More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A3006 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  82.07 
 
 		 509 aa  890    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 528 aa  1094    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  74.16 
 
 		 535 aa  817    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  90.21 
 
 		 535 aa  1004    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  51.99 
 
 		 533 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  53.06 
 
 		 533 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.34 
 
 		 530 aa  556  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  47.21 
 
 		 531 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  46.78 
 
 		 538 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  45.6 
 
 		 532 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  45 
 
 		 528 aa  455  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  45.4 
 
 		 532 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  42.83 
 
 		 514 aa  403  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  42.8 
 
 		 516 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  38.55 
 
 		 521 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  38.28 
 
 		 537 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  42.54 
 
 		 516 aa  395  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  37.75 
 
 		 521 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  37.3 
 
 		 526 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  37.8 
 
 		 522 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  41.49 
 
 		 512 aa  385  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 549 aa  382  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  38.83 
 
 		 524 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  36.66 
 
 		 525 aa  371  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  35.06 
 
 		 544 aa  348  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 526 aa  325  9e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  35.98 
 
 		 527 aa  322  9.999999999999999e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  36.29 
 
 		 528 aa  322  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 		 515 aa  311  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  33.27 
 
 		 528 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  33.08 
 
 		 528 aa  306  6e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  34.49 
 
 		 532 aa  296  8e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 		 528 aa  296  8e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 534 aa  292  9e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  34.96 
 
 		 595 aa  291  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  34.99 
 
 		 534 aa  291  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 526 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  33.59 
 
 		 542 aa  282  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  34.41 
 
 		 520 aa  280  3e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 		 526 aa  279  9e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  33.8 
 
 		 520 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  34.15 
 
 		 556 aa  278  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  34.17 
 
 		 530 aa  276  8e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 544 aa  273  5.000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  33.59 
 
 		 519 aa  270  4e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  31.98 
 
 		 516 aa  268  2e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  33.2 
 
 		 514 aa  268  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 520 aa  266  8e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 		 532 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 514 aa  259  7e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  33.14 
 
 		 517 aa  259  9e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.79 
 
 		 528 aa  253  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 		 523 aa  253  6e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  30.74 
 
 		 523 aa  253  8.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  31.31 
 
 		 526 aa  253  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  31.31 
 
 		 526 aa  252  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 517 aa  249  9e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 		 538 aa  249  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 531 aa  248  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  30.99 
 
 		 524 aa  248  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 		 520 aa  247  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  30.77 
 
 		 528 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  35.46 
 
 		 527 aa  243  5e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  30.56 
 
 		 531 aa  243  7e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  31.54 
 
 		 527 aa  239  8e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  32.02 
 
 		 460 aa  238  2e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 		 527 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 526 aa  237  5.0000000000000005e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  30.36 
 
 		 518 aa  234  3e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 526 aa  233  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 505 aa  230  5e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  30.71 
 
 		 521 aa  227  4e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  30.02 
 
 		 534 aa  226  8e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 529 aa  226  9e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  30.51 
 
 		 521 aa  225  1e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  30.51 
 
 		 521 aa  225  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 521 aa  225  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  30.51 
 
 		 521 aa  225  1e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30.53 
 
 		 535 aa  223  8e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  28.38 
 
 		 497 aa  217  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  29.04 
 
 		 532 aa  216  9e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 517 aa  213  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  31.95 
 
 		 524 aa  211  3e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 517 aa  204  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  25.84 
 
 		 499 aa  203  7e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 		 530 aa  201  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2474  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 525 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 		 527 aa  199  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  29.47 
 
 		 544 aa  196  6e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  29.12 
 
 		 532 aa  196  9e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.21 
 
 		 520 aa  195  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  29.78 
 
 		 544 aa  194  2e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.24 
 
 		 526 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  25.24 
 
 		 526 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  25.24 
 
 		 526 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  25.24 
 
 		 526 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 		 531 aa  193  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  26 
 
 		 535 aa  192  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.8 
 
 		 535 aa  192  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26 
 
 		 535 aa  192  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>