200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0003 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0057  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0003  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0763147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0018  tRNA-Glu  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0050  tRNA-Glu  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.199689  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0033  tRNA-Glu  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0516198  hitchhiker  0.000000402532 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0014  tRNA-Glu  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807422  normal  0.0868676 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0012  tRNA-Glu  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0031  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0288989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0039  tRNA-Glu  91.3 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0061  tRNA-Glu  91.3 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0005  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0004  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0054  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0186416  hitchhiker  0.00098617 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0020  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0023  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000272439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0047  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00511598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0034  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0915271  hitchhiker  0.000000414345 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  90.16 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0019  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0072  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.514054 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0015  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0054  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0027  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139828  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0021  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0040  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000576677  normal  0.10261 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna14  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.875319  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t31  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00120069  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna16  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0015  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00567316  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0045  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.942532  normal  0.960719 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0009  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0046  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.960937  normal  0.776399 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0063  tRNA-Asp  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0058  tRNA-Asp  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0015  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.879975  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0016  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.671374  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0008  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0060  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.222014  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0022  tRNA-Glu  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150409  hitchhiker  0.00052092 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0047  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0014  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178243  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0060  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0034  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00296097  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0052  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.925449 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0062  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0749311  normal  0.108854 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0007  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14011  tRNA-Glu  86.3 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.08359e-33  hitchhiker  0.00000339353 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0061  tRNA-Glu  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0043  tRNA-Glu  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000194529  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.068843  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt018  tRNA-Asp  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00304559  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0041  tRNA-Glu  85.94 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0007  tRNA-Glu  85.94 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.183145  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0747  tRNA-Asp  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  84.72 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  84.72 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  84.72 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  84.72 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGluVIMSS1309264  tRNA-Glu  85.94 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.128341 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25080  tRNA-Glu  84.72 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_895  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000162495  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  84.72 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0033  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000114551  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0007  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000216886  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0029  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000053193  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0015  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t37  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628629  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1986  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000534255  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1988  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000480253  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0053  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314245  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0055  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384652  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0057  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000345066  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0051  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0053  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275234  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0055  tRNA-Glu  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211677  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>