262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3424 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3424  transporter DMT superfamily protein  100 
 
 
308 aa  601  1.0000000000000001e-171  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110688  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1614  transporter DMT superfamily protein  82.49 
 
 
335 aa  479  1e-134  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000443089  normal  0.408859 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1661  transporter DMT superfamily protein  51.54 
 
 
297 aa  289  5.0000000000000004e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3395  RarD protein  51.59 
 
 
301 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.96482  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2413  transporter DMT superfamily protein  50.18 
 
 
294 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528634  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0866  RarD protein, DMT superfamily transporter  46.83 
 
 
309 aa  261  2e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.914682  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4018  rarD protein  54.58 
 
 
316 aa  255  7e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0667  RarD protein, DMT superfamily transporter  48.31 
 
 
302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000233047  hitchhiker  0.00000296435 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0570  hypothetical protein  50.71 
 
 
298 aa  248  6e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0891  transporter DMT superfamily protein  53.55 
 
 
292 aa  248  8e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0477  RarD protein, DMT superfamily transporter  50.35 
 
 
298 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.840744 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0490  RarD protein, DMT superfamily transporter  50 
 
 
298 aa  244  9e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.156296  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0806  transporter DMT superfamily protein  45.55 
 
 
300 aa  241  1e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.86594  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2949  transporter DMT superfamily protein  49.15 
 
 
295 aa  241  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00198  Conserved membrane protein RarD  44.52 
 
 
310 aa  239  4e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.493256  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4081  transporter DMT superfamily protein  41.52 
 
 
306 aa  239  4e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3574  rarD protein  42.55 
 
 
313 aa  238  9e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1350  rarD protein  46.07 
 
 
300 aa  238  9e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3544  RarD protein  49.65 
 
 
304 aa  237  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3667  rarD protein  42.91 
 
 
313 aa  238  1e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3584  rarD protein  42.55 
 
 
313 aa  237  2e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.884243  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1650  rarD protein  42.91 
 
 
313 aa  237  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.754909 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3262  transporter DMT superfamily protein  41.84 
 
 
313 aa  236  4e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3967  RarD protein, DMT superfamily transporter  43.33 
 
 
309 aa  235  7e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.807001  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3353  rarD protein  42.2 
 
 
313 aa  235  7e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.412924  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3267  chloramphenicol-sensitive rarD protein  42.2 
 
 
313 aa  235  7e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.905769  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3614  rarD protein  42.2 
 
 
313 aa  235  7e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.472217  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3567  rarD protein  42.2 
 
 
313 aa  235  7e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.619892 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3317  chloramphenicol-sensitive RarD protein  42.2 
 
 
313 aa  235  8e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4157  RarD protein, DMT superfamily transporter  45.23 
 
 
309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1859  RarD protein, DMT superfamily transporter  48.41 
 
 
310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.898363  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2234  transporter DMT superfamily protein  42.91 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.201447  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0167  transporter DMT superfamily protein  41.84 
 
 
304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0223  chloramphenicol-sensitive protein RarD  41.34 
 
 
305 aa  233  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.198756  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2317  RarD protein, DMT superfamily transporter  44.52 
 
 
305 aa  232  6e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109763  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002091  protein rarD  42.81 
 
 
305 aa  230  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0080  RarD protein, DMT superfamily transporter  45.32 
 
 
292 aa  230  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0215  RarD protein  45.61 
 
 
296 aa  229  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4001  transporter DMT superfamily protein  45.61 
 
 
296 aa  229  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.948028  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0552  hypothetical protein  45.61 
 
 
296 aa  229  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00345  permease  41.06 
 
 
304 aa  229  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3476  transporter DMT superfamily protein  42.14 
 
 
295 aa  228  7e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3092  transporter DMT superfamily protein  43.62 
 
 
310 aa  228  1e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.652908  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0769  rarD protein  42.14 
 
 
303 aa  227  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0082  rarD protein  40.57 
 
 
300 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3592  transporter DMT superfamily protein  41.79 
 
