122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0079 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0079  AsmA  100 
 
 		 669 aa  1338    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178612  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2254  hypothetical protein  47.62 
 
 		 632 aa  592  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.134961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1181  AsmA  37.38 
 
 		 667 aa  435  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.256758  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0791  AsmA family protein  34.89 
 
 		 765 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.352435  normal  0.138985 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0721  AsmA family protein  34.61 
 
 		 765 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641564 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3055  AsmA family protein  40.78 
 
 		 657 aa  417  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.655109  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4857  AsmA family protein  36.3 
 
 		 688 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000523424 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0566  AsmA  36.85 
 
 		 691 aa  410  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4735  AsmA family protein  36.15 
 
 		 688 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4914  AsmA family protein  36.44 
 
 		 688 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000550525 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0773  hypothetical protein  34.09 
 
 		 740 aa  404  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0128597 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02380  AsmA family protein  35.78 
 
 		 677 aa  401  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4649  AsmA family protein  36.15 
 
 		 688 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0580327 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4907  hypothetical protein  35.42 
 
 		 688 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4449  AsmA  35.24 
 
 		 688 aa  399  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0817  AsmA  35.38 
 
 		 791 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118812  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64510  hypothetical protein  36.84 
 
 		 689 aa  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5601  hypothetical protein  36.4 
 
 		 689 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4106  AsmA family protein  36.88 
 
 		 669 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850545  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4261  AsmA family protein  37.93 
 
 		 669 aa  392  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.545183  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2640  AsmA  33.09 
 
 		 735 aa  388  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0924  AsmA family protein  34.6 
 
 		 670 aa  384  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4747  AsmA family protein  34.46 
 
 		 678 aa  382  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0883  AsmA  36.62 
 
 		 664 aa  376  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444148 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0784  AsmA family protein  35.84 
 
 		 680 aa  373  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3921  AsmA family protein  34.8 
 
 		 686 aa  353  5e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3828  AsmA family protein  33.63 
 
 		 686 aa  353  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0975888 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03372  predicted outer membrane biogenesis protein  33.93 
 
 		 691 aa  352  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0189  AsmA family protein  33.93 
 
 		 691 aa  352  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4887  AsmA family protein  33.93 
 
 		 686 aa  352  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.647897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3727  AsmA family protein  33.93 
 
 		 686 aa  352  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0193  AsmA family protein  33.93 
 
 		 691 aa  352  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3929  AsmA family protein  33.93 
 
 		 686 aa  352  2e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4012  AsmA family protein  33.78 
 
 		 686 aa  348  2e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3804  AsmA family protein  34.71 
 
 		 686 aa  342  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3817  AsmA family protein  34.56 
 
 		 686 aa  340  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3985  AsmA family protein  34.56 
 
 		 686 aa  340  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.189734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3926  AsmA family protein  34.56 
 
 		 686 aa  340  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3882  AsmA family protein  34.56 
 
 		 686 aa  340  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2188  AsmA family protein  39.09 
 
 		 824 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1309  AsmA family protein  39.09 
 
 		 830 aa  337  5e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2319  AsmA family protein  39.09 
 
 		 830 aa  337  5e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1796  AsmA family protein  39.09 
 
 		 830 aa  337  5e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147838  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0099  AsmA family protein  39.09 
 
 		 830 aa  337  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.483374  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2151  AsmA family protein  39.09 
 
 		 830 aa  337  5e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1067  AsmA family protein  39.09 
 
 		 830 aa  337  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.103538  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2268  AsmA family protein  38.8 
 
 		 818 aa  335  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1369  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1499  AsmA family protein  38.45 
 
 		 759 aa  327  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0473524 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1703  AsmA family protein  38.72 
 
 		 782 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0988  AsmA family protein  35.73 
 
 		 810 aa  324  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5070  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis, AsmA  37.82 
 
 		 764 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.207189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1865  AsmA family protein  36.84 
 
 		 832 aa  321  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0704419  normal  0.0719659 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6307  AsmA  37.61 
 
 		 765 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.726183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1772  AsmA family protein  37.61 
 
 		 765 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.192484  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4073  hypothetical protein  30.59 
 
 		 729 aa  317  4e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0571071 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1797  AsmA family protein  37.61 
 
 		 765 aa  317  6e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.374116 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2321  putative transmembrane protein, AsmA-like  36.42 
 
 		 839 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.704699 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0104  AsmA family protein  29.81 
 
 		 739 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1683  AsmA family protein  37.53 
 
 		 765 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  33.49 
 
 		 649 aa  310  8e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1711  AsmA family protein  37.74 
 
 		 765 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2673  AsmA family protein  33.83 
 
 		 762 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583753  normal  0.123003 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3293  AsmA family protein  32.1 
 
 		 656 aa  307  5.0000000000000004e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187573  normal  0.760873 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0666  hypothetical protein  33.54 
 
 		 697 aa  306  7e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4258  AsmA family protein  34.87 
 
 		 791 aa  303  5.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0521449  normal  0.0888136 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4058  AsmA family protein  36.71 
 
 		 745 aa  288  2.9999999999999996e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1774  AsmA family protein  33.86 
 
 		 761 aa  286  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2433  AsmA family protein  26.37 
 
 		 710 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.2026  normal  0.914727 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2665  AsmA family protein  29.1 
 
 		 674 aa  215  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100749 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1200  AsmA  26.92 
 
 		 700 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  26.32 
 
 		 704 aa  172  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01675  AsmA family membrane protein  31.49 
 
 		 342 aa  118  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.3424  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2682  AsmA family protein  23.4 
 
 		 895 aa  86.7  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.397979  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2769  AsmA family protein  28 
 
 		 587 aa  75.1  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.961536  normal  0.388317 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  28.85 
 
 		 660 aa  74.3  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  28.85 
 
 		 660 aa  73.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  27.68 
 
 		 675 aa  70.5  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  22.39 
 
 		 646 aa  67.8  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  23.93 
 
 		 604 aa  66.2  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  22.1 
 
 		 612 aa  65.9  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0489  hypothetical protein  19.83 
 
 		 665 aa  65.1  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000190696  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  22.26 
 
 		 677 aa  64.3  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  24.83 
 
 		 797 aa  62  0.00000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  23.6 
 
 		 711 aa  60.8  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2657  AsmA  23.81 
 
 		 737 aa  60.8  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.871932  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2209  AsmA  32.06 
 
 		 1077 aa  60.1  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3362  AsmA family protein  21.22 
 
 		 1061 aa  59.3  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.596637 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  25.45 
 
 		 750 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0899  AsmA family protein  21.48 
 
 		 1061 aa  57.4  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00548137  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  21.98 
 
 		 614 aa  57  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  25.95 
 
 		 750 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  24.8 
 
 		 893 aa  54.7  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  21.09 
 
 		 614 aa  54.7  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  24.83 
 
 		 741 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  30.88 
 
 		 762 aa  53.1  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1136  AsmA family protein  26.99 
 
 		 295 aa  53.1  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0437231 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  21.6 
 
 		 701 aa  52.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  23.41 
 
 		 656 aa  52  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  23.32 
 
 		 742 aa  51.2  0.00006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  21.35 
 
 		 740 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>