More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1558 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1558  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 		 322 aa  644    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.813791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  87.58 
 
 		 322 aa  541  1e-153  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  0.218028 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  39.23 
 
 		 405 aa  222  6e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  36.48 
 
 		 403 aa  215  7e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  37.01 
 
 		 403 aa  212  5.999999999999999e-54  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  39.67 
 
 		 509 aa  212  5.999999999999999e-54  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  36.48 
 
 		 403 aa  212  7.999999999999999e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  39.87 
 
 		 403 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  36.36 
 
 		 403 aa  209  4e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  36.36 
 
 		 403 aa  209  6e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  41.72 
 
 		 408 aa  209  7e-53  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  37.46 
 
 		 403 aa  204  2e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  38.89 
 
 		 403 aa  202  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  38.8 
 
 		 403 aa  202  8e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  39.8 
 
 		 506 aa  202  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  39.8 
 
 		 506 aa  202  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  38.33 
 
 		 395 aa  201  1.9999999999999998e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  35.67 
 
 		 511 aa  195  8.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  40.32 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  34.73 
 
 		 403 aa  194  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  40.2 
 
 		 403 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  38.11 
 
 		 403 aa  193  3e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  34.18 
 
 		 408 aa  193  4e-48  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  39.8 
 
 		 402 aa  193  4e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  34.19 
 
 		 401 aa  192  5e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  37.5 
 
 		 400 aa  192  5e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.61 
 
 		 353 aa  192  7e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.89 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  33.76 
 
 		 404 aa  192  8e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  35.33 
 
 		 511 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  35.5 
 
 		 403 aa  191  2e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5911  threonine dehydratase  33.79 
 
 		 424 aa  189  5.999999999999999e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.696886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  38.56 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  36.33 
 
 		 501 aa  186  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  35.88 
 
 		 514 aa  186  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  37 
 
 		 501 aa  186  5e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3429  threonine dehydratase  36.18 
 
 		 414 aa  186  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  36.01 
 
 		 402 aa  186  6e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3678  threonine dehydratase  32.8 
 
 		 437 aa  183  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.376781  normal  0.173616 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.39 
 
 		 332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  36.81 
 
 		 403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1584  threonine dehydratase  37.29 
 
 		 423 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000192202  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  36.33 
 
 		 504 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  35.46 
 
 		 402 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  37.46 
 
 		 505 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  36.33 
 
 		 504 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  32.57 
 
 		 402 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  37.11 
 
 		 507 aa  179  4.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  34.77 
 
 		 329 aa  179  5.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09911  threonine dehydratase  31.13 
 
 		 513 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  35.66 
 
 		 507 aa  178  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.87 
 
 		 320 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  34.83 
 
 		 520 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.89 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  35.45 
 
 		 503 aa  177  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  40.88 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  39.02 
 
 		 402 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0207  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 417 aa  177  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.743281 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  31.6 
 
 		 402 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  40.88 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2922  threonine dehydratase  42.54 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2586  threonine dehydratase  37.16 
 
 		 423 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1526  threonine dehydratase  39.8 
 
 		 403 aa  176  4e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.148383  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  38.8 
 
 		 514 aa  176  5e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  34.98 
 
 		 401 aa  176  5e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0929  threonine dehydratase  34.32 
 
 		 527 aa  175  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1224  threonine dehydratase  38.78 
 
 		 405 aa  174  9.999999999999999e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  35.42 
 
 		 537 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  33.11 
 
 		 515 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  36.82 
 
 		 503 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2297  threonine dehydratase  37.19 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2260  threonine dehydratase  37.19 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00014617  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2486  threonine dehydratase  37.19 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2469  threonine dehydratase  37.19 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1467  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 517 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  35.9 
 
 		 346 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  35.9 
 
 		 346 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  36.86 
 
 		 415 aa  172  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3770  threonine dehydratase  40.65 
 
 		 412 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0248886 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  35.69 
 
 		 402 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0951  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 517 aa  172  9e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  40.73 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0676  threonine dehydratase  37 
 
 		 503 aa  171  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.427964 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0994  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.28 
 
 		 340 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0204  threonine dehydratase  33.22 
 
 		 416 aa  171  1e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.123725  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2218  threonine dehydratase  37.19 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  35.02 
 
 		 511 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2502  threonine dehydratase  37.54 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0237759  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.54 
 
 		 317 aa  170  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  36.66 
 
 		 402 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1431  threonine dehydratase  37 
 
 		 509 aa  170  3e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0729808 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3269  threonine dehydratase  36.33 
 
 		 502 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.579031  normal  0.510346 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2774  threonine dehydratase  36 
 
 		 506 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.199104  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0644  threonine dehydratase  31.68 
 
 		 549 aa  170  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0883544 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2565  threonine dehydratase  36.88 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0373564  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.06 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1422  threonine dehydratase  36.81 
 
 		 403 aa  169  8e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.01 
 
 		 320 aa  168  9e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2424  threonine dehydratase  37.22 
 
 		 333 aa  168  9e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15381  threonine dehydratase  36.42 
 
 		 514 aa  168  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.313826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>