87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2988 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_2988  polymorphic outer membrane protein  100 
 
 
575 aa  1145  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0583035  hitchhiker  0.000382857 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2283  polymorphic outer membrane protein  76.7 
 
 
575 aa  863  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0033  hypothetical protein  31.99 
 
 
591 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2314  polymorphic outer membrane protein  32.73 
 
 
541 aa  169  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2246  hypothetical protein  32.83 
 
 
591 aa  162  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.105015  normal  0.0180285 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3634  polymorphic outer membrane protein  32.84 
 
 
655 aa  160  8e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2393  polymorphic outer membrane protein  29.3 
 
 
659 aa  142  1e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3707  polymorphic outer membrane protein  28.91 
 
 
518 aa  135  2e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  8.78669e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3086  polymorphic outer membrane protein  31.09 
 
 
665 aa  122  1e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02579  hypothetical protein  29.17 
 
 
516 aa  122  2e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2253  polymorphic outer membrane protein  28.5 
 
 
572 aa  120  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0130989  normal  0.262802 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2156  polymorphic outer membrane protein  33.97 
 
 
526 aa  119  1e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.927153  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2258  hypothetical protein  27 
 
 
530 aa  115  2e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2726  polymorphic outer membrane protein  29.62 
 
 
593 aa  98.6  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0479266  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3329  polymorphic outer membrane protein  29.86 
 
 
558 aa  92.4  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  3.00518e-08 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2405  hypothetical protein  25.92 
 
 
601 aa  91.3  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  1.40285e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1078  putative lipoprotein  30.77 
 
 
302 aa  90.5  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.839732  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1575  putative lipoprotein  29.63 
 
 
384 aa  88.2  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3191  hypothetical protein  26.38 
 
 
593 aa  84.3  6e-15  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  1.24226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3514  polymorphic membrane protein  35.02 
 
 
329 aa  79.3  2e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00452476  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1640  polymorphic outer membrane protein  36.16 
 
 
767 aa  75.5  2e-12  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2803  polymorphic outer membrane protein  30.6 
 
 
527 aa  72.4  2e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.850053  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0723  hypothetical protein  29.37 
 
 
1318 aa  72  3e-11  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.661776 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2841  polymorphic outer membrane protein  36.98 
 
 
759 aa  69.7  1e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10338  probable extracellular nuclease  27.54 
 
 
2160 aa  70.1  1e-10  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0754  fibronectin type III domain-containing protein  32.45 
 
 
2192 aa  68.9  2e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0540  hypothetical protein  29.91 
 
 
1061 aa  67.4  7e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3043  hypothetical protein  28.49 
 
 
464 aa  65.1  3e-09  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0210  hypothetical protein  25.21 
 
 
460 aa  65.5  3e-09  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4374  polymorphic outer membrane protein  31.02 
 
 
459 aa  63.2  1e-08  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  5.85185e-05 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1617  polymorphic membrane protein  27.36 
 
 
505 aa  63.2  1e-08  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.926452  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1609  hypothetical protein  30.26 
 
 
435 aa  59.3  2e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.44696  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2873  polymorphic outer membrane protein  32.87 
 
 
717 aa  58.9  3e-07  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.406525  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2695  polymorphic membrane protein  25.74 
 
 
483 aa  58.2  4e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0661586  hitchhiker  0.000503026 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4272  hypothetical protein  27.25 
 
 
852 aa  57  9e-07  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.176048  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2874  polymorphic outer membrane protein  33.33 
 
 
412 aa  56.6  1e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.234984  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1229  hypothetical protein  26.92 
 
 
481 aa  55.8  2e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0257494  normal  0.865842 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3990  hypothetical protein  28.02 
 
 
439 aa  55.5  2e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2401  polymorphic outer membrane protein  35.65 
 
 
362 aa  55.8  2e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3399  polymorphic outer membrane protein  25.95 
 
 
483 aa  55.5  3e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3011  polymorphic membrane protein  27.01 
 
 
466 aa  55.1  3e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.802976  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4219  hypothetical protein  28.05 
 
