More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4215 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 269 aa  554  1e-157  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  90.38 
 
 		 209 aa  388  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 210 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 205 aa  93.6  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5790  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 214 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 184 aa  72  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6979  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.941023  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0177  TetR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 190 aa  68.9  0.00000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1936  transcriptional regulator, TetR family  23.66 
 
 		 193 aa  68.2  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0908  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 200 aa  67.8  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.376971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0652  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00127288  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0995  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.713352  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  26.99 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0833  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 218 aa  65.5  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1177  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1008  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0991  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0995  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 190 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1159  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 193 aa  64.7  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 209 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 196 aa  64.7  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1080  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 219 aa  65.1  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1237  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1112  transcriptional regulator, TetR family  26.23 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4194  transcriptional regulator, TetR family  26.23 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  28.14 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  28.14 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3910  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.104674 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.14 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  28.14 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  28.14 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2767  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 		 203 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.430405  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  28.14 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4421  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4260  transcriptional regulator  27.38 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4272  transcriptional regulator  27.38 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4762  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4637  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3833  transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 		 212 aa  62  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 195 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 196 aa  62  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1600  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 288 aa  62  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 195 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 195 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  23.04 
 
 		 208 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 195 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.37 
 
 		 215 aa  61.6  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2656  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 212 aa  61.6  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000478919  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5197  transcriptional regulator, TetR family  25.7 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0848  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000568716  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6485  regulatory protein, TetR  28.85 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2592  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0690788 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3995  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200757  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0026  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1211  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  25.44 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2103  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4111  regulatory protein, TetR  28.96 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>