More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0222 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3661  benzoyl-CoA oxygenase/reductase, BoxA protein  84.07 
 
 
431 aa  747    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0095  benzoyl-CoA oxygenase/reductase, BoxA protein  74.25 
 
 
428 aa  659    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0222  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  100 
 
 
423 aa  885    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1630  benzoyl-CoA oxygenase, component A  82.9 
 
 
426 aa  745    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170592  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2942  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  81.78 
 
 
427 aa  720    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.453854  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0734  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  67.44 
 
 
424 aa  602  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197929  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0072  benzoyl-CoA oxygenase/reductase, BoxA protein  70.14 
 
 
439 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0890  benzoyl-CoA oxygenase, component A  63.4 
 
 
414 aa  547  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.48377 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1538  benzoyl-CoA oxygenase/reductase, BoxA protein  62.35 
 
 
416 aa  536  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1424  benzoyl-CoA oxygenase, component A  62.17 
 
 
413 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2694  benzoyl-CoA oxygenase/reductase, BoxA protein  61.47 
 
 
413 aa  533  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1323  benzoyl-CoA oxygenase, component A  59.2 
 
 
417 aa  512  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1220  benzoyl-CoA oxygenase subunit A  58.19 
 
 
415 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.655891  normal  0.0139439 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6638  benzoyl-CoA oxygenase, component A  54.22 
 
 
393 aa  448  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.0982181 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1086  ferredoxin-NADP oxidoreductase (FNR)  35.91 
 
 
370 aa  192  1e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.569863  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11651  ferredoxin-NADP oxidoreductase (FNR)  37.63 
 
 
384 aa  191  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11821  ferredoxin-NADP oxidoreductase (FNR)  37.63 
 
 
321 aa  189  8e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.140856  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11811  ferredoxin-NADP oxidoreductase (FNR)  37.29 
 
 
326 aa  186  8e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15081  ferredoxin-NADP oxidoreductase (FNR)  36.15 
 
 
387 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.459762  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0675  ferredoxin-NADP oxidoreductase (FNR)  36.15 
 
 
381 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11131  ferredoxin-NADP oxidoreductase (FNR)  34.92 
 
 
361 aa  174  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.93922 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1917  ferredoxin--NADP reductase (FNR)  37.16 
 
 
396 aa  172  6.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.484005  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0749  ferredoxin--NADP reductase (FNR)  36.49 
 
 
398 aa  172  9e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.14944  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09411  ferredoxin-NADP oxidoreductase (FNR)  36.61 
 
 
366 aa  172  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0946789 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3658  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  37.31 
 
 
405 aa  167  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.108889  normal  0.165286 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5047  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  37.59 
 
 
400 aa  167  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0978  ferredoxin-NADP oxidoreductase  34.11 
 
 
403 aa  166  5.9999999999999996e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000202848  normal  0.0244193 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0782  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  34.62 
 
 
440 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00024869  unclonable  0.0000000785266 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5201  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  31.06 
 
 
403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.86768e-21 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3563  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  32.62 
 
 
406 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2543  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  32.62 
 
 
406 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4840  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain-containing protein  35.47 
 
 
439 aa  151  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00169429  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_42018  predicted protein  33.01 
 
 
320 aa  139  1e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.953925  n/a   
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_23717  predicted protein  31.54 
 
 
340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.239668  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28333  predicted protein  32.4 
 
 
360 aa  136  7.000000000000001e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0642636  normal  0.462802 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12813  predicted protein  33.44 
 
 
298 aa  135  9e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15777  predicted protein  35.43 
 
 
299 aa  130  5.0000000000000004e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.112856  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3121  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha component  29.02 
 
 
588 aa  87  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.500128  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2720  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.02 
 
 
588 aa  87  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.893392  unclonable  0.0000000000726752 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2194  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.17 
 
 
595 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194055  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2236  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.17 
 
 
595 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.680816  normal  0.170477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2512  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.17 
 
 
595 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.49097  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5020  molybdopterin oxidoreductase  31.58 
 
 
1396 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0992  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  29.49 
 
 
245 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0107588 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2921  NADPH-cytochrome P450 reductase  33.15 
 
 
1065 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83457  predicted protein  30.43 
 
 
1108 aa  81.3  0.00000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.180127  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3056  FAD-binding domain protein  33.82 
 
 
554 aa  79  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2016  bifunctional P-450:NADPH-P450 reductase 1  32.56 
 
 
1065 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2936  cytochrome P450  32.56 
 
