28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0029 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0029  hypothetical protein  100 
 
 
377 aa  781    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0687  hypothetical protein  29.24 
 
 
519 aa  119  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0836  hypothetical protein  29.24 
 
 
613 aa  120  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.715517  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0925  hypothetical protein  28.57 
 
 
461 aa  82  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.841538  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3327  hypothetical protein  22.98 
 
 
435 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000506493  hitchhiker  9.65434e-22 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3820  hypothetical protein  29.03 
 
 
541 aa  57.8  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004333  hypothetical protein  23.21 
 
 
1199 aa  56.6  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.330356  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0266  hypothetical protein  22.71 
 
 
263 aa  55.8  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2483  putative Sir2-like transcriptional silencer protein  26.02 
 
 
286 aa  56.2  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000992077  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4060  hypothetical protein  32.46 
 
 
149 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.986407 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4364  hypothetical protein  27.56 
 
 
484 aa  54.7  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.945805  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2564  hypothetical protein  23.74 
 
 
243 aa  53.1  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4725  putative Sir2-like transcriptional silencer protein  23.19 
 
 
272 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0045977 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0167  hypothetical protein  24.44 
 
 
632 aa  50.8  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.427298  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1653  hypothetical protein  22.57 
 
 
500 aa  50.4  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.189804  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5667  hypothetical protein  26.4 
 
 
746 aa  50.4  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.627177  normal  0.0881924 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0703  hypothetical protein  23.63 
 
 
768 aa  49.3  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0849  hypothetical protein  24.88 
 
 
480 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.338117  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0866  hypothetical protein  24.88 
 
 
511 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1597  putative Sir2-like transcriptional silencer protein  22.12 
 
 
286 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.417903  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2020  hypothetical protein  24.21 
 
 
290 aa  46.6  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0345  hypothetical protein  25.84 
 
 
474 aa  45.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5662  hypothetical protein  22.63 
 
 
442 aa  45.4  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.834109  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0999  hypothetical protein  24.91 
 
 
285 aa  44.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0735547  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0373  hypothetical protein  25 
 
 
481 aa  44.3  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0228  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  23.77 
 
 
1036 aa  43.9  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0855  hypothetical protein  23.38 
 
 
511 aa  43.1  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.823491  normal 
 
 
-
 
NC_013518  Sterm_4173  hypothetical protein  20.75 
 
 
479 aa  42.7  0.01  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0983315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>