57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4927 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4927  malonate decarboxylase subunit delta  100 
 
 
105 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.461711  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0948  malonate decarboxylase subunit delta  63.27 
 
 
107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.798455  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0444  malonate decarboxylase subunit delta  57.29 
 
 
99 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02570  malonate decarboxylase subunit delta  58.51 
 
 
99 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00238435  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5300  malonate decarboxylase subunit delta  56.25 
 
 
99 aa  110  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0185223  normal  0.233659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5085  malonate decarboxylase, delta subunit  55.21 
 
 
99 aa  110  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3865  malonate decarboxylase acyl carrier protein  54 
 
 
101 aa  110  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4941  malonate decarboxylase acyl carrier protein  54 
 
 
101 aa  110  9e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0738205 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10300  malonate decarboxylase subunit delta  55.32 
 
 
99 aa  106  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00121331  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0294  malonate decarboxylase subunit delta  58.51 
 
 
99 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329066  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2881  malonate decarboxylase subunit delta  52.53 
 
 
99 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.593652  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2440  malonate decarboxylase subunit delta  52.53 
 
 
99 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0411324  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5085  malonate decarboxylase subunit delta  55.67 
 
 
101 aa  99  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.241533  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4819  malonate decarboxylase subunit delta  53.06 
 
 
104 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0030528  normal  0.0215828 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1846  malonate decarboxylase subunit delta  54.08 
 
 
104 aa  93.2  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431164  normal  0.0404894 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4591  malonate decarboxylase subunit delta  50 
 
 
97 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1844  malonate decarboxylase delta subunit  46.94 
 
 
110 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.457888  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0078  malonate decarboxylase acyl carrier protein  44.68 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.343361 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1245  malonate decarboxylase acyl carrier protein  40.21 
 
 
99 aa  76.6  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5373  malonate decarboxylase acyl carrier protein  43.43 
 
 
110 aa  75.9  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00827947  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2610  malonate decarboxylase acyl carrier protein  40.43 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.31883  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3777  malonate decarboxylase delta subunit  40.43 
 
 
99 aa  74.7  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0104183 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2894  delta subunit of malonate decarboxylase  39.81 
 
 
110 aa  68.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.222092  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  38.54 
 
 
380 aa  66.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1767  malonate decarboxylase acyl carrier protein  38.78 
 
 
110 aa  64.3  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0891324  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2802  malonate decarboxylase subunit delta  37.38 
 
 
105 aa  62  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.96466  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4413  malonate decarboxylase subunit delta  37.61 
 
 
105 aa  62  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.523505  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  35.48 
 
 
398 aa  62  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1242  malonate decarboxylase subunit delta  39.05 
 
 
104 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.549114  normal  0.0355903 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1453  malonate decarboxylase subunit delta  36.45 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0682344  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1483  malonate decarboxylase subunit delta  36.45 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0153219  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3036  malonate decarboxylase subunit delta  36.45 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1583  malonate decarboxylase subunit delta  36.45 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.357232  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0789  malonate decarboxylase subunit delta  39.05 
 
 
104 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.058655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1270  malonate decarboxylase subunit delta  39.05 
 
 
104 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00245775  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1257  malonate decarboxylase subunit delta  36.45 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.529343  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0540  malonate decarboxylase subunit delta  36.45 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0613  malonate decarboxylase subunit delta  36.45 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.763622  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1145  putative malonate decarboxylase delta subunit  33.02 
 
 
105 aa  61.2  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.719808  normal  0.745191 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4019  malonate decarboxylase delta subunit  42.86 
 
 
104 aa  61.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2895  malonate decarboxylase delta subunit  41.75 
 
 
103 aa  60.8  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24751  normal  0.0309088 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1080  malonate decarboxylase subunit delta  37 
 
 
106 aa  60.5  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.626821  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2049  malonate decarboxylase subunit delta  36.19 
 
 
104 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1148  malonate decarboxylase subunit delta  36.89 
 
 
104 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1160  malonate decarboxylase subunit delta  38.1 
 
 
104 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.965785  normal  0.221003 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0793  delta subunit of malonate decarboxylase  39.42 
 
 
102 aa  58.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0483637  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6856  malonate decarboxylase subunit delta  35.58 
 
 
102 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1323  malonate decarboxylase delta subunit  35.48 
 
 
105 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3152  malonate decarboxylase subunit delta  36.08 
 
 
102 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3297  malonate decarboxylase delta subunit  40.82 
 
 
104 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425131  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4287  malonate decarboxylase subunit delta  35.29 
 
 
105 aa  54.7  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318757  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3191  malonate decarboxylase subunit delta  35.64 
 
 
105 aa  53.9  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.416357 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0047  malonate decarboxylase subunit delta  35.05 
 
 
102 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.328223  normal  0.098952 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0025  malonate decarboxylase subunit delta  34.74 
 
 
102 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0026  malonate decarboxylase subunit delta  34.74 
 
 
102 aa  52  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0168  malonate decarboxylase subunit delta  32.38 
 
 
102 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.381062  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1058  malonate decarboxylase delta subunit  41.25 
 
 
104 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.453426  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>