173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0002 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0001  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0002  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0025  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.157688  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0060  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.481193  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0049  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00351411  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0020  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0046  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000127996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0039  tRNA-OTHER  89.8 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.022052  normal  0.0225653 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0051  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.273247  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.308145  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 67 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0018  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0035  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144039  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0026  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.319297  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0018  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0047  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0323697  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0002  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.101258 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0043  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0017  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0071  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00174778  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0053  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000895644  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0055  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000930206  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0040  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0017  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.724762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0028  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000281549  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0806  hypothetical protein  88.89 
 
 		 108 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000935428 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0062  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.588176  normal  0.0646028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.453566  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000588237  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5692  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000815905  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5728  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000760665  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000174679  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00746864  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000472811  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000219047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-7  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0273307  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0024  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.664304  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0028  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.500637 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000594127  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000138303  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000064552  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0048  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0036  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0858  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0039  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0041  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0037  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000985709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0040  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000154862  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0042  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0070  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.361889  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0024  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.854506  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0612  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000121451  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0045  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.356708  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0063  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.131328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>