56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2246 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011831  Cagg_0033  hypothetical protein  79.86 
 
 
591 aa  962  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2246  hypothetical protein  100 
 
 
591 aa  1190  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.105015  normal  0.0180285 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2283  polymorphic outer membrane protein  32.99 
 
 
575 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2156  polymorphic outer membrane protein  35.98 
 
 
526 aa  189  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.927153  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2988  polymorphic outer membrane protein  32.4 
 
 
575 aa  185  2e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0583035  hitchhiker  0.000382857 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3634  polymorphic outer membrane protein  31.56 
 
 
655 aa  181  4e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2393  polymorphic outer membrane protein  32.52 
 
 
659 aa  178  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3086  polymorphic outer membrane protein  32.95 
 
 
665 aa  169  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3707  polymorphic outer membrane protein  31.43 
 
 
518 aa  166  1e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  8.78669e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2314  polymorphic outer membrane protein  32.27 
 
 
541 aa  156  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02579  hypothetical protein  31.66 
 
 
516 aa  136  1e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2253  polymorphic outer membrane protein  33 
 
 
572 aa  134  4e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0130989  normal  0.262802 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2258  hypothetical protein  30.85 
 
 
530 aa  127  4e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0754  fibronectin type III domain-containing protein  34.95 
 
 
2192 aa  103  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3329  polymorphic outer membrane protein  31.31 
 
 
558 aa  95.5  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  3.00518e-08 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1078  putative lipoprotein  34.07 
 
 
302 aa  94.7  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.839732  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2405  hypothetical protein  27.89 
 
 
601 aa  90.5  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  1.40285e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1640  polymorphic outer membrane protein  31.08 
 
 
767 aa  90.1  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2803  polymorphic outer membrane protein  29.93 
 
 
527 aa  83.2  1e-14  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.850053  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2726  polymorphic outer membrane protein  26.51 
 
 
593 aa  83.2  1e-14  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0479266  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1575  putative lipoprotein  33.49 
 
 
384 aa  80.1  1e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2841  polymorphic outer membrane protein  29.97 
 
 
759 aa  74.7  4e-12  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3191  hypothetical protein  32.59 
 
 
593 aa  73.9  8e-12  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  1.24226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1035  hypothetical protein  34.54 
 
 
1010 aa  72.8  2e-11  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4272  hypothetical protein  25.06 
 
 
852 aa  70.1  1e-10  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.176048  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0540  hypothetical protein  30.03 
 
 
1061 aa  67.4  7e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0756  polymorphic outer membrane protein  41.91 
 
 
2042 aa  65.9  2e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.442384  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2348  hypothetical protein  29.62 
 
 
545 aa  65.5  2e-09  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2401  polymorphic outer membrane protein  28.72 
 
 
362 aa  63.9  9e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3514  polymorphic membrane protein  40 
 
 
329 aa  63.2  1e-08  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00452476  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3408  polymorphic outer membrane protein  26.17 
 
 
461 aa  62.8  2e-08  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4219  hypothetical protein  28.39 
 
 
466 aa  62.4  3e-08  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.958199 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4374  polymorphic outer membrane protein  26.19 
 
 
459 aa  60.1  1e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  5.85185e-05 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_54658  predicted protein  31.34 
 
 
422 aa  58.2  4e-07  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  7.68502e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3132  polymorphic membrane protein  29.23 
 
 
546 aa  58.2  4e-07  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3043  hypothetical protein  23.86 
 
 
464 aa  55.5  3e-06  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3399  polymorphic outer membrane protein  25.72 
 
 
483 aa  53.9  8e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0210  hypothetical protein  26.18 
 
 
460 aa  52.4  3e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2319  hypothetical protein  27.9 
 
 
1106 aa  51.6  4e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.300784  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1997  Hemolysin-type calcium-binding region  38.52 
 
 
786 aa  51.6  4e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.177214 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1790  polymorphic membrane protein  28.08 
 
 
799 aa  50.8  6e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4397  hypothetical protein  26.98 
 
 
454 aa  50.1  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.792915  normal  0.0309659 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10338  probable extracellular nuclease  28.61 
 
 
2160 aa  48.9  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0244  hypothetical protein  29.15 
 
 
647 aa  49.3  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.601423  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2283  polymorphic outer membrane protein  31.35 
 
 
1296 aa  48.5  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2695  polymorphic membrane protein  26.19 
 
 
483 aa  47  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0661586  hitchhiker  0.000503026 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  32.26 
 
 
1197 aa  46.6  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2043  parallel beta-helix repeat-containing protein  29.7 
 
 
2031 aa  46.6  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2873  polymorphic outer membrane protein  29.19 
 
 
717 aa  47  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.406525  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3801  Ig family protein  25.82 
 
 
1170 aa  45.4  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  2.69985e-06  normal  0.432666 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3407  hypothetical protein  25.21 
 
 
454 aa  45.4  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1998  Hemolysin-type calcium-binding region  42.17 
 
 
817 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0671214 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3285  hypothetical protein  24.58 
 
 
532 aa  44.3  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.37025  hitchhiker  0.00171312 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1120  polymorphic outer membrane protein  27.19 
 
 
441 aa  44.3  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00052776 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3367  adhesin  29.3 
 
 
1234 aa  43.5  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3646  polymorphic outer membrane protein  25.69 
 
 
509 aa  43.5  0.01  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.749989  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>