114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3754 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3268  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  93.16 
 
 
643 aa  1212    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0578169 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3754  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  100 
 
 
641 aa  1281    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0347506  hitchhiker  0.005487 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1639  photosynthetic reaction center subunit L  50.84 
 
 
311 aa  278  2e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1640  photosynthetic reaction center subunit M  47.99 
 
 
304 aa  272  1e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.761486  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3994  photosynthetic reaction center subunit M  50.94 
 
 
307 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0754193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3704  photosynthetic reaction center subunit M  48.19 
 
 
326 aa  257  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0965867  hitchhiker  0.00123144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1717  photosynthetic reaction center subunit M  49.06 
 
 
307 aa  256  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3749  photosynthetic reaction center subunit M  49.43 
 
 
307 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.201417  hitchhiker  0.0015702 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2737  photosynthetic reaction center subunit M  48.33 
 
 
325 aa  250  6e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2964  photosynthetic reaction center subunit M  48.33 
 
 
325 aa  249  8e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.459774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1300  photosynthetic reaction center subunit M  48.3 
 
 
306 aa  249  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2859  photosynthetic reaction center subunit M  48.33 
 
 
325 aa  249  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6430  photosynthetic reaction center subunit M  48.64 
 
 
308 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864095  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2811  photosynthetic reaction center subunit M  46.84 
 
 
326 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620792  normal  0.702385 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1604  photosynthetic reaction center subunit M  46.15 
 
 
323 aa  242  1e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.16429  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2029  photosynthetic reaction center subunit M  43.88 
 
 
308 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.995154  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2059  photosynthetic reaction center subunit M  47.39 
 
 
321 aa  241  4e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281162 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2974  photosynthetic reaction center subunit M  45.23 
 
 
306 aa  238  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0940818  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0256  photosynthetic reaction center subunit M  43.54 
 
 
308 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186945  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1899  photosynthetic reaction center subunit M  43.54 
 
 
308 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0489132  normal  0.475655 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3524  photosynthetic reaction center subunit M  44.29 
 
 
330 aa  226  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157228  normal  0.60913 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0172  photosynthetic reaction center subunit M  42.76 
 
 
332 aa  218  2.9999999999999998e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1605  photosynthetic reaction center subunit L  42.55 
 
 
276 aa  217  5.9999999999999996e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3523  photosynthetic reaction center subunit L  42.01 
 
 
279 aa  209  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382012  normal  0.348787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6431  photosynthetic reaction center subunit L  40.51 
 
 
281 aa  207  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2975  photosynthetic reaction center subunit L  39.26 
 
 
276 aa  205  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151561  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0173  photosynthetic reaction center subunit L  41.52 
 
 
302 aa  203  7e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2058  photosynthetic reaction center subunit L  40.73 
 
 
274 aa  203  7e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167227 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3703  photosynthetic reaction center subunit L  40 
 
 
274 aa  200  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0461593  hitchhiker  0.00115696 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1299  photosynthetic reaction center subunit L  40.73 
 
 
277 aa  200  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1716  photosynthetic reaction center subunit L  39.27 
 
 
277 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3750  photosynthetic reaction center subunit L  39.27 
 
 
277 aa  196  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279579  hitchhiker  0.00154675 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2736  photosynthetic reaction center subunit L  38.89 
 
 
274 aa  195  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2963  photosynthetic reaction center subunit L  38.89 
 
 
274 aa  195  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.446815 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2858  photosynthetic reaction center subunit L  38.89 
 
 
274 aa  194  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3995  photosynthetic reaction center subunit L  39.27 
 
 
277 aa  194  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.118346  normal  0.0163614 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2030  photosynthetic reaction center subunit L  40.29 
 
 
282 aa  185  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.693336 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2812  photosynthetic reaction center subunit L  39.44 
 
 
274 aa  178  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314844  normal  0.517978 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0257  photosynthetic reaction center subunit L  41.5 
 
 
282 aa  177  8e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141859  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1900  photosynthetic reaction center subunit L  41.5 
 
 
282 aa  177  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142793  normal  0.454885 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04091  photosystem II PsbA protein (D1)  29.45 
 
 
358 aa  60.5  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18681  hypothetical protein  29.45 
 
 
358 aa  60.5  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.228862 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2987  photosystem q(b) protein  32.06 
 
 
360 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.231871  normal  0.863091 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02461  photosystem II PsbA protein (D1)  29.45 
 
 
360 aa  60.1  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0830  photosystem q(b) protein  26.67 
 