 
466 aa  55.1  3e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.958199 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4430  polymorphic outer membrane protein  28.78 
 
 
465 aa  55.1  3e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_15312  predicted protein  25.5 
 
 
1359 aa  53.9  7e-06  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1610  polymorphic outer membrane protein  28.23 
 
 
433 aa  53.9  7e-06  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00898059 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4391  hypothetical protein  28.42 
 
 
464 aa  53.9  9e-06  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2319  hypothetical protein  27.27 
 
 
1106 aa  53.1  1e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.300784  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0320  polymorphic membrane protein  28.21 
 
 
361 aa  52.8  2e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.960666  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1619  hypothetical protein  27.42 
 
 
454 aa  52.8  2e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.892418  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3646  polymorphic outer membrane protein  27.81 
 
 
509 aa  52.8  2e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.749989  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2925  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.13 
 
 
462 aa  51.6  3e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2509  hypothetical protein  26.22 
 
 
476 aa  51.6  4e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.0412393 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1114  outer membrane autotransporter barrel domain protein  33.33 
 
 
1358 aa  50.1  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_54658  predicted protein  36.7 
 
 
422 aa  49.7  0.0001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  7.68502e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2348  hypothetical protein  28.68 
 
 
545 aa  49.7  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3285  hypothetical protein  27.97 
 
 
532 aa  50.1  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.37025  hitchhiker  0.00171312 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2897  polymorphic outer membrane protein  28.63 
 
 
459 aa  49.7  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.966498  normal  0.981249 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3367  adhesin  30.48 
 
 
1234 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2528  adhesin  30.48 
 
 
1252 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3647  hypothetical protein  27.2 
 
 
464 aa  48.5  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279677  hitchhiker  0.00645734 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3059  hypothetical protein  32.78 
 
 
523 aa  47.8  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.938529  normal  0.105062 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02159  adhesin  29.41 
 
 
1250 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3408  polymorphic outer membrane protein  24.34 
 
 
461 aa  47.4  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0321  hypothetical protein  30.14 
 
 
457 aa  47.4  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.584072  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2373  adhesin  29.41 
 
 
1250 aa  47.4  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1615  hypothetical protein  25.43 
 
 
452 aa  47.4  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  34.1 
 
 
1197 aa  47  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0859  OmpA/MotB domain protein  36.36 
 
 
913 aa  47  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.181215 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1426  outer membrane autotransporter barrel domain protein  31.68 
 
 
1234 aa  47  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.221475  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1418  adhesin  29.41 
 
 
1234 aa  47  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000765921 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0401  hypothetical protein  32.54 
 
 
497 aa  47  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0201  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.52 
 
 
884 aa  46.6  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4998  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  30.73 
 
 
1800 aa  46.2  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.329522  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4397  hypothetical protein  26.84 
 
 
454 aa  45.8  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.792915  normal  0.0309659 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4774  hypothetical protein  28.87 
 
 
473 aa  45.8  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0272932  decreased coverage  3.56618e-05 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4920  hypothetical protein  27.72 
 
 
468 aa  45.8  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0390615  normal  0.0715167 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3406  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.36 
 
 
479 aa  46.2  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.525217  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1787  polymorphic outer membrane protein  27.68 
 
 
1332 aa  45.4  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3987  hypothetical protein  27.27 
 
 
467 aa  45.8  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4332  hypothetical protein  28.17 
 
 
477 aa  45.4  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.252215  normal  0.0577257 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3132  polymorphic membrane protein  30 
 
 
546 aa  45.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1362  hypothetical protein  28.38 
 
 
1023 aa  44.7  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1790  polymorphic membrane protein  27.57 
 
 
799 aa  44.3  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3407  hypothetical protein  24.86 
 
 
454 aa  44.3  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0693  polymorphic membrane protein A family protein  24.61 
 
 
986 aa  43.9  0.008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4375  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.4 
 
 
465 aa  43.5  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  6.65337e-05 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2271  DNA gyrase, B subunit  33.33 
 
 
644 aa  43.9  0.009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>