More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0441 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  642    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  76.09 
 
 		 311 aa  471  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  68.21 
 
 		 304 aa  430  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  67.88 
 
 		 304 aa  428  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 309 aa  421  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  65.55 
 
 		 303 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  67.33 
 
 		 311 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 307 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  64.14 
 
 		 306 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  63.28 
 
 		 307 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  67.12 
 
 		 309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  64.78 
 
 		 303 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  72.86 
 
 		 237 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  63.36 
 
 		 308 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  63.51 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  63.39 
 
 		 306 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 306 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 310 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  64.14 
 
 		 306 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 306 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  63.39 
 
 		 302 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 306 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 305 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 308 aa  345  4e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 308 aa  345  8e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 314 aa  342  5e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 320 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 318 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  52.4 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 306 aa  332  5e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 297 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 347 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 315 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 315 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 308 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  49.12 
 
 		 311 aa  286  4e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 308 aa  282  6.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  46.88 
 
 		 304 aa  278  6e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 342 aa  255  5e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 335 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 307 aa  251  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 307 aa  248  6e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 330 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 428 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 335 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  51.25 
 
 		 276 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 314 aa  239  5e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0764  LysR substrate binding domain-containing protein  49.58 
 
 		 274 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0931  LysR family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 360 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 304 aa  232  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.72 
 
 		 293 aa  231  9e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.1 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.61 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  38.1 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 301 aa  225  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 555 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.05 
 
 		 304 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.76 
 
 		 304 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 333 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 362 aa  219  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 300 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 300 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>