More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3781 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3781  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
331 aa  664    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.852232  normal  0.126897 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  71.47 
 
 
328 aa  466  9.999999999999999e-131  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 
308 aa  223  4e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
308 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
318 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 
307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 
307 aa  126  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
302 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 
295 aa  124  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 
300 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
297 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  25.64 
 
 
300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 
319 aa  119  7e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
294 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 
303 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
299 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 
308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 
304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 
308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  26.86 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  30.95 
 
 
305 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 
299 aa  114  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 
325 aa  112  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
293 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
297 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
297 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
289 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.06 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 
298 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
313 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
293 aa  110  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
313 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
295 aa  110  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 
296 aa  109  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 
312 aa  109  6e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
298 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
292 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
309 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
289 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  30.21 
 
 
294 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
307 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
299 aa  108  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 
305 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 
305 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 
310 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
289 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
298 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 
301 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 
303 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
311 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 
322 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
322 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
311 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 
303 aa  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 
314 aa  107  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 
298 aa  106  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0698  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
295 aa  107  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.24 
 
 
290 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
287 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 
298 aa  106  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 
298 aa  106  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 
311 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 
311 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
306 aa  105  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 
301 aa  105  8e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
294 aa  105  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
287 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
287 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 
308 aa  105  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 
290 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 
316 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 
322 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
306 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
289 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 
292 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
297 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
295 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 
305 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 
305 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 
294 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
316 aa  104  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
287 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 
292 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0263  putative transcriptional regulator  28.74 
 
 
300 aa  104  2e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 
294 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 
308 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 
286 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 
305 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
309 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
296 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
321 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
290 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 
312 aa  103  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 
305 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 
316 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>