276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0479 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  100 
 
 
312 aa  640    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  61.71 
 
 
308 aa  376  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  57.64 
 
 
311 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  56.43 
 
 
311 aa  350  2e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0235  gluconolactonase  52.94 
 
 
323 aa  309  5e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  52.5 
 
 
316 aa  296  4e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  52.81 
 
 
316 aa  293  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  48.67 
 
 
299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  50 
 
 
299 aa  276  5e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  48.06 
 
 
300 aa  269  4e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  43.51 
 
 
289 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.47 
 
 
296 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.67 
 
 
289 aa  198  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  37.46 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  34.45 
 
 
288 aa  179  5.999999999999999e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  34.11 
 
 
288 aa  177  2e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  38.26 
 
 
295 aa  172  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.55 
 
 
292 aa  168  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.44 
 
 
300 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.44 
 
 
300 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2099  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.47 
 
 
291 aa  167  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83958 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.99 
 
 
302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.66 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.66 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.6 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.66 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  39.71 
 
 
296 aa  162  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.27 
 
 
296 aa  161  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2883  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33 
 
 
302 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.300083 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  34.77 
 
 
308 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.16 
 
 
309 aa  158  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  34.77 
 
 
297 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  30.82 
 
 
300 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  31.15 
 
 
300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  30.49 
 
 
303 aa  155  6e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  35.81 
 
 
309 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  29.94 
 
 
300 aa  155  8e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3078  gluconolactonase  33 
 
 
290 aa  155  9e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.118457  normal  0.0313509 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.11 
 
 
281 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  31.7 
 
 
546 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.22 
 
 
302 aa  153  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.64 
 
 
300 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  33.65 
 
 
294 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  33.55 
 
 
291 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  30.03 
 
 
300 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.12 
 
 
292 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.85 
 
 
569 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  37.46 
 
 
291 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  29.51 
 
 
300 aa  149  6e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  34.11 
 
 
294 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.25 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.07 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.12 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.81 
 
 
285 aa  147  3e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.78 
 
 
293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  35.81 
 
 
312 aa  146  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.33 
 
 
294 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  34.11 
 
 
293 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  37.27 
 
 
303 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0358  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.93 
 
 
305 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60058  normal  0.0997512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.11 
 
 
293 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.67 
 
 
302 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.45 
 
 
302 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.33 
 
 
304 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.1 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.69 
 
 
304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.11 
 
 
312 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  32.75 
 
 
300 aa  140  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5175  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.72 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0979633  normal  0.105367 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1240  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.36 
 
 
286 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.138164 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  32.57 
 
 
295 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.9 
 
 
291 aa  137  2e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  30.84 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  34.1 
 
 
303 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5444  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.58 
 
 
295 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00675978 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.47 
 
 
293 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.27 
 
 
301 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.13 
 
 
302 aa  132  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.27 
 
 
301 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  31.65 
 
 
291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.39 
 
 
292 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  31.99 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0075  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.28 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.72815 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.52 
 
 
304 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17570  gluconolactonase  31.51 
 
 
280 aa  126  6e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0137637  normal  0.639926 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3322  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.03 
 
 
294 aa  125  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.32 
 
 
574 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.29 
 
 
280 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.66 
 
 
330 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  31.35 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.42 
 
 
289 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.03 
 
 
309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.79 
 
 
300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  29.43 
 
 
291 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0517  gluconolactonase  29.69 
 
 
311 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02040  gluconolactonase  31.25 
 
 
298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.44 
 
 
287 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  30.87 
 
 
315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  32.91 
 
 
283 aa  116  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0524  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.84 
 
 
290 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0437489 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>