177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0038 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 		 155 aa  313  4e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  55.41 
 
 		 160 aa  165  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  55.22 
 
 		 182 aa  164  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  56.93 
 
 		 157 aa  164  5e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  51.09 
 
 		 151 aa  139  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  54.33 
 
 		 162 aa  136  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  45.51 
 
 		 164 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1209  C-type cytochrome biogenesis protein  60.87 
 
 		 154 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  55.24 
 
 		 156 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  54.29 
 
 		 156 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  49.18 
 
 		 133 aa  120  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  41.03 
 
 		 158 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  41.03 
 
 		 158 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  44.88 
 
 		 153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  46.72 
 
 		 201 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  47.37 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  47.37 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  46.56 
 
 		 170 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  42.04 
 
 		 155 aa  111  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  41.55 
 
 		 155 aa  110  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  34.81 
 
 		 160 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  40.76 
 
 		 210 aa  109  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  52.04 
 
 		 164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  36.24 
 
 		 180 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  47.57 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  44 
 
 		 157 aa  107  5e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06069  C-type cytochrome biogenesis protein  45.52 
 
 		 143 aa  107  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000842806  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00858  C-type cytochrome biogenesis protein  45.52 
 
 		 143 aa  107  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00749926  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  38.96 
 
 		 155 aa  107  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  44.92 
 
 		 158 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  38.71 
 
 		 156 aa  106  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1559  cytochrome C-type biogenesis protein  44.09 
 
 		 192 aa  106  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000529963  normal  0.148029 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  37.91 
 
 		 159 aa  105  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  38.03 
 
 		 156 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1741  cytochrome C biogenesis protein  53.26 
 
 		 188 aa  104  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0074582  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  36.36 
 
 		 158 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1551  cytochrome C biogenesis protein  53.92 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.280563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  37.89 
 
 		 156 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  38.52 
 
 		 167 aa  101  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  44.72 
 
 		 136 aa  100  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3777  cytochrome C biogenesis protein  38.16 
 
 		 157 aa  99.4  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4053  cytochrome C biogenesis protein  38.16 
 
 		 157 aa  99.4  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.448271  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1689  cytochrome C biogenesis protein  42.19 
 
 		 167 aa  98.2  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.320288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  35.9 
 
 		 168 aa  98.6  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  38.62 
 
 		 153 aa  98.2  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03067  Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  37.23 
 
 		 176 aa  97.8  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  41.32 
 
 		 170 aa  97.4  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0900  cytochrome C biogenesis protein  39.84 
 
 		 153 aa  97.4  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198735  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  41.32 
 
 		 170 aa  97.4  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0636  cytochrome C biogenesis protein  43.97 
 
 		 151 aa  97.1  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  36.18 
 
 		 157 aa  97.1  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3409  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  42 
 
 		 161 aa  97.1  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0284727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  36.13 
 
 		 159 aa  96.7  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  34.85 
 
 		 161 aa  95.5  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  41.67 
 
 		 158 aa  95.9  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  38.36 
 
 		 162 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0439  cytochrome C biogenesis protein  40.44 
 
 		 158 aa  94.4  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  40.98 
 
 		 151 aa  94.4  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2930  cytochrome C biogenesis protein  41.3 
 
 		 157 aa  93.6  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.344333 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4772  cytochrome C biogenesis protein  48.84 
 
 		 163 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1128  cytochrome C biogenesis protein  37.8 
 
 		 161 aa  93.2  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  34.62 
 
 		 161 aa  93.2  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3384  cytochrome C biogenesis protein  36 
 
 		 157 aa  93.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  35.34 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  35.34 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  35.34 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  36.97 
 
 		 159 aa  92.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  43.2 
 
 		 158 aa  92  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  35.34 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  38.64 
 
 		 158 aa  92  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  35.33 
 
 		 152 aa  91.7  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  46.1 
 
 		 344 aa  91.7  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3890  cytochrome C biogenesis protein  41.86 
 
 		 151 aa  91.3  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0293402  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1877  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  45 
 
 		 147 aa  90.1  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  36.5 
 
 		 149 aa  89.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  33.97 
 
 		 160 aa  89.7  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  41.75 
 
 		 155 aa  89.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1567  cytochrome C biogenesis protein  41.18 
 
 		 144 aa  89.4  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1658  cytochrome C biogenesis protein  52.44 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242206  normal  0.600328 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1624  c-type cytochrome biogenesis protein  40.34 
 
 		 144 aa  88.6  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4994  cytochrome C biogenesis protein  47.83 
 
 		 154 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  40.91 
 
 		 347 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  37.1 
 
 		 156 aa  87.4  6e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  40 
 
 		 347 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0433  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  40.91 
 
 		 147 aa  87  8e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  44.68 
 
 		 350 aa  87  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  44.68 
 
 		 350 aa  87  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  44.68 
 
 		 350 aa  87  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  44.68 
 
 		 350 aa  87  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  39.13 
 
 		 347 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  44.68 
 
 		 350 aa  87  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  39.13 
 
 		 347 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  39.13 
 
 		 347 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  40 
 
 		 347 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  44.68 
 
 		 350 aa  87  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  44.68 
 
 		 350 aa  87  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  44.68 
 
 		 350 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  44.68 
 
 		 350 aa  87  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4282  cytochrome c biogenesis protein  37.82 
 
 		 160 aa  86.3  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100149  normal  0.0369592 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  41.05 
 
 		 347 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>