 
294 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.228436  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0364  transporter DMT superfamily protein  41.79 
 
 
294 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3765  transporter DMT superfamily protein  41.79 
 
 
295 aa  226  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0621  transporter DMT superfamily protein  40.93 
 
 
318 aa  226  3e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000105334  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0599  RarD protein, DMT superfamily transporter  43.97 
 
 
302 aa  226  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4243  rarD protein  41.79 
 
 
294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0407  RarD protein, DMT superfamily transporter  41.07 
 
 
294 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0219498  hitchhiker  0.000000000129202 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2425  RarD protein, DMT superfamily transporter  46.81 
 
 
309 aa  225  6e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0467  transporter DMT superfamily protein  41.07 
 
 
294 aa  224  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.323574  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0393  transporter DMT superfamily protein  41.07 
 
 
294 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  hitchhiker  0.00047979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0382  transporter DMT superfamily protein  41.07 
 
 
294 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000260751  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0381  transporter DMT superfamily protein  41.07 
 
 
294 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.628097  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2967  RarD protein, DMT superfamily transporter  45.04 
 
 
304 aa  223  3e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.895178 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0190  transporter DMT superfamily protein  44.91 
 
 
295 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.7183 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03698  predicted chloramphenical resistance permease  43.11 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4160  RarD protein, DMT superfamily transporter  43.11 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03647  hypothetical protein  43.11 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4186  RarD protein  43.11 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0171366 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4043  RarD protein  43.11 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4340  RarD protein  43.11 
 
 
295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4189  transporter DMT superfamily protein  43.11 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0389  rarD protein  42.5 
 
 
298 aa  222  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000602328 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0190  RarD protein, DMT superfamily transporter  46.64 
 
 
306 aa  221  8e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.323465  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5260  RarD protein  42.76 
 
 
295 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.946168  normal  0.789863 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4285  RarD protein  43.46 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3824  transporter DMT superfamily protein  42.86 
 
 
302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2575  rarD protein  42.2 
 
 
302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.859473  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5181  RarD protein  43.06 
 
 
295 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000181331  normal  0.141075 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4554  transporter DMT superfamily protein  43.21 
 
 
296 aa  219  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00538746 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3832  transporter DMT superfamily protein  40 
 
 
295 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1110  transporter DMT superfamily protein  44.94 
 
 
313 aa  218  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2792  RarD protein, DMT superfamily transporter  43.26 
 
 
344 aa  218  1e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.028886 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0778  RarD protein  39.01 
 
 
290 aa  218  1e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0535  transporter DMT superfamily protein  44.01 
 
 
493 aa  216  4e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.595832  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3201  RarD protein, DMT superfamily transporter  41.48 
 
 
333 aa  216  4e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.786904  normal  0.510387 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3677  RarD protein, DMT superfamily transporter  45.42 
 
 
320 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2679  RarD protein  43.77 
 
 
312 aa  215  7e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4282  hypothetical protein  42.76 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.816229 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4184  RarD protein  42.76 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4342  RarD protein  42.76 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4235  RarD protein  42.76 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0239  RarD protein, DMT superfamily transporter  46.1 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.226389  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0386  transporter DMT superfamily protein  40.94 
 
 
295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000235759  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4093  transporter DMT superfamily protein  42.66 
 
 
297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6667  RarD protein, DMT superfamily transporter  43.51 
 
 
313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.605512  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3977  transporter DMT superfamily protein  42.05 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216532  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1950  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.39 
 
 
307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4163  RarD protein  42.05 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2331  rarD protein  37.54 
 
 
301 aa  212  7.999999999999999e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0332  rarD protein  41.43 
 
 
293 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.100395  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2265  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.39 
 
 
307 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0680  rarD protein  41.49 
 
 
306 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23910  rarD protein  39.52 
 
 
307 aa  211  1e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00670263  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0358  RarD protein, DMT superfamily transporter  41.46 
 
 
295 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000108784  normal  0.875961 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0330  rarD protein  38.73 
 
 
300 aa  209  5e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>