213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0516 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  79.34 
 
 		 478 aa  653    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0516  major facilitator transporter  100 
 
 		 441 aa  868    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0209  major facilitator transporter  79.86 
 
 		 466 aa  669    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  81.26 
 
 		 466 aa  696    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0276  major facilitator superfamily transporter  80.33 
 
 		 449 aa  624  1e-177  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  79.77 
 
 		 447 aa  616  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0214  major facilitator superfamily MFS_1  79.12 
 
 		 444 aa  595  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.131109  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0263  major facilitator superfamily MFS_1  77.75 
 
 		 462 aa  592  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464987  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2009  major facilitator transporter  73.09 
 
 		 415 aa  576  1.0000000000000001e-163  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.872827  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2636  major facilitator transporter  73.46 
 
 		 429 aa  569  1e-161  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103448  normal  0.465614 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1726  major facilitator superfamily MFS_1  72.28 
 
 		 417 aa  565  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  58.9 
 
 		 462 aa  501  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  58.86 
 
 		 461 aa  488  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  58.3 
 
 		 465 aa  488  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0223  major facilitator transporter  60.22 
 
 		 461 aa  481  1e-134  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  58.5 
 
 		 471 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  58.41 
 
 		 465 aa  481  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  58.18 
 
 		 463 aa  480  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  58.18 
 
 		 463 aa  480  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  58.14 
 
 		 471 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  58.05 
 
 		 471 aa  478  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  56.42 
 
 		 472 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  56.95 
 
 		 478 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  55.58 
 
 		 476 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  56.33 
 
 		 471 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  56.33 
 
 		 471 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  54.9 
 
 		 472 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  56.45 
 
 		 466 aa  458  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3114  major facilitator transporter  57.24 
 
 		 475 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  47.68 
 
 		 475 aa  401  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0147  major facilitator transporter  46.2 
 
 		 550 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  48.37 
 
 		 439 aa  371  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2143  major facilitator transporter  46.46 
 
 		 450 aa  359  5e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3596  major facilitator transporter  44.97 
 
 		 478 aa  346  4e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.597959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2679  major facilitator transporter  43.72 
 
 		 465 aa  345  8e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000459278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  47.25 
 
 		 447 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  47.89 
 
 		 443 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2288  major facilitator transporter  45.45 
 
 		 468 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  40.18 
 
 		 504 aa  311  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0296  AmpG protein  44.06 
 
 		 457 aa  307  3e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0367426 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  41.93 
 
 		 482 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  40.05 
 
 		 482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  40.67 
 
 		 456 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  41 
 
 		 459 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  40.32 
 
 		 457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0624  major facilitator transporter  42.23 
 
 		 461 aa  276  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.471905  normal  0.556428 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  39.82 
 
 		 455 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  39.63 
 
 		 454 aa  274  3e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  38.99 
 
 		 452 aa  264  3e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2937  major facilitator transporter  41.75 
 
 		 443 aa  263  6e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02935  signal transducer  40.91 
 
 		 431 aa  256  5e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.726126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  39.42 
 
 		 460 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  39.43 
 
 		 429 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0110  major facilitator superfamily MFS_1  39.52 
 
 		 452 aa  250  4e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0140571  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  39.67 
 
 		 426 aa  249  9e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  39.19 
 
 		 429 aa  249  9e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1420  major facilitator superfamily MFS_1  36.76 
 
 		 438 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.508599 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  36.12 
 
 		 416 aa  244  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  37.91 
 
 		 388 aa  241  2.9999999999999997e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  40.99 
 
 		 419 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  35.4 
 
 		 428 aa  237  3e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  37.28 
 
 		 492 aa  235  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  36.03 
 
 		 495 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  36.27 
 
 		 495 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  34.84 
 
 		 492 aa  234  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  34.84 
 
 		 492 aa  233  5e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  34.84 
 
 		 492 aa  233  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  50.21 
 
 		 1565 aa  232  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  50.21 
 
 		 1565 aa  232  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8458  major facilitator superfamily MFS_1  37.16 
 
 		 442 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  36.58 
 
 		 411 aa  231  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4494  AmpG-related permease  57.87 
 
 		 515 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.769685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4369  AmpG-related permease  58.95 
 
 		 515 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389334 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4016  major facilitator transporter  37.39 
 
 		 444 aa  230  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1355  AmpG-related permease  58.42 
 
 		 515 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.010612  normal  0.140605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1449  major facilitator transporter  37.1 
 
 		 453 aa  228  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  35.73 
 
 		 412 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0962  AmpG-related permease  55.88 
 
 		 515 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1648  major facilitator transporter  36.65 
 
 		 450 aa  227  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002702  AmpG permease  32.21 
 
 		 450 aa  226  6e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1198  AmpG permease  55.72 
 
 		 519 aa  226  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1298  major facilitator transporter  34.02 
 
 		 442 aa  224  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0814  putative permease  32.2 
 
 		 424 aa  223  4.9999999999999996e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0146  muropeptide transporter  39.43 
 
 		 426 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.802826 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  33.18 
 
 		 491 aa  223  7e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  33.18 
 
 		 491 aa  223  7e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  33.18 
 
 		 491 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  33.18 
 
 		 491 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  33.18 
 
 		 491 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  33.18 
 
 		 491 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  33.18 
 
 		 491 aa  222  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1667  major facilitator transporter  33.11 
 
 		 451 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0579205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  33.18 
 
 		 491 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  33.18 
 
 		 491 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  31.76 
 
 		 491 aa  221  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  38.78 
 
 		 409 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  35.27 
 
 		 493 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  35.27 
 
 		 491 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  35.27 
 
 		 493 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  34.9 
 
 		 425 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>