More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0542 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  56.9 
 
 		 774 aa  723    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  57.27 
 
 		 753 aa  710    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  54.91 
 
 		 787 aa  741    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  61.31 
 
 		 740 aa  801    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  60.58 
 
 		 781 aa  815    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 702 aa  1394    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  63.22 
 
 		 738 aa  859    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  66.14 
 
 		 747 aa  855    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  60.3 
 
 		 781 aa  810    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  56.65 
 
 		 736 aa  682    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  49.32 
 
 		 783 aa  585  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  46.49 
 
 		 807 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  46.14 
 
 		 805 aa  570  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  46.8 
 
 		 803 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  47.68 
 
 		 804 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  44.74 
 
 		 728 aa  528  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  45.64 
 
 		 793 aa  525  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  43.55 
 
 		 783 aa  520  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  44.74 
 
 		 717 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  44.16 
 
 		 789 aa  499  1e-140  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  62.96 
 
 		 810 aa  430  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  37.05 
 
 		 655 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  35.27 
 
 		 670 aa  356  7.999999999999999e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  34.05 
 
 		 673 aa  334  3e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  33.13 
 
 		 750 aa  326  9e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  36.61 
 
 		 703 aa  320  7.999999999999999e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  47.19 
 
 		 777 aa  320  7.999999999999999e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  35.76 
 
 		 650 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  47.47 
 
 		 781 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  49.01 
 
 		 775 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  48.99 
 
 		 771 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.9 
 
 		 649 aa  314  3.9999999999999997e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  35.29 
 
 		 748 aa  314  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  46.97 
 
 		 780 aa  312  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  48.21 
 
 		 774 aa  311  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  48.21 
 
 		 774 aa  311  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  49.44 
 
 		 750 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  49.72 
 
 		 744 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  49.44 
 
 		 757 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  49.44 
 
 		 757 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  49.44 
 
 		 757 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  49.44 
 
 		 757 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  49.44 
 
 		 757 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  49.31 
 
 		 757 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  48.28 
 
 		 791 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  34.58 
 
 		 725 aa  306  8.000000000000001e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  36.1 
 
 		 641 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  34.31 
 
 		 635 aa  302  2e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  32.85 
 
 		 666 aa  300  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  48.59 
 
 		 814 aa  300  7e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  48.23 
 
 		 803 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  33.02 
 
 		 650 aa  298  3e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  33.28 
 
 		 686 aa  295  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  33.59 
 
 		 686 aa  295  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  34.76 
 
 		 645 aa  295  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  33.43 
 
 		 686 aa  294  4e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  33.43 
 
 		 686 aa  294  4e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  48.21 
 
 		 803 aa  294  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  33.28 
 
 		 686 aa  294  5e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  34.82 
 
 		 658 aa  294  5e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.91 
 
 		 799 aa  291  3e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  35.15 
 
 		 634 aa  290  9e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  34.16 
 
 		 658 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  34.57 
 
 		 776 aa  287  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  50.31 
 
 		 787 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  35.41 
 
 		 632 aa  284  4.0000000000000003e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  34.18 
 
 		 630 aa  283  8.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  29.87 
 
 		 682 aa  282  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  32.73 
 
 		 758 aa  281  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  35.43 
 
 		 636 aa  280  7e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  32.56 
 
 		 703 aa  279  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  32.93 
 
 		 689 aa  279  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  32.3 
 
 		 703 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  32.02 
 
 		 732 aa  273  6e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  31.8 
 
 		 681 aa  271  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  32.52 
 
 		 714 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  32.58 
 
 		 705 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  31.66 
 
 		 704 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  34.24 
 
 		 650 aa  268  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  30.62 
 
 		 697 aa  268  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  32.79 
 
 		 648 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  31.63 
 
 		 662 aa  268  2.9999999999999995e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  34.08 
 
 		 654 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  32.16 
 
 		 704 aa  266  7e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  33.66 
 
 		 654 aa  266  8.999999999999999e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  31.51 
 
 		 700 aa  266  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  31.51 
 
 		 700 aa  266  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  32.21 
 
 		 724 aa  264  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.39 
 
 		 748 aa  264  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 		 705 aa  263  6e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  31.47 
 
 		 705 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  31.42 
 
 		 702 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  32.14 
 
 		 710 aa  261  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  31.04 
 
 		 706 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  32.03 
 
 		 707 aa  259  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  30.12 
 
 		 791 aa  258  2e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  29.82 
 
 		 791 aa  257  4e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  30.43 
 
 		 672 aa  255  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  32.11 
 
 		 710 aa  253  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  30.53 
 
 		 675 aa  250  6e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>