More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A3085 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
341 aa  678  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  75.56 
 
 
320 aa  485  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
316 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
316 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
325 aa  195  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
324 aa  184  1e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  33.55 
 
 
331 aa  184  2e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
335 aa  184  2e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
312 aa  180  3e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
328 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  33.13 
 
 
318 aa  173  4e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
300 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  35.79 
 
 
300 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
320 aa  167  3e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
306 aa  166  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 
300 aa  164  2e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 
316 aa  161  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
319 aa  159  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
309 aa  156  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
299 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 
305 aa  154  3e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
311 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
299 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
345 aa  152  9e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
309 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  30.94 
 
 
320 aa  149  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 
320 aa  149  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
306 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
306 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
315 aa  148  1e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
306 aa  147  2e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 
316 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
336 aa  147  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
302 aa  145  7e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
306 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 
311 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
310 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
308 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 
332 aa  141  1e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 
332 aa  141  1e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
295 aa  140  2e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
292 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 
310 aa  140  4e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
303 aa  139  5e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  32.24 
 
 
299 aa  139  9e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 
319 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.07 
 
 
307 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
323 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 
306 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  33.66 
 
 
302 aa  135  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 
301 aa  135  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
316 aa  135  1e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
304 aa  135  1e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.46 
 
 
305 aa  135  1e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
313 aa  134  2e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 
317 aa  134  2e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  32.03 
 
 
301 aa  130  2e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
312 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
317 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
309 aa  130  4e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.87 
 
 
307 aa  130  4e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 
316 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  28.71 
 
 
308 aa  128  1e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.0568e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  28.62 
 
 
308 aa  129  1e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
308 aa  128  1e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
308 aa  128  1e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
310 aa  127  2e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  30.84 
 
 
339 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
308 aa  127  4e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
320 aa  127  4e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 
300 aa  126  4e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
313 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
310 aa  126  7e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
329 aa  125  8e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
308 aa  125  8e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
305 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
313 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
306 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.67 
 
 
307 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
310 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
316 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
300 aa  122  8e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 
300 aa  122  8e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
300 aa  122  1e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
300 aa  122  1e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 
300 aa  122  1e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  8.08392e-06 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 
303 aa  122  1e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
300 aa  120  2e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 
308 aa  120  2e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.14 
 
 
323 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.84 
 
 
300 aa  120  4e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
324 aa  120  4e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 
300 aa  120  5e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 
324 aa  120  5e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 
322 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 
323 aa  119  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.16 
 
 
305 aa  119  7e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.72709e-09  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.84 
 
 
305 aa  119  8e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.90292e-08  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 
305 aa  119  8e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.20428e-09  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>