140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A0156 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A0156  hypothetical protein  100 
 
 
80 aa  163  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0120  hypothetical protein  65.71 
 
 
84 aa  99.8  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0817335  normal  0.60667 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0438  protein of unknown function DUF1289  62.96 
 
 
79 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0478  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  57.63 
 
 
250 aa  74.7  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0259  hypothetical protein  51.95 
 
 
88 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286682  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0163  hypothetical protein  59.02 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0119  protein of unknown function DUF1289  60.71 
 
 
88 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4272  hypothetical protein  61.11 
 
 
81 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0930636 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0112  protein of unknown function DUF1289  58.06 
 
 
88 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3352  hypothetical protein  59.26 
 
 
74 aa  69.3  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3823  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  56.86 
 
 
248 aa  68.2  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4708  protein of unknown function DUF1289  57.89 
 
 
92 aa  67  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0239  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  57.41 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000372034 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0311  hypothetical protein  59.18 
 
 
110 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1983  hypothetical protein  53.06 
 
 
58 aa  63.9  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3726  hypothetical protein  44.26 
 
 
71 aa  62.8  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0754  protein of unknown function DUF1289  53.7 
 
 
66 aa  62  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2046  hypothetical protein  45.61 
 
 
76 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00450477  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0350  hypothetical protein  54.39 
 
 
110 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0364  hypothetical protein  54.39 
 
 
110 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.164105  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3035  protein of unknown function DUF1289  44.44 
 
 
94 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.468674  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.42 
 
 
251 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3754  hypothetical protein  44.44 
 
 
94 aa  60.8  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.353082  normal  0.856634 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0541  hypothetical protein  55.1 
 
 
52 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0330  hypothetical protein  55.32 
 
 
85 aa  60.5  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.445716  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5051  hypothetical protein  50 
 
 
57 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4347  hypothetical protein  48.15 
 
 
95 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0865  hypothetical protein  50.94 
 
 
64 aa  58.5  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0516  hypothetical protein  54 
 
 
202 aa  58.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0335528  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2362  hypothetical protein  44.64 
 
 
64 aa  58.2  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0084  hypothetical protein  55.1 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1057  hypothetical protein  43.1 
 
 
79 aa  57.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.350668  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0957  hypothetical protein  37.5 
 
 
85 aa  55.5  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.283271 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1730  hypothetical protein  49.02 
 
 
66 aa  55.1  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0101235  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2083  protein of unknown function DUF1289  46.81 
 
 
72 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.333398  normal  0.751471 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0509  hypothetical protein  46.81 
 
 
55 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903284  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2320  protein of unknown function DUF1289  42.55 
 
 
72 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0857  hypothetical protein  51.02 
 
 
76 aa  53.9  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4380  hypothetical protein  44 
 
 
70 aa  52.8  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109676  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1997  hypothetical protein  35.09 
 
 
61 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.205951  normal  0.0114926 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0842  protein of unknown function DUF1289  48.94 
 
 
70 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.660965  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5962  hypothetical protein  46.15 
 
 
81 aa  51.6  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166337  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1063  protein of unknown function DUF1289  44.44 
 
 
78 aa  51.6  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.336879  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3009  hypothetical protein  45.45 
 
 
68 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2872  hypothetical protein  45.45 
 
 
68 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5318  protein of unknown function DUF1289  39.62 
 
 
76 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2144  hypothetical protein  41.18 
 
 
89 aa  50.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4775  protein of unknown function DUF1289  32.73 
 
 
57 aa  50.4  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0172971  hitchhiker  0.00190197 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2233  hypothetical protein  43.64 
 
 
61 aa  50.1  0.000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0963736  normal  0.163995 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6311  hypothetical protein  46.15 
 
 
70 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00778  MutT/nudix family protein  49.02 
 
 
285 aa  50.1  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.025286  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1551  hypothetical protein  48.98 
 
 
76 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355099  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0869  protein of unknown function DUF1289  46.81 
 
 
70 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.293603  normal  0.224383 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2207  hypothetical protein  48.98 
 
 
79 aa  49.7  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000511306  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1617  hypothetical protein  44.9 
 
 
303 aa  49.3  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0908  hypothetical protein  44.68 
 
 
70 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0544029  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3396  hypothetical protein  46.81 
 
 
68 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0264738  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3202  hypothetical protein  47.62 
 
 
61 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1974  hypothetical protein  48.94 
 
 
70 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2957  hypothetical protein  45 
 
 
68 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2347  hypothetical protein  46.94 
 
 
68 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2961  hypothetical protein  46.94 
 
 
68 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38885  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2982  hypothetical protein  46.94 
 
 
68 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3773  protein of unknown function DUF1289  42.5 
 
 
71 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5057  hypothetical protein  45.24 
 
 
112 aa  47.4  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0226542  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2667  protein of unknown function DUF1289  50 
 
 
79 aa  47.4  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000668221  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1318  protein of unknown function DUF1289  43.14 
 
 
267 aa  46.2  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.196513  normal  0.297563 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2063  hypothetical protein  44.68 
 
 
73 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15252  normal  0.0794579 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1179  hypothetical protein  46.94 
 
 
76 aa  46.6  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3660  hypothetical protein  42.86 
 
 
94 aa  46.6  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.299487  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1550  hypothetical protein  42 
 
 
125 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0126376  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0894  hypothetical protein  44.9 
 
 
90 aa  45.4  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000427519  normal  0.844163 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01618  hypothetical protein  42 
 
 
79 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000568284  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1992  protein of unknown function DUF1289  42 
 
 
79 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  3.11931e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1012  hypothetical protein  42.31 
 
 
71 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.547742 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01608  hypothetical protein  42 
 
 
79 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000323192  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3186  hypothetical protein  46.94 
 
 
102 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000975411  normal  0.940677 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1874  hypothetical protein  42.86 
 
 
121 aa  45.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.00000000000160461  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1765  hypothetical protein  42.86 
 
 
121 aa  45.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.55498e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1981  hypothetical protein  42 
 
 
79 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000345163  hitchhiker  0.000939338 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5278  hypothetical protein  40.74 
 
 
61 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2035  hypothetical protein  46.81 
 
 
65 aa  44.7  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00150259  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1605  hypothetical protein  40.82 
 
 
73 aa  44.7  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0647603  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4259  hypothetical protein  36.73 
 
 
69 aa  45.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.699772  normal  0.0946677 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3008  hypothetical protein  47.62 
 
 
102 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000643825  normal  0.102942 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3089  hypothetical protein  44.9 
 
 
102 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000454592  normal  0.43378 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2383  hypothetical protein  45.24 
 
 
79 aa  44.3  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000497214  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1466  hypothetical protein  39.29 
 
 
72 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2739  hypothetical protein  42.55 
 
 
83 aa  44.3  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3596  hypothetical protein  44.9 
 
 
102 aa  43.9  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5495  hypothetical protein  44.9 
 
 
74 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1799  hypothetical protein  44.19 
 
 
81 aa  43.9  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000202172  normal  0.0255641 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3394  hypothetical protein  36 
 
 
169 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2528  hypothetical protein  39.22 
 
 
72 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1275  hypothetical protein  40.38 
 
 
72 aa  42.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2180  hypothetical protein  36.36 
 
 
78 aa  43.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351139  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3289  protein of unknown function DUF1289  44.9 
 
 
101 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000325627  normal  0.144194 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0966  hypothetical protein  37.25 
 
 
78 aa  43.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2802  hypothetical protein  45.24 
 
 
119 aa  43.5  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00781596  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1102  hypothetical protein  44.9 
 
 
101 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  0.046811 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>