 
1065 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.807105  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3239  bifunctional P-450:NADPH-P450 reductase 1  32.61 
 
 
1065 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.113177  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2981  NADPH-cytochrome P450 reductase  32.61 
 
 
1065 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.313998  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3231  bifunctional P-450:NADPH-P450 reductase 1  31.28 
 
 
1006 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1784  flavodoxin/nitric oxide synthase  30.15 
 
 
589 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.108282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1803  flavodoxin/nitric oxide synthase  31.3 
 
 
593 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.336845  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2696  sulfite reductase (NADPH) alpha subunit  33.17 
 
 
600 aa  77.4  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0827  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  33.82 
 
 
607 aa  77  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1331  molybdopterin oxidoreductase  34.29 
 
 
1342 aa  76.6  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0643917 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0810  sulfite reductase subunit alpha  31.17 
 
 
599 aa  76.3  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3807  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  29.07 
 
 
591 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0251884 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3229  bifunctional P-450:NADPH-P450 reductase 1  32.61 
 
 
1065 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2993  bifunctional P-450:NADPH-P450 reductase 1  32.61 
 
 
1065 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0858  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  27.9 
 
 
605 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3221  bifunctional P-450:NADPH-P450 reductase 1  32.61 
 
 
1065 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3159  sulfite reductase subunit alpha  31 
 
 
599 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.87087  normal  0.534662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3748  sulfite reductase  32.89 
 
 
540 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0948  sulfite reductase subunit alpha  31.44 
 
 
599 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.404353 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0924  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  31.44 
 
 
599 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3066  sulfite reductase subunit alpha  31.44 
 
 
599 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.944096  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3365  sulfite reductase subunit alpha  31.86 
 
 
609 aa  75.5  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.834699  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5483  flavodoxin/nitric oxide synthase  31.25 
 
 
589 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0248188  normal  0.020248 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1395  molybdopterin oxidoreductase  31.14 
 
 
1384 aa  74.3  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.427794  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02133  sulfite reductase  33.05 
 
 
615 aa  74.7  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.887727  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3111  sulfite reductase subunit alpha  31 
 
 
599 aa  73.9  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0546  molybdopterin oxidoreductase  33.17 
 
 
1409 aa  73.9  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3227  sulfite reductase subunit alpha  31 
 
 
601 aa  73.9  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000595634  normal  0.150506 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3311  sulfite reductase subunit alpha  33.17 
 
 
612 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4018  sulfite reductase subunit alpha  31 
 
 
599 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.104123  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3442  sulfite reductase subunit alpha  33.17 
 
 
600 aa  73.6  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0682  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  32.5 
 
 
613 aa  73.6  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4136  sulfite reductase  30.7 
 
 
535 aa  73.6  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.292197 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0975  sulfite reductase subunit alpha  33.17 
 
 
600 aa  73.9  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02609  sulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein  31 
 
 
599 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3143  sulfite reductase subunit alpha  31.17 
 
 
599 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.49504  normal  0.285573 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2904  sulfite reductase subunit alpha  31 
 
 
599 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02572  hypothetical protein  31 
 
 
599 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3527  sulfite reductase subunit alpha  31.86 
 
 
609 aa  73.2  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.400097  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2892  sulfite reductase subunit alpha  31 
 
 
599 aa  73.2  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3260  sulfite reductase subunit alpha  30.57 
 
 
599 aa  73.2  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.25406 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0855  sulfite reductase (NADPH) alpha subunit  31.53 
 
 
604 aa  73.2  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.111088  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1381  molybdopterin oxidoreductase  33.33 
 
 
1232 aa  72.8  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3738  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component  32.02 
 
 
607 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3078  sulfite reductase subunit alpha  30.57 
 
 
599 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.282259  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4954  sulfite reductase  31.25 
 
 
534 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.526752  normal  0.219456 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2298  sulfite reductase  33.04 
 
 
534 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253537  normal  0.965047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3080  sulfite reductase (NADPH) alpha subunit  31.53 
 
 
604 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.274835  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0892  sulfite reductase (NADPH) alpha subunit  30.2 
 
 
604 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4491  sulfite reductase  31.25 
 
 
534 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5007  sulfite reductase  30.49 
 
 
535 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.125173  normal  0.198772 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1784  sulfite reductase  30.89 
 
 
526 aa  72  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2602  cytochrome P450  33.33 
 
 
1096 aa  72.4  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000391794  hitchhiker  0.00294815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>