More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0596 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
281 aa  550  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.89 
 
 
272 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.28 
 
 
278 aa  381  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  81.78 
 
 
275 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.66 
 
 
279 aa  361  9e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  70.41 
 
 
279 aa  360  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  68.54 
 
 
289 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  68.54 
 
 
289 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  68.54 
 
 
279 aa  352  4e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.79 
 
 
279 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  68.16 
 
 
279 aa  351  8.999999999999999e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.53 
 
 
274 aa  346  3e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.26 
 
 
275 aa  333  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.88 
 
 
278 aa  334  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.88 
 
 
278 aa  334  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.88 
 
 
281 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.88 
 
 
281 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.88 
 
 
281 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.88 
 
 
281 aa  332  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  72.88 
 
 
278 aa  332  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.88 
 
 
278 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.4 
 
 
275 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.64 
 
 
274 aa  329  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.19 
 
 
279 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.78 
 
 
275 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  69.32 
 
 
272 aa  317  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.45 
 
 
279 aa  315  6e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
275 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
275 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.84 
 
 
274 aa  311  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  65.78 
 
 
276 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  66.16 
 
 
276 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.31 
 
 
278 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.31 
 
 
278 aa  305  6e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  66.29 
 
 
273 aa  300  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.78 
 
 
273 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.7 
 
 
275 aa  287  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  57.98 
 
 
282 aa  278  6e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.98 
 
 
282 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  57.98 
 
 
282 aa  278  7e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.23 
 
 
272 aa  277  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.23 
 
 
272 aa  277  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.09 
 
 
278 aa  268  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  49.82 
 
 
282 aa  261  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.97 
 
 
270 aa  259  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.27 
 
 
275 aa  251  9.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.41 
 
 
391 aa  251  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.41 
 
 
317 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.41 
 
 
317 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  51.56 
 
 
275 aa  247  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  45.91 
 
 
302 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.91 
 
 
302 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.72 
 
 
280 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
284 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
337 aa  229  4e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.2 
 
 
302 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
311 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.08 
 
 
264 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
284 aa  215  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.69 
 
 
261 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  47.72 
 
 
258 aa  210  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.82 
 
 
261 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.84 
 
 
242 aa  207  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.36 
 
 
262 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.7 
 
 
265 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
266 aa  185  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
268 aa  185  8e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
269 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.08 
 
 
269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  45.16 
 
 
279 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  48.98 
 
 
259 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  40.97 
 
 
266 aa  179  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 
597 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
269 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1815  ABC transporter permease  78.57 
 
 
118 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132168  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
265 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.83 
 
 
275 aa  177  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
268 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
269 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
264 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
268 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  39.34 
 
 
267 aa  176  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
264 aa  176  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
266 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
591 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.26 
 
 
271 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.89 
 
 
264 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
588 aa  171  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
587 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  37.55 
 
 
271 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
276 aa  169  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 
272 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
596 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
550 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
265 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  36.63 
 
 
265 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
276 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1814  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  60.4 
 
 
167 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.272424  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  38.22 
 
 
264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>