More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0447 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  100 
 
 		 264 aa  523  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  80.47 
 
 		 258 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  72.16 
 
 		 258 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  60.85 
 
 		 264 aa  298  8e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  56.89 
 
 		 245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 247 aa  229  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  52.21 
 
 		 234 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  51.75 
 
 		 238 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  51.75 
 
 		 253 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  47.48 
 
 		 251 aa  186  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  51.52 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  42.45 
 
 		 266 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  47.62 
 
 		 234 aa  178  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0978  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 234 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0578  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 234 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0437  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 234 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1919  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 234 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1856  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 234 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2012  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 234 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.888081  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0889  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 234 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0479  GntR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 234 aa  168  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5125  GntR domain-containing protein  47.19 
 
 		 234 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4549  GntR domain-containing protein  48.05 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5072  GntR domain-containing protein  47.62 
 
 		 234 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3213  GntR-like  47.19 
 
 		 234 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5154  GntR domain-containing protein  47.19 
 
 		 234 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  42.01 
 
 		 238 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 248 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  35.95 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 251 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 268 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  39.46 
 
 		 262 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  36.55 
 
 		 246 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  35.39 
 
 		 248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  36.44 
 
 		 249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  41.18 
 
 		 244 aa  126  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  36.44 
 
 		 249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  36.29 
 
 		 255 aa  125  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  34.32 
 
 		 273 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 274 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 		 244 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 268 aa  125  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  36.44 
 
 		 272 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  33.62 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  36.91 
 
 		 251 aa  122  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  36.7 
 
 		 249 aa  122  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  36.16 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  34.21 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  34.8 
 
 		 249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  35.37 
 
 		 246 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  35.04 
 
 		 251 aa  119  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 234 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  35.07 
 
 		 241 aa  118  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  34.78 
 
 		 249 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 254 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  34.78 
 
 		 249 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 253 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  36.96 
 
 		 253 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  33.91 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  37.05 
 
 		 249 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  37.05 
 
 		 249 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  37.05 
 
 		 249 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 247 aa  115  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  31 
 
 		 240 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  42.6 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1163  GntR domain protein  39.38 
 
 		 230 aa  113  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1260  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 235 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 		 238 aa  112  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1789  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 232 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.612124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 272 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  36.32 
 
 		 233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  32.19 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  35.22 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  35.22 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  34.11 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  36.44 
 
 		 250 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  38.07 
 
 		 299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  34.05 
 
 		 247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  34.05 
 
 		 247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  34.05 
 
 		 247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  35.71 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  36.49 
 
 		 252 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  35.11 
 
 		 236 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  31.02 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  36.61 
 
 		 242 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 233 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1141  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 233 aa  105  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  33.48 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>