 
360 aa  59.3  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00028698  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2904  photosystem q(b) protein  29.45 
 
 
354 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1652  photosystem q(b) protein  26.67 
 
 
360 aa  59.3  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.390921  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3216  photosystem q(b) protein  29.45 
 
 
354 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0655  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  25.59 
 
 
352 aa  58.9  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1637  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  25.59 
 
 
352 aa  58.9  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.719245  normal  0.411385 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1498  photosystem q(b) protein  32.31 
 
 
360 aa  58.9  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000298258  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1583  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  32.73 
 
 
360 aa  58.5  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000169219  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1597  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  30.61 
 
 
360 aa  58.5  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000196706  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2460  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  30.61 
 
 
360 aa  58.5  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3553  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  30.61 
 
 
360 aa  58.5  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1706  photosystem q(b) protein  30.91 
 
 
362 aa  57.8  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000313247 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5031  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  25.12 
 
 
352 aa  57.4  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0579  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  25.71 
 
 
352 aa  57.4  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2974  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  25.71 
 
 
352 aa  57.4  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0218  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  25.12 
 
 
352 aa  57.4  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00749598  normal  0.140739 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1059  photosystem q(b) protein  30.77 
 
 
360 aa  57.4  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000514626 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2138  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  31.54 
 
 
360 aa  57  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0767  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  27.69 
 
 
358 aa  57  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1267  photosystem q(b) protein  31.01 
 
 
356 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000399793  hitchhiker  0.00458282 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2041  photosystem q(b) protein  31.01 
 
 
356 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000221141  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1237  photosystem q(b) protein  31.01 
 
 
356 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2016  photosystem q(b) protein  31.01 
 
 
356 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0169  photosystem q(b) protein  30.23 
 
 
356 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0452427 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1049  photosystem q(b) protein  30.23 
 
 
356 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0115915 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2293  photosystem q(b) protein  30.23 
 
 
356 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1042  photosystem q(b) protein  26.94 
 
 
358 aa  55.5  0.000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0225  photosystem q(b) protein  28.08 
 
 
360 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1144  photosystem q(b) protein  28.08 
 
 
360 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0182  photosystem q(b) protein  28.57 
 
 
353 aa  55.1  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.0000857268  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0183  photosystem q(b) protein  28.57 
 
 
353 aa  55.1  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00000980824  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4763  photosystem q(b) protein  28.57 
 
 
353 aa  55.5  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0578222 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02441  photosystem II PsbA protein (D1)  28.08 
 
 
360 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.729491  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12521  hypothetical protein  28.08 
 
 
360 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02531  photosystem II PsbA protein (D1)  28.08 
 
 
360 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02551  hypothetical protein  28.08 
 
 
360 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16071  photosystem II PsbD protein (D2)  29.57 
 
 
358 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0432746  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02451  photosystem II PsbA protein (D1)  28.08 
 
 
360 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0424  photosystem q(b) protein  27.4 
 
 
360 aa  55.1  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0668  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  25.14 
 
 
370 aa  54.3  0.000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.704102  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0893  photosystem q(b) protein  27.4 
 
 
360 aa  54.3  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000000000240892  decreased coverage  0.000169599 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1389  photosystem q(b) protein  27.4 
 
 
360 aa  54.3  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.00000000000163699  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1242  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  25.71 
 
 
351 aa  53.9  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.30805  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2512  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  25.71 
 
 
351 aa  53.9  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000139889  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0317  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  28.7 
 
 
351 aa  53.9  0.000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404544  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1992  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.7 
 
 
351 aa  53.9  0.000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0481037  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2375  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.7 
 
 
351 aa  53.9  0.000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.116163  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0054  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  23.7 
 
 
352 aa  53.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000310792  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1987  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  23.7 
 
 
352 aa  53.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000347488  normal  0.0187293 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0943  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.42 
 
 
358 aa  53.5  0.00001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1256  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  32.63 
 
 
358 aa  53.5  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.525439  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13341  photosystem II PsbD protein (D2)  32.63 
 
 
358 aa  53.5  0.00001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13241  photosystem II PsbD protein (D2)  32.63 
 
 
358 aa  53.5  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0553037  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13491  photosystem II PsbD protein (D2)  32.63 
 
 
358 aa  53.5  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3778  photosystem II D2 protein  25.71 
 
 
351 aa  53.5  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.0000016634  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0056  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  23.7 
 
 
352 aa  53.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>