193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0012 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0014  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807422  normal  0.0868676 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0012  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0033  tRNA-Glu  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0516198  hitchhiker  0.000000402532 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0031  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0288989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0061  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0005  tRNA-Glu  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0004  tRNA-Glu  92.75 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0020  tRNA-Glu  92.75 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0054  tRNA-Glu  92.75 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0186416  hitchhiker  0.00098617 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0039  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 73 bp  93.7  6e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0057  tRNA-Glu  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0003  tRNA-Glu  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0763147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0018  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0050  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.199689  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08680  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0046  tRNA-Glu  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08980  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000013154 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  89.86 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0048  tRNA-Glu  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580665  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  89.86 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  89.86 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0034  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0915271  hitchhiker  0.000000414345 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08670  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0047  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00511598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0023  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000272439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0029  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.259025  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000153906  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  88.41 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_918  tRNA-Asp  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000121783  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0035  tRNA-Asp  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000110014  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0067  tRNA-Glu  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0066  tRNA-Glu  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.659746  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  88.41 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  88.41 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0041  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000102386  normal  0.397694 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_895  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000162495  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0015  tRNA-Glu  94.87 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.879975  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0016  tRNA-Glu  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.671374  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0019  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14035  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00157329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna14  tRNA-Glu  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.875319  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna16  tRNA-Glu  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0021  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.349986  normal  0.498552 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0044  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0018  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0023  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0023  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0770759  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0024  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.229893  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0019  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0022  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.572486  hitchhiker  0.00000059439 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0023  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.294422  unclonable  0.0000000304821 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0056  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000501155  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.068843  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0035  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.461495  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0014  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.206321  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0009  tRNA-Asp  92.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0013  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0017  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0013  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.363597 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0047  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.792355  normal  0.693567 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0033  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000114551  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0036  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.661246  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0060  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.222014  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0030  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.032688  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1217  tRNA-Asp  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.795729  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0008  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0007  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0045  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0059  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000917431  normal  0.553022 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t31  tRNA-Glu  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00120069  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0046  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0043  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0064  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  86.36 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0034  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.187046  normal  0.0177267 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0022  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.777286  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0022  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0007  tRNA-Glu  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0027  tRNA-Glu  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139828  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>