More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0528 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0528  porin  100 
 
 
338 aa  681  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  38.44 
 
 
349 aa  192  7e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  39.14 
 
 
339 aa  190  3e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  39.12 
 
 
351 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  5.17962e-07  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  39.63 
 
 
362 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  37.54 
 
 
374 aa  176  6e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  34.48 
 
 
400 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  36.59 
 
 
355 aa  174  2e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  37.81 
 
 
335 aa  172  9e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  36.13 
 
 
370 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  37.14 
 
 
360 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  39.84 
 
 
362 aa  170  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  38.72 
 
 
344 aa  169  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  36.28 
 
 
335 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  36.21 
 
 
352 aa  165  1e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  33.67 
 
 
387 aa  164  2e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  35.15 
 
 
347 aa  161  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  36.6 
 
 
385 aa  156  5e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  35.19 
 
 
369 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  3.49197e-07  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  35.96 
 
 
355 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  38.36 
 
 
344 aa  153  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  33.52 
 
 
357 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  34.47 
 
 
372 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  34.15 
 
 
355 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  43.15 
 
 
376 aa  150  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  32.85 
 
 
356 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  36.13 
 
 
375 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  35.71 
 
 
414 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  34.49 
 
 
356 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  34.49 
 
 
356 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  32.95 
 
 
426 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  41.87 
 
 
376 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4956  porin  36.33 
 
 
347 aa  145  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  41.46 
 
 
376 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  33.62 
 
 
348 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  34.2 
 
 
356 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  33.63 
 
 
327 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  35.82 
 
 
381 aa  141  1e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  39.53 
 
 
355 aa  142  1e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  39.53 
 
 
355 aa  142  1e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  35.03 
 
 
353 aa  141  2e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  34.52 
 
 
358 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  34.24 
 
 
352 aa  139  5e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  33.33 
 
 
368 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  35.24 
 
 
351 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  34.37 
 
 
367 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  36.62 
 
 
352 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  36.62 
 
 
352 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  35.83 
 
 
354 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  32.88 
 
 
367 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  32.44 
 
 
359 aa  137  3e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  32.42 
 
 
358 aa  137  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  32.88 
 
 
350 aa  136  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  33.43 
 
 
344 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  33.14 
 
 
354 aa  135  1e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  33.14 
 
 
354 aa  135  1e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  31.12 
 
 
387 aa  134  2e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  30.91 
 
 
358 aa  134  2e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  32.43 
 
 
398 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  31.48 
 
 
431 aa  133  4e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  35.36 
 
 
357 aa  133  4e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  33.15 
 
 
364 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  32.2 
 
 
363 aa  131  1e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  32.13 
 
 
344 aa  131  1e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  30.83 
 
 
355 aa  130  2e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  32.53 
 
 
344 aa  131  2e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  33.42 
 
 
436 aa  131  2e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  33.82 
 
 
354 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4600  porin  33.69 
 
 
386 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.447707  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  33.93 
 
 
355 aa  130  4e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  1.04312e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  32.96 
 
 
382 aa  130  4e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  43.84 
 
 
436 aa  129  7e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  37.5 
 
 
401 aa  129  8e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  43.84 
 
 
386 aa  129  8e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  43.84 
 
 
386 aa  129  8e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  43.84 
 
 
386 aa  129  8e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  43.84 
 
 
386 aa  129  8e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  43.84 
 
 
386 aa  129  8e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3009  putative outer membrane porin signal peptide protein  31.97 
 
 
367 aa  129  9e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.494139  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  33.71 
 
 
356 aa  128  2e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  33.94 
 
 
393 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  31.52 
 
 
402 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  30.89 
 
 
358 aa  127  4e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  34.13 
 
 
385 aa  127  4e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  32.59 
 
 
394 aa  126  4e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1478  porin Gram-negative type  30.58 
 
 
346 aa  126  4e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  30.77 
 
 
386 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  31.17 
 
 
393 aa  126  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  32.36 
 
 
376 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  43.35 
 
 
386 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2227  porin Gram-negative type  33.25 
 
 
387 aa  125  8e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0459424  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  36.47 
 
 
389 aa  125  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  43.84 
 
 
383 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  43.84 
 
 
383 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  32.41 
 
 
344 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  47.49 
 
 
389 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0702  outer membrane porin OpcP  32.61 
 
 
523 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.259508  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  32.32 
 
 
386 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  30.68 
 
 
382 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  33.33 
 
 
376 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.561867 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>