More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3567 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B3567  porin  100 
 
 
363 aa  730    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  74.64 
 
 
371 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  70.14 
 
 
363 aa  512  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  67.95 
 
 
365 aa  508  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  72.67 
 
 
372 aa  500  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  68.6 
 
 
364 aa  490  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  57.81 
 
 
375 aa  403  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  56.3 
 
 
373 aa  395  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3809  porin  56.7 
 
 
392 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.302186 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0265  porin  54.81 
 
 
373 aa  378  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0179073  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  55.71 
 
 
382 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  49.17 
 
 
368 aa  342  5e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  50.13 
 
 
377 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  48.81 
 
 
385 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  47.79 
 
 
382 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  47.51 
 
 
382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  48.17 
 
 
382 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  48.34 
 
 
382 aa  318  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  48.4 
 
 
376 aa  315  6e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  46.9 
 
 
379 aa  311  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  50.56 
 
 
374 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4597  porin  47.79 
 
 
382 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000189593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5227  porin  47.79 
 
 
382 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143813  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5632  porin  47.79 
 
 
382 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0304788  decreased coverage  0.00129343 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3218  porin  47.31 
 
 
373 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.819696  normal  0.0778047 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  45.16 
 
 
379 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  45.16 
 
 
379 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  46.76 
 
 
361 aa  295  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0416  outer membrane protein (porin)  46.17 
 
 
364 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.441779  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5128  outer membrane protein (porin)  46.85 
 
 
364 aa  291  9e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  45.43 
 
 
379 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  45.43 
 
 
379 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  45.43 
 
 
379 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4595  outer membrane protein (porin)  45.73 
 
 
364 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133137  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  46.44 
 
 
362 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  43.88 
 
 
372 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1076  outer membrane protein (porin)  45.09 
 
 
362 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0592135  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1076  outer membrane protein (porin)  44.8 
 
 
362 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.441264  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  39.38 
 
 
354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  42.77 
 
 
351 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  40.11 
 
 
367 aa  213  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  38.83 
 
 
362 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  39.07 
 
 
356 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  39.05 
 
 
355 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  39.05 
 
 
355 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  40.34 
 
 
353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  38.1 
 
 
358 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  40.5 
 
 
353 aa  199  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  37.05 
 
 
371 aa  199  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  39.21 
 
 
386 aa  199  7.999999999999999e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  38.95 
 
 
386 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  39.08 
 
 
377 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  39.08 
 
 
379 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  37.37 
 
 
355 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  38.24 
 
 
355 aa  192  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  38.59 
 
 
402 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  37.57 
 
 
401 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  38.81 
 
 
374 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.82 
 
 
368 aa  189  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  36.59 
 
 
352 aa  189  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  38.92 
 
 
352 aa  186  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  38.6 
 
 
388 aa  184  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  38.31 
 
 
398 aa  180  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.84 
 
 
386 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  37.7 
 
 
387 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  37.57 
 
 
368 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  37.86 
 
 
354 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  37.86 
 
 
354 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  35.57 
 
 
393 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  36.12 
 
 
379 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  39.19 
 
 
273 aa  171  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  37.14 
 
 
386 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  35.4 
 
 
383 aa  169  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  35.42 
 
 
383 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  37.3 
 
 
367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  32.21 
 
 
392 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  34.06 
 
 
383 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  32.21 
 
 
392 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  34.71 
 
 
357 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  34.26 
 
 
387 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  34.38 
 
 
389 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  35.25 
 
 
378 aa  159  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  34.92 
 
 
357 aa  159  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  37.75 
 
 
353 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  33.96 
 
 
383 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  33.96 
 
 
383 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  34.53 
 
 
363 aa  157  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  33.93 
 
 
449 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  33.25 
 
 
363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  33.25 
 
 
363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  33.25 
 
 
363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  34.62 
 
 
367 aa  156  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  33.42 
 
 
383 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  33.93 
 
 
363 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  33.93 
 
 
363 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  36.07 
 
 
379 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  34.59 
 
 
387 aa  152  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  34.82 
 
 
376 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  32.55 
 
 
354 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  33.83 
 
 
391 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>