More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3158 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 
445 aa  882    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  83.33 
 
 
439 aa  712    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  60.32 
 
 
281 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  57.14 
 
 
291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  53.57 
 
 
293 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  52.59 
 
 
312 aa  139  7.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  49.31 
 
 
667 aa  139  7.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  51.02 
 
 
430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  51.03 
 
 
428 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  32.84 
 
 
307 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  32.25 
 
 
310 aa  136  9e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  52.34 
 
 
271 aa  134  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  31.21 
 
 
315 aa  134  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  54.4 
 
 
271 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  48.63 
 
 
357 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  47.52 
 
 
653 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  39.42 
 
 
275 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  47.95 
 
 
388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  32.36 
 
 
315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  32.74 
 
 
306 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  47.18 
 
 
509 aa  126  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  45.21 
 
 
295 aa  126  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  31.8 
 
 
308 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 
308 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.04 
 
 
309 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  46.53 
 
 
433 aa  123  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  30.77 
 
 
289 aa  122  9e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  45.83 
 
 
653 aa  122  9e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.63 
 
 
316 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.13 
 
 
317 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  32.61 
 
 
295 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  48.06 
 
 
272 aa  120  7e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  43.59 
 
 
424 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.74 
 
 
311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  46.79 
 
 
372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  46.51 
 
 
315 aa  118  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  50.39 
 
 
388 aa  117  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  49.26 
 
 
362 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4858  anti-sigma-factor antagonist  47.66 
 
 
295 aa  117  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  47.02 
 
 
385 aa  117  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  48.85 
 
 
421 aa  117  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  45.77 
 
 
689 aa  117  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50320  ABC transporter substrate binding protein  33.58 
 
 
315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1304  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.45 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.71 
 
 
308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  32.62 
 
 
310 aa  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  49.15 
 
 
271 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  47.1 
 
 
361 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  43.57 
 
 
510 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  34.62 
 
 
538 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.85 
 
 
309 aa  113  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.83 
 
 
333 aa  113  8.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50130  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  29.23 
 
 
308 aa  113  8.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  37.18 
 
 
549 aa  112  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  45.53 
 
 
286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1241  putative rhizopine-binding precursor signal peptide protein  31.41 
 
 
309 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  46.4 
 
 
428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3858  anti-sigma-factor antagonist  45.8 
 
 
357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  28.33 
 
 
364 aa  111  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  27.08 
 
 
322 aa  110  5e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0590  anti-sigma-factor antagonist  46.27 
 
 
549 aa  110  5e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.641897 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1402  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.01 
 
 
308 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1961  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
309 aa  110  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0249015 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0942  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.01 
 
 
308 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000643298  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1424  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.01 
 
 
308 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0115263  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.86 
 
 
305 aa  109  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0494168 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4568  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.01 
 
 
308 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.82 
 
 
321 aa  109  8.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0577  anti-sigma-factor antagonist  42.48 
 
 
385 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.5 
 
 
320 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  39.77 
 
 
323 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.18 
 
 
309 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4158  anti-sigma-factor antagonist  43.54 
 
 
556 aa  109  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.6446  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  32.34 
 
 
307 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  50.88 
 
 
231 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  45.11 
 
 
290 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.52 
 
 
315 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  48.44 
 
 
377 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.18 
 
 
311 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0373  anti-sigma-factor antagonist  45 
 
 
365 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  28.9 
 
 
294 aa  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  43.71 
 
 
371 aa  107  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  28.41 
 
 
292 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  47.06 
 
 
653 aa  107  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  42.19 
 
 
283 aa  107  4e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  42.22 
 
 
694 aa  107  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.22 
 
 
308 aa  107  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  42.75 
 
 
288 aa  106  8e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  32.33 
 
 
307 aa  106  8e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.22 
 
 
308 aa  106  9e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1681  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.1 
 
 
306 aa  106  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  45.74 
 
 
655 aa  106  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.22 
 
 
308 aa  106  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3265  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.72 
 
 
311 aa  106  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0610984  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.09 
 
 
309 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.85 
 
 
308 aa  105  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  27.74 
 
 
309 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5196  anti-sigma-factor antagonist  40.71 
 
 
365 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.476105  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  32.49 
 
 
310 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  43.94 
 
 
284 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>