphoglycerate mutase  38.75 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.331072  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2893  phosphoglycerate mutase  41.88 
 
 
205 aa  95.9  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.209877  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1322  Phosphoglycerate mutase  35.2 
 
 
209 aa  95.5  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0902  phosphoglycerate mutase  33.66 
 
 
411 aa  95.1  7e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0126145  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0469  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
201 aa  94.7  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3618  bifunctional RNase H/acid phosphatase  39.13 
 
 
369 aa  94.7  8e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.324125  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3598  phosphoglycerate mutase  34.47 
 
 
207 aa  94.4  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.593139  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1248  phosphoglycerate mutase  34.68 
 
 
220 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0990059  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0074  Phosphoglycerate mutase  34.83 
 
 
210 aa  93.2  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.107325  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1881  phosphoglycerate mutase  32 
 
 
196 aa  92.8  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5889  bifunctional RNase H/acid phosphatase  31.84 
 
 
427 aa  92  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3094  Phosphoglycerate mutase  36.36 
 
 
218 aa  91.7  7e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0314512  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2655  phosphoglycerate mutase  40 
 
 
224 aa  91.7  8e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.725658  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2169  putative phosphoglycerate mutase  39.22 
 
 
208 aa  91.3  9e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.376393  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0628  phosphoglycerate mutase  30.65 
 
 
200 aa  91.3  9e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.1297e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4185  phosphoglycerate mutase  34.38 
 
 
200 aa  91.3  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2812  phosphoglycerate mutase  44.1 
 
 
251 aa  90.9  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2451  phosphoglycerate mutase  39.22 
 
 
207 aa  90.9  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.590939  normal  0.0803681 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1926  phosphoglycerate mutase  31 
 
 
196 aa  90.9  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00641926  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2175  phosphoglycerate mutase family protein  31.5 
 
 
196 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.778045  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04236  hypothetical protein  32.71 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0356  Phosphoglycerate mutase  28.86 
 
 
205 aa  90.1  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5911  phosphoglycerate mutase  32.71 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1673  Phosphoglycerate mutase  32 
 
 
378 aa  90.1  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00482153  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4995  phosphoglycerate mutase  32.71 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4631  phosphoglycerate mutase  32.71 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04271  phosphoglycerate mutase  32.71 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4947  phosphoglycerate mutase  32.71 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3661  phosphoglycerate mutase  32.71 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3602  Phosphoglycerate mutase  32.71 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>