222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A3084 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  100 
 
 		 350 aa  704    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  73.56 
 
 		 353 aa  494  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  68.99 
 
 		 348 aa  461  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  67.54 
 
 		 351 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  68.7 
 
 		 388 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  65.51 
 
 		 564 aa  437  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  65.22 
 
 		 356 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  65.22 
 
 		 356 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  65.22 
 
 		 349 aa  431  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  65.22 
 
 		 349 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  64.93 
 
 		 513 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  64.93 
 
 		 402 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  65.22 
 
 		 516 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  61.11 
 
 		 367 aa  371  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  60.06 
 
 		 355 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  60.06 
 
 		 355 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  60.06 
 
 		 355 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  58.84 
 
 		 354 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  58.54 
 
 		 354 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  57.66 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  44.86 
 
 		 380 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  32.15 
 
 		 340 aa  163  4.0000000000000004e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  30.91 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  33.23 
 
 		 377 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  34.46 
 
 		 362 aa  138  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  32.41 
 
 		 401 aa  136  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  32.41 
 
 		 347 aa  136  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  34.41 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  30.03 
 
 		 366 aa  122  8e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.49 
 
 		 373 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  26.52 
 
 		 329 aa  101  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  24.46 
 
 		 330 aa  97.4  3e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  26.2 
 
 		 355 aa  92.8  7e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  27.46 
 
 		 348 aa  79  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  23.62 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  27.42 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  23.62 
 
 		 345 aa  77.4  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  29.62 
 
 		 342 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  25.53 
 
 		 350 aa  76.6  0.0000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  27.67 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  31.4 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  24.64 
 
 		 470 aa  72  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  24.01 
 
 		 456 aa  72.8  0.00000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.43 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  29.1 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  31.4 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  31.15 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  30.23 
 
 		 344 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  29.5 
 
 		 282 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  29.5 
 
 		 282 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  29.5 
 
 		 275 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  29.5 
 
 		 282 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  30.23 
 
 		 286 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  27.57 
 
 		 282 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  29.5 
 
 		 282 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  29.5 
 
 		 282 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  29.06 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.23 
 
 		 448 aa  67.4  0.0000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  25.19 
 
 		 293 aa  67  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  24.7 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  28.68 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  29.46 
 
 		 282 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  29.89 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  28.35 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  28.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  29.13 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  27.98 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  24.39 
 
 		 542 aa  62  0.00000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.01 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.73 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  25.09 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  30.29 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  27.43 
 
 		 270 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  25 
 
 		 279 aa  59.3  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  28.44 
 
 		 338 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  27.18 
 
 		 314 aa  59.3  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  26.07 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  27.12 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.1 
 
 		 323 aa  58.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  25.35 
 
 		 312 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  29.64 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  23.9 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1047  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.14 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.477192  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  24 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  32.62 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.78 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  30.71 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  26.99 
 
 		 349 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  31.88 
 
 		 277 aa  57  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  30.34 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  28.38 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  25.77 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  28.85 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  27.41 
 
 		 361 aa  56.2  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 317 aa  55.8  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  31.17 
 
 		 351 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.9 
 
 		 287 aa  55.8  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  30.29 
 
 		 282 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>