More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0321 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
503 aa  1020  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  57.2 
 
 
485 aa  526  1e-148  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  54.23 
 
 
491 aa  486  1e-136  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  52.99 
 
 
487 aa  471  1e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  42.91 
 
 
525 aa  373  1e-102  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  43.53 
 
 
520 aa  369  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  41.99 
 
 
506 aa  327  3e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  38.29 
 
 
569 aa  317  3e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  37.83 
 
 
492 aa  310  5e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  38.43 
 
 
490 aa  309  1e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.27 
 
 
514 aa  306  6e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  39.12 
 
 
499 aa  305  8e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 
561 aa  304  2e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 
559 aa  303  5e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  38.26 
 
 
512 aa  301  2e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 
521 aa  300  5e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  38.09 
 
 
532 aa  298  2e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 
539 aa  297  3e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.7 
 
 
512 aa  296  6e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.77 
 
 
585 aa  296  8e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  37.71 
 
 
502 aa  293  4e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 
583 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.48 
 
 
510 aa  293  5e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.48 
 
 
510 aa  293  6e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.87 
 
 
510 aa  292  1e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.9 
 
 
499 aa  291  1e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 
509 aa  291  1e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.28 
 
 
510 aa  291  2e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.28 
 
 
510 aa  291  2e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.47 
 
 
510 aa  291  2e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  38.24 
 
 
507 aa  291  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.15 
 
 
510 aa  291  2e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.28 
 
 
510 aa  291  2e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.87 
 
 
510 aa  290  3e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 
573 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.87 
 
 
510 aa  291  3e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  34.07 
 
 
564 aa  290  6e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  40.38 
 
 
511 aa  289  7e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 
582 aa  288  2e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  39.43 
 
 
501 aa  288  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.82 
 
 
561 aa  287  4e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 
584 aa  285  1e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 
527 aa  284  2e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.12 
 
 
513 aa  285  2e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1012  AMP-dependent synthetase and ligase  38.81 
 
 
508 aa  285  2e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.16 
 
 
561 aa  285  2e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  37.22 
 
 
510 aa  284  3e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.98 
 
 
561 aa  283  4e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  38.08 
 
 
516 aa  282  8e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 
549 aa  282  9e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 
565 aa  282  1e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.47 
 
 
503 aa  281  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4325  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.2 
 
 
534 aa  281  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0641194 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 
552 aa  280  4e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 
564 aa  280  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  36.77 
 
 
504 aa  280  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2527  AMP-dependent synthetase and ligase  37.01 
 
 
504 aa  280  6e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  38.04 
 
 
510 aa  280  6e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  36.66 
 
 
544 aa  279  7e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 
512 aa  278  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  38.59 
 
 
500 aa  278  1e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14060  AMP-binding domain protein  36.5 
 
 
632 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0382905 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  38.86 
 
 
508 aa  278  2e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  37.32 
 
 
504 aa  278  2e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.98 
 
 
563 aa  278  2e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 
630 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 
563 aa  278  2e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  37.96 
 
 
506 aa  277  2e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.25 
 
 
561 aa  278  2e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 
524 aa  278  2e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  36.92 
 
 
505 aa  276  5e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1245  AMP-binding domain protein  36.69 
 
 
632 aa  276  7e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.988132  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.53 
 
 
514 aa  276  8e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  34.72 
 
 
518 aa  275  1e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.13 
 
 
510 aa  274  2e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 
566 aa  274  2e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 
557 aa  274  3e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 
564 aa  274  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 
506 aa  274  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.59 
 
 
524 aa  274  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  39.36 
 
 
507 aa  274  3e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  36.38 
 
 
504 aa  273  4e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 
518 aa  273  5e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 
520 aa  273  6e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 
582 aa  273  6e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  36.64 
 
 
504 aa  273  7e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 
563 aa  273  7e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 
563 aa  273  7e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 
584 aa  273  7e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  37.27 
 
 
5154 aa  271  1e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  41.78 
 
 
583 aa  272  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 
511 aa  272  1e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  35.27 
 
 
514 aa  271  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0812  AMP-dependent synthetase and ligase  37.72 
 
 
508 aa  270  4e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 
506 aa  270  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  36.77 
 
 
504 aa  270  6e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.82 
 
 
519 aa  269  1e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  32.65 
 
 
496 aa  268  1e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  36.17 
 
 
526 aa  268  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  37.92 
 
 
585 aa  268